目的:單核苷酸多態(tài)性(SNP,Singlenucleotidepolymorphism)是人類基因組中含量最豐富的DNA序列多態(tài)性,指的是在基因組中由單個(gè)核苷酸的變異(轉(zhuǎn)換或顛換;插入或缺失)所引起的DNA序列多態(tài)性,被認(rèn)為是繼STR后的第三代遺傳標(biāo)記。隨著全基因組計(jì)劃的完成,越來(lái)越的SNP位點(diǎn)被發(fā)現(xiàn),同時(shí)人們發(fā)現(xiàn)某些SNP位點(diǎn)具有人群特異性,這些位點(diǎn)在不同人群之間基因頻率差異非常大(AIMs,Ancestry informative markers),使用這樣一組祖先信息位點(diǎn)進(jìn)行人群區(qū)分和個(gè)體祖先信息的推斷逐漸被人們熟知和運(yùn)用。篩選和檢測(cè)人群間基因頻率差異大的多態(tài)性位點(diǎn)即祖先信息位點(diǎn)(AIMs)可以進(jìn)行人群的遺傳結(jié)構(gòu)分析和個(gè)體的種族推斷。本研究旨在建立一種針對(duì)五大洲際人群的SNP種族推斷體系,并建立相應(yīng)的參考數(shù)據(jù)庫(kù),從而實(shí)現(xiàn)對(duì)相應(yīng)人群的遺傳結(jié)構(gòu)的研究,在法醫(yī)學(xué)中使法醫(yī)DNA技術(shù)從“STR被動(dòng)比對(duì)”向“SNP主動(dòng)查找”拓展,為反恐維穩(wěn)、公共安全提供新型科技手段。方法:通過(guò)文獻(xiàn)調(diào)研,篩選針對(duì)五大洲際人群的28個(gè)祖先信息位點(diǎn)(AIMs),均為二等位基因,基于較為普及的毛細(xì)管電泳儀和SNaPshot檢測(cè)分型技術(shù)構(gòu)建單管復(fù)合擴(kuò)增檢測(cè)體系,并對(duì)本實(shí)驗(yàn)室所收集的來(lái)自五大洲際21個(gè)人群的998份樣本進(jìn)行28個(gè)SNP位點(diǎn)基因分型的檢測(cè)。采用GeneMapper進(jìn)行電泳圖譜的分型分析,利用相關(guān)統(tǒng)計(jì)方法對(duì)該體系所檢測(cè)的樣本分型和從網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫(kù)所下載的數(shù)據(jù)共3090份樣本進(jìn)行合并分析來(lái)探究該體系的區(qū)分能力,并利用參考數(shù)據(jù)庫(kù)(不包含有測(cè)試人群)對(duì)來(lái)自12個(gè)人群的663份個(gè)體來(lái)評(píng)估該體系的個(gè)體祖先推斷能力。結(jié)果:STRUCTURE聚類分析、群體主成分分析以及系統(tǒng)樹(shù)顯示28個(gè)祖先信息位點(diǎn)能夠能把所收集的人群分為六部分,其對(duì)南亞人群和歐亞混合人群也具有很好的區(qū)分能力。針對(duì)個(gè)體祖先來(lái)源推斷中,根據(jù)663個(gè)測(cè)試個(gè)體的人群匹配概率(AMP,Assignment Match Probability)顯示,該體系對(duì)于五個(gè)洲際祖先來(lái)源的個(gè)體的推斷準(zhǔn)確性達(dá)到100%,對(duì)于南亞及中亞人群的推斷準(zhǔn)確率在90%以上。結(jié)論:該體系能夠準(zhǔn)確對(duì)五大洲際人群及混合人群(南亞及中亞)進(jìn)行區(qū)分。相對(duì)于利用STR對(duì)未知DNA樣本來(lái)源點(diǎn)對(duì)點(diǎn)的被動(dòng)比對(duì),該體系利用SNP對(duì)未知個(gè)體的祖先來(lái)源的推斷的主動(dòng)查找為法醫(yī)學(xué)案件的偵破和家系排查等提供了新的思路、方法和依據(jù)。
【學(xué)位單位】：南方醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：D919
【部分圖文】：

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本文編號(hào)：2834821