本試驗(yàn)旨在探究黃芪多糖（APS）對(duì)小鼠間充質(zhì)干細(xì)胞C3H10T1/2細(xì)胞棕色脂肪化過(guò)程中長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）表達(dá)譜的影響。試驗(yàn)以C3H10T1/2細(xì)胞為研究對(duì)象,在成脂誘導(dǎo)分化培養(yǎng)液中添加0.4 g/L的APS,以誘導(dǎo)分化1.5 d的細(xì)胞構(gòu)建文庫(kù)后測(cè)序,篩選差異m RNAs和差異lncRNAs,并對(duì)差異m RNAs和差異lncRNAs的順式及共表達(dá)作用預(yù)測(cè)的靶基因進(jìn)行了功能分析。通過(guò)熒光定量PCR隨機(jī)分析了3個(gè)lncRNAs和3個(gè)m RNAs的表達(dá)水平,驗(yàn)證了測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性。研究結(jié)果表明,本次測(cè)序共得到13 450個(gè)lncRNAs和57 776個(gè)m RNAs。通過(guò)對(duì)其表達(dá)量、長(zhǎng)度、外顯子個(gè)數(shù)和成對(duì)重復(fù)性檢驗(yàn)分析證明了測(cè)序數(shù)據(jù)的可靠性較好。篩選共得到153個(gè)差異表達(dá)的lncRNAs和1 238個(gè)差異表達(dá)的m RNAs。結(jié)果表明,差異m RNAs主要基因本體（GO）注釋富集在53個(gè)功能分類(lèi)中,京都基因與基因組百科全書(shū)（KEGG）分析富集在343條通路中。差異lncRNAs順式及共表達(dá)作用預(yù)測(cè)的靶基因GO注釋分別富集在34和33個(gè)功能分類(lèi)中,在分子功能中條目一致。KEGG分析顯... 

【文章來(lái)源】：激光生物學(xué)報(bào). 2020,29(04)

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【部分圖文】：

新lncRNAs轉(zhuǎn)錄本和數(shù)據(jù)質(zhì)量分析

為了驗(yàn)證測(cè)序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性，本研究使用q RT-PCR對(duì)隨機(jī)選擇的3個(gè)lncRNAs和3個(gè)m RNAs進(jìn)行定量驗(yàn)證。測(cè)序結(jié)果中FC值>1或<1分別代表基因的上調(diào)或下調(diào)和表達(dá)量的升高或降低。結(jié)果表明q RT-PCR表達(dá)趨勢(shì)與測(cè)序結(jié)果一致，lncRNAs(ENSMUST00000152125、ENSMUST00000191042、TCONS＿00033926）及m RNAs(ENSMUST000000109-74、ENSMUST00000031327）在熒光定量PCR與測(cè)序結(jié)果中都上調(diào)，而m RNA(ENSMUST00000165806）下調(diào)（圖7）。這證明了本次測(cè)序結(jié)果的可靠性。圖6 DElncRNAs與DEGs的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)互作圖

DElncRNAs與DEGs的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)互作圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]12種植物粗多糖的體外抗肥胖及抗氧化活性研究[J]. 李鑫鑫,王一棠,陳琛,劉祥,鄭紅星,張小鶯.  食品科技. 2018(02)
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