本文關(guān)鍵詞：混合DNA分析sepDNA軟件的應(yīng)用效能評(píng)估及其模塊拓展，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的:最常見的混合DNA出現(xiàn)于強(qiáng)奸案中,該混合DNA通常由精液(男性成分)和陰道液(女性成分)組成,目前可以采用多種方法來達(dá)到分離混合斑中男性成分和女性成分的目的。然而,在某些輪奸案現(xiàn)場(chǎng)會(huì)采集到兩名甚至更多男性的混合精斑,或者在某些兇殺案現(xiàn)場(chǎng)中會(huì)采集到兩名甚至更多個(gè)體的混合血跡或脫落上皮細(xì)胞的混合物等,這些混合DNA的個(gè)體識(shí)別問題,一直是混合DNA分析中的難題。從1998年至今,用于混合DNA分離的各類軟件的出現(xiàn)使混合DNA分析在生物統(tǒng)計(jì)學(xué)方面得到了完善和發(fā)展,并為案件的偵破提供依據(jù)。然而,我國一直沒有自主研發(fā)的針對(duì)混合DNA分離分析的相關(guān)軟件,因此,對(duì)混合DNA分析軟件的研發(fā)具有現(xiàn)實(shí)意義。本實(shí)驗(yàn)室前期已自主研發(fā)了一款用于混合DNA分析的sep DNA軟件,目前該軟件包含IDfiler(針對(duì)Life Technology公司的ID試劑盒檢測(cè))和Yfiler(針對(duì)Life Technology公司的Yfiler試劑盒)兩個(gè)STR檢測(cè)模塊,軟件的兩個(gè)STR分型數(shù)學(xué)模型分別是Bayes和Iter,能夠?qū)赡泻腿谢旌螪NA進(jìn)行STR基因型分離,通過對(duì)這兩個(gè)數(shù)學(xué)模型的聯(lián)合分析和綜合考慮,從而推斷出混合DNA的來源個(gè)體,并能夠?qū)崿F(xiàn)混合DNA各組分的個(gè)人識(shí)別“圈定”。因此,該研究課題主要針對(duì)本實(shí)驗(yàn)室自主研發(fā)的sep DNA軟件,旨在對(duì)該軟件已有試劑盒模塊進(jìn)行應(yīng)用效能驗(yàn)證,并利用構(gòu)建的混合DNA實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ蛠碓黾悠湓噭┖心K,以拓展軟件的檢測(cè)應(yīng)用范圍。方法:1收集北京市局和山西省廳近年已破獲的涉及混合DNA的DNA分型數(shù)據(jù)(包括混合STR分型及各混合DNA對(duì)應(yīng)的已知來源個(gè)體的相關(guān)STR數(shù)據(jù)),通過對(duì)各案例的混合STR數(shù)據(jù)進(jìn)行sep DNA軟件分析,將軟件分析結(jié)果與該混合DNA的已知來源個(gè)體的數(shù)據(jù)信息進(jìn)行比較分析,對(duì)分析結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)從而得到該軟件對(duì)混合DNA分型的分離準(zhǔn)確率,進(jìn)而對(duì)該軟件已有模塊進(jìn)行應(yīng)用效能評(píng)估。2應(yīng)用Pure Link?Genomic DNA Kit(美國Life Technologies公司)提取來自河北省血液中心的50名無關(guān)男子抗凝血樣的全基因組DNA,按不同混合梯度構(gòu)建兩男和三男混合DNA模型,選用Amp F?STR?Identifiler?Plus Kit、Amp F?STR?Minifiler TM Kit和Goldeneye?DNA身份鑒定系統(tǒng)20A Kit共三個(gè)商品化試劑盒進(jìn)行PCR擴(kuò)增、電泳,對(duì)不同試劑盒STR檢測(cè)系統(tǒng)針對(duì)兩男和三男混合DNA模型的APH/APA、Mx、Hb、Ci等進(jìn)行參數(shù)評(píng)估。通過將各混合DNA分型的sep DNA軟件分離結(jié)果與各混合DNA對(duì)應(yīng)的已知來源個(gè)體信息進(jìn)行比較,采用Kruskal-Wallis H檢驗(yàn)、Student-NewmanKeuls檢驗(yàn)、配對(duì)四格表Mc Nemar檢驗(yàn)、Pearson Chi-square檢驗(yàn)、Dunnett’s檢驗(yàn)等統(tǒng)計(jì)分析方法,分別對(duì)每個(gè)試劑盒進(jìn)行sep DNA軟件的應(yīng)用效能評(píng)估,并將各試劑盒共有基因座挑選出來進(jìn)行比較分析,以此來拓展軟件的應(yīng)用范圍。結(jié)果:1應(yīng)用效能評(píng)估部分:兩個(gè)數(shù)學(xué)模型中Iter模型的整體分離準(zhǔn)確率和各基因座分離準(zhǔn)確率均低于Bayes模型,但將兩種模型結(jié)合起來綜合考慮后,分離準(zhǔn)確率得到提高,在綜合考慮備選基因型后效果更明顯。結(jié)合收集的實(shí)際案例和構(gòu)建的模型數(shù)據(jù)結(jié)果可以發(fā)現(xiàn),綜合考慮備選基因型后,分離準(zhǔn)確率得到相應(yīng)提高。將APH1250rfu的樣本挑選出來后發(fā)現(xiàn),sep DNA軟件的分離準(zhǔn)確率明顯提高。另外,基因座D16S539、D18D51、D2S1338、D7S820和FGA上drop-out發(fā)生率較高。2模塊拓展部分:Identifiler Plus的混合DNA圖譜中D值是隨APH的降低而增大的,但在20A和Minifiler的混合圖譜中觀察到的數(shù)據(jù)并不完全符合這一規(guī)律。采用不同試劑盒構(gòu)建的兩男或三男混合DNA模型中峰高與峰面積均呈線性相關(guān)關(guān)系。Hb值在各基因座間及各混合比例間的差異絕大多數(shù)無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義�？傮w上來看模型的基因座間均衡性都較好,其中Identifiler Plus和Minifiler試劑盒的Ci比20A更集中,帶紅色熒光的基因座Ci值偏低,帶藍(lán)色和綠色熒光的基因座Ci值偏高。針對(duì)Identifiler Plus試劑盒構(gòu)建的兩男混合DNA模型,若采用Bayes數(shù)學(xué)模型分析并考慮“備選基因型”,sep DNA軟件分離準(zhǔn)確率高達(dá)93.5%�？傮w來看,Identifiler Plus試劑盒的分離準(zhǔn)確率最高,20A次之,Minifiler略低。其中,Minifiler試劑盒在CSF1PO基因座上的分離準(zhǔn)確率高于Identifiler Plus試劑盒,在D2S1338基因座上的分離準(zhǔn)確率高于20A試劑盒;20A試劑盒中D18S51基因座上針對(duì)三男混合DNA模型的分離準(zhǔn)確率高于Identifiler Plus和Minifiler試劑盒。總體來看,Identifiler Plus試劑盒的分離準(zhǔn)確率最高,20A次之,Minifiler略低。結(jié)論:1本軟件可用于實(shí)際案例中混合DNA的分離。剔除發(fā)生drop-out的基因座后,對(duì)混合DNA的分離準(zhǔn)確率達(dá)70%以上。若APH1250rfu,綜合考慮Bayes和Iter以及綜合考慮最優(yōu)和備選基因型時(shí),分離準(zhǔn)確率高達(dá)90%以上。2通過構(gòu)建兩男和三男混合DNA模型,在本軟件中增加了ID Plus、Minifiler和20A三個(gè)試劑盒模塊,拓展了其分析應(yīng)用范圍,使其能夠更廣泛地應(yīng)用于法醫(yī)物證混合DNA的分離。
【關(guān)鍵詞】：混合DNA Identifiler Plus Minifiler 20A 雜合型均衡比 基因座間均衡比
【學(xué)位授予單位】：河北醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：D919
【目錄】：

• 中文摘要4-7
• 英文摘要7-10
• 英文縮寫10-11
• 前言11-13
• 材料與方法13-24
• 結(jié)果24-35
• 附圖35-60
• 附表60-82
• 討論82-86
• 結(jié)論86-87
• 參考文獻(xiàn)87-90
• 綜述 法醫(yī)STR基因型分析方面的研究進(jìn)展90-102
• 參考文獻(xiàn)97-102
• 致謝102-103
• 個(gè)人簡(jiǎn)歷103

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  本文關(guān)鍵詞：混合DNA分析sepDNA軟件的應(yīng)用效能評(píng)估及其模塊拓展，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：300769