【摘要】：小鼠腸道中的微生物類群十分豐富,多樣的微生物類群受到小鼠飲食、生長發(fā)育階段、生長健康情況、腸道內(nèi)環(huán)境、外界環(huán)境、直接刺激、以及不同基因表型等的影響,其細(xì)微生物群是動態(tài)變化的,小鼠腸道中的微生物類群對小鼠的營養(yǎng)攝入、免疫、發(fā)育和疾病進展等過程起重要作用。一、為探究破壁松花粉與未破壁松花粉對小鼠腸道菌群的影響,本論文以雄性昆明種小鼠為實驗研究對象,分為對照組(C組)、破壁松花粉組(BP組)和未破壁松花粉組(P組)。其中BP組和P組每天分別食用摻入10%破壁松花粉和摻入10%未破壁松花粉的鼠糧,對照組則食用正常鼠糧,連續(xù)實驗4周。其中在第2周采集C組、BP組和P組的新鮮糞便,在第4周,采集小鼠新鮮糞便和盲腸內(nèi)容物,提取糞便和盲腸內(nèi)容物細(xì)菌中的總DNA,利用基因測序平臺對16S rRNA基因的V6區(qū)進行高通量測序后通過生物信息學(xué)分析對測序數(shù)據(jù)進行處理分析。結(jié)果顯示:測序序列劃分為操作分類單元后,被劃分為11個門,其中厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)是各組小鼠中的優(yōu)勢菌門,共占測序豐度的91.04%。厚壁菌門豐度最高,超過65%;除去uncalssified和others后,優(yōu)勢菌屬主要有Prevotellaceae_UCG-001、Alistipes、乳桿菌屬、螺桿菌屬、擬桿菌屬和普雷沃菌屬等,其在各樣本中的含量都相對較高,隨后通過分析有益菌和腐敗菌我們發(fā)現(xiàn)破壁松花粉在促進有益菌定植的同時能夠加快腐敗菌隨糞便排出。二、為了更好地探究多糖與酯化多糖對H22荷瘤小鼠及其腸道菌群的影響,此研究以雄性Babl/C小鼠為實驗研究對象,分為健康對照組(HC組)、模型對照組(MC組)、多糖組(P組)和酯化多糖組(SP組),HC組和MC組腹腔注射生理鹽水,P組與SP組分別腹腔注射多糖與酯化多糖,實驗持續(xù)10天,在第十天取新鮮糞便樣本上機測序,測序后結(jié)果表明:測序序列結(jié)果作分類單元后,被劃分為11個門,其中厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)是各組小鼠中的優(yōu)勢菌門,共占測序豐度的93.42%,且擬桿菌門豐度最高,超過62%;除去others后,優(yōu)勢菌屬主要有擬桿菌、Odoribacter、擬普雷沃菌屬、Alistipes、乳桿菌、Parabacteroides、Muribaculum、unidentified_毛螺旋菌屬、厭氧原體屬、Lachnoclostridium其他菌屬等其在各樣本中的含量都相對較高。通過OPLS-DA作圖發(fā)現(xiàn)模型對照組與將康對照組、多糖組和酯化多糖組有明顯的區(qū)分,其中酯化多糖組又與健康對照組和多糖組有一定的分離趨勢。通過PICRUSt進行元基因組功能預(yù)測做功能相對豐度聚類分析的熱圖,我們在level2水平聚類熱圖中可以發(fā)現(xiàn)MC組中菌群功能預(yù)測中關(guān)于疾病功能預(yù)測的菌群較多,同時通過熱圖的聚類樹狀圖可以發(fā)現(xiàn),MC和HC兩兩聚類,P和SP兩兩聚類后合并,說明腹腔注射多糖或酯化多糖都會影響小鼠的腸道菌群,且它們的影響具有相似的趨勢。
【圖文】：

而且大部分都超過70%。將篩選后的有效序列作橫坐標(biāo)為序列長度，縱坐標(biāo)為序列數(shù)的柱狀圖。如圖2-1 所示，很大部分有效序列長度在 455-465bp 之間，，其中 455-460bp 之間的有效序列數(shù)最高。圖 2-1 有效序列長度分布圖。以橫坐標(biāo)為序列長度，縱坐標(biāo)為以 5bp 為單位統(tǒng)計的序列數(shù)。Figure 2-1 Effective sequence length distribution.The X-axis is the sequence length, and the Y-axis is the number of sequences countedin 5 bp.

山東師范大學(xué)碩士學(xué)位論文.2 物信息學(xué)分析.2.1 有效序列的注釋、取樣深度及 α-多樣性分析將所有 OTU 進行注釋、統(tǒng)計和繪圖后發(fā)現(xiàn)，有 737 種 OTU 得到了注釋。 OTU 分類，所有樣本總共包含在了 1 個細(xì)菌界、12 個門（其中 1 個未分類）、個綱、23 個目、40 個科（其中包括 1 個未分類、一個不清楚和 1 個模棱兩可）、5 個屬（其中 1 個模棱兩可）、1 個種（其中包括 1 個模棱兩可和 1 個未）之中。以樣本的有效序列數(shù)為橫坐標(biāo)、以有效序列歸類的 OTU 種類為縱坐標(biāo)做稀線，如圖 2-2 所示，隨著取樣深度的增加，所有樣本的稀釋曲線都逐漸趨于。
【學(xué)位授予單位】：山東師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：R285.5

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本文編號：2705101