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基于定量蛋白組學(xué)方法的腦外傷后潛在生物標(biāo)志物的篩選與驗(yàn)證

發(fā)布時間:2020-06-28 16:45
【摘要】:目的:腦外傷是指由于外力直接作用于頭部所造成的損傷,腦外傷發(fā)病率逐年增加,致死及致殘率極高。腦外傷發(fā)生后,由腦部損傷組織生理生化代謝的改變所引起的繼發(fā)性損傷成為大腦功能缺損的主要原因。在臨床中,腦外傷的診斷多基于CT、MRI等影像學(xué)方法,而缺乏相應(yīng)的生化指標(biāo),故在腦外傷的治療過程中難以進(jìn)行綜合性動態(tài)評價。此外,部分腦外傷患者所出現(xiàn)的精神及神經(jīng)系統(tǒng)后遺癥的發(fā)病機(jī)制仍然不明確。本研究擬通過定量蛋白質(zhì)組學(xué)和生物信息學(xué),全面分析腦外傷后代謝通路的變化情況,進(jìn)而初步篩選腦外傷后的潛在生物標(biāo)志物,探討代謝通路變化與腦損傷的關(guān)系,也為腦外傷損傷時間推斷提供技術(shù)手段。方法:本研究采用重物自由落體撞擊SD大鼠大腦皮質(zhì)的方式建立TBI動物模型。為探討腦外傷后不同時間點(diǎn)蛋白組學(xué)的變化情況,分別在腦外傷后1 h、6 h、24h、3 d處死大鼠,并收集損傷組織周圍的皮質(zhì)。通過高分辨LC-MS/MS,分別對不同損傷時間點(diǎn)的皮質(zhì)和對照組皮質(zhì)進(jìn)行定量蛋白組學(xué)分析。檢測到的每一個蛋白質(zhì)根據(jù)損傷組/對照組的比值大小篩選差異蛋白,以倍數(shù)大于1.2或倍數(shù)小于0.8作為差異蛋白的閾進(jìn)行篩選。在此基礎(chǔ)上通過DAVID,Pather Database等數(shù)據(jù)庫進(jìn)行生物信息學(xué)分析,獲得Gene Ontology(GO)、Pathways的分析結(jié)果,根據(jù)生物信息學(xué)分析情況篩選差異蛋白作為潛在的生物標(biāo)志物,并進(jìn)行可靠性驗(yàn)證。同時,根據(jù)Pathways分析結(jié)果,探討代謝通路變化與腦外傷后凋亡的關(guān)系,深入分析腦外傷后腦功能障礙的可能機(jī)制。結(jié)果:腦外傷后,損傷區(qū)腦組織蛋白表達(dá)發(fā)生顯著變化,不同時間點(diǎn)差異蛋白參與到急性期應(yīng)答、氧轉(zhuǎn)運(yùn)等生物學(xué)過程。在生物信息學(xué)對Pathways分析的基礎(chǔ)上,篩選出泛素蛋白酶體途徑、糖酵解途徑以及Wnt信號通路作為研究分析對象,結(jié)合差異蛋白表達(dá)情況從而確定了PSMC4在損傷1h時表達(dá)量增加,第3天恢復(fù)正常;Hexokinase-1在腦外傷后1h表達(dá)增加,持續(xù)到第3天后逐漸降低;AP2M1前3天無顯著變化,第3天開始降低。對代謝通路與腦外傷后凋亡的研究情況來看,腦外傷后凋亡抑制蛋白bcl-2表達(dá)降低,促凋亡蛋白caspase-3表達(dá)增加,同時Wnt信號通路關(guān)鍵蛋白β-catenin表達(dá)降低,通路受到抑制;當(dāng)激活Wnt通路后,外傷后凋亡的激活被抑制。結(jié)論:腦外傷后,蛋白質(zhì)組學(xué)輪廓發(fā)生顯著改變,差異蛋白影響多個生物學(xué)過程以及多條代謝途徑;PSMC4、Hexokinase-1、AP2M1,可以作為初步篩選腦外傷急性期(≤3 d)的潛在生物標(biāo)志物;激活Wnt通路可以抑制損傷后神經(jīng)元的凋亡。
【學(xué)位授予單位】:蘇州大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:D919
【圖文】:

實(shí)驗(yàn)流程,蛋白,三次,損傷時間


得到定量信息(圖 2-1);腦外傷 6h 后,三次生物學(xué)重復(fù)共鑒定到 1002 個蛋白,881個被定量(圖 2-2);損傷 24h 后,鑒定到 933 個蛋白,其中 832 有定量信息(圖 2-3);外傷 3d 后共鑒定 1216 個蛋白,定量蛋白有 1057 個(圖 2-4)。根據(jù)已有文獻(xiàn)的篩選標(biāo)準(zhǔn),對蛋白組學(xué)差異蛋白進(jìn)行篩選,以 TMT-127/TMT-126(損傷組/對照組)變化量≥1.2 倍或≤0.8 倍作為差異蛋白的選閾值,超過其范圍,則認(rèn)為腦外傷后這類蛋白的表達(dá)發(fā)生變化。對每一個損傷時間點(diǎn)的三次生物學(xué)重復(fù),按下列原則對差異蛋白進(jìn)行篩選:1. 三次定量結(jié)果中,TMT-127/TMT-126 比值均≥1.2 或≤0.8;2. 三次定量結(jié)果中,TMT-127/TMT-126 比值有兩次≥1.2 或≤0.8;滿足以上兩個條件,則作為該損傷時間點(diǎn)的差異蛋白。對于差異蛋白,1h、6h、24h、3d 分別篩選出 173,147,283,255 個蛋白作為差異蛋白,上調(diào)和下調(diào)情況見圖 3。

腦外傷,生物標(biāo)志物,蛋白


腦外傷1h后,蛋白定性與定量結(jié)果

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4 王貍

本文編號:2733234


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