發(fā)布時(shí)間：2020-05-27 18:06

【摘要】：目的:旨在篩選東亞族群中可能出現(xiàn)且分布頻率較高的Y-SNP位點(diǎn),構(gòu)建Y-SNP多重復(fù)合擴(kuò)增檢測(cè)體系。研究Y染色體D單倍群及下游分支在東亞族群的遺傳多態(tài)性。同時(shí),探究Y-SNP和Y-STR兩種遺傳標(biāo)記在家系調(diào)查中的應(yīng)用。方法:在課題組前期研究基礎(chǔ)上,通過(guò)文獻(xiàn)調(diào)研和ISOGG網(wǎng)站上Y染色體譜系樹,篩選出Y-SNP位點(diǎn),采用微測(cè)序技術(shù)構(gòu)建多重復(fù)合擴(kuò)增檢測(cè)體系。用該體系對(duì)1426份樣本進(jìn)行檢測(cè)分型,并用DNATyperTM Y26試劑盒檢測(cè)Y-STR基因座。通過(guò)直接計(jì)數(shù)法計(jì)算Y-SNP單倍群的頻率,應(yīng)用Rv.3.3.2繪制熱圖,根據(jù)22個(gè)Y-STR基因座的等位基因頻率,使用PHYLIP v3.65構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,使用Network version v5.022軟件構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖。另外,本研究采集了不同姓氏兩個(gè)家族共180份男性樣本,用YfilerTM Plus試劑盒檢測(cè)Y-STR基因座分型,采用微測(cè)序技術(shù)檢測(cè)其中36份樣本的42個(gè)Y-SNP位點(diǎn),通過(guò)直接計(jì)數(shù)法和網(wǎng)絡(luò)圖進(jìn)行Y-STR單倍型分析,探討單倍型在家族內(nèi)的變異和Y-SNP單倍群的分布。結(jié)果:本課題成功構(gòu)建24重Y染色體核心單倍群SNP檢測(cè)體系和37重Y染色體O單倍群SNP檢測(cè)體系,該體系特異性和均衡性較好,可重復(fù),等位基因分型準(zhǔn)確。單倍群頻率、熱圖、網(wǎng)絡(luò)圖分析等顯示,Y染色體D單倍群頻率在本課題所研究的群體中有很大的頻率分布差異,D單倍群高頻分布于西藏藏族人和日本人,分別為40.96%和35.71%,在西藏周邊地區(qū)及其他地區(qū)呈現(xiàn)低頻分布或無(wú)分布。此外,在家系調(diào)查中,P1家族63份樣本中檢出18種Y-STR單倍型,網(wǎng)絡(luò)圖中P1家族呈現(xiàn)為單核心星狀聚類,抽取的17份樣本均屬于N-M231單倍群;P2家族117份樣本中檢出35種單倍型,網(wǎng)絡(luò)圖呈現(xiàn)為雙核心星狀聚類,抽取的19份樣本均屬于O1a1a1a1-F78單倍群。結(jié)論:構(gòu)建的Y-SNP復(fù)合擴(kuò)增體系可進(jìn)行等位基因準(zhǔn)確分型。Y染色體D單倍群在東亞族群中具有明顯的族群地域分布特征,可為案件偵破提供參考線索。綜合使用Y-STR和Y-SNP兩種遺傳標(biāo)記,可以擴(kuò)大譜系調(diào)查可認(rèn)定的范圍,防止錯(cuò)排DNA來(lái)源人所在的父系家系。
【圖文】：

備注：斜體部分為課題組前期研究成果，＊為本論文新增位點(diǎn)逡逑基于ＩＳＯＧＧ網(wǎng)站Ｙ－ＤＮＡ單倍群譜系樹各個(gè)位點(diǎn)的主干分枝關(guān)系，對(duì)篩選逡逑的位點(diǎn)構(gòu)建Ｙ染色體核心單倍群譜系樹（圖１－Ｍ）和Ｙ染色體０單倍群譜系樹逡逑（圖１－１－２）

；逡逑②在３１３０ｘ１遺傳分析儀上新建“Ｍｏｄｕｌｅ邋Ｍａｎａｇｅ”文件，命名為ＳＮａＰｓｈｏｔ邋＋逡逑期，“Ｔｙｐｅ”邋為邋“ＳＰＥＣＴＲＡＬ”，“Ｔｅｍｐｌａｔｅ”邋為邋“ａｐｅｒｃｔｒａｌ３６－ｐｏｐ７”邋；新建逡逑Ｐｒｏｔｏｃｏｌ邋Ｍａｎｇｅｒ”文件，命名為邋ＳＮａＰｓｈｏｔ邋Ｍｔｒｉｘ邋＋邋日期，，“Ｔｙｐｅ”為“ＳＰＥＣＴＲＡＬ”，逡逑Ｐｏｌｙｍｅｒ”邋為邋“ｐｏｐ７”，“Ａｒｒａｙ邋Ｌｅｎｇｔｈ”邋為邋“３６ｃｍ”，“Ｒｕｎ邋Ｍｏｄｕｌｅ”邋為新建逡逑邋Ｍｏｄｕｌｅ邋Ｍａｎａｇｅ邋文件；逡逑③新建邋“Ｐｌａｔｅ邋Ｍａｎｇｅｒ”邋文件，命名為邋ＳＮａＰｓｈｏｔ邋Ｍｔｒｉｘ邋＋邋日期，“Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ”逡逑邋“Ｓｐｅｃｔｒａｌ邋ｃａｌｉｂｒａｔｉｏｎ”，“ＰｌａｔｅＴｙｐｅ”邋選擇邋“９６－ｗｅｌｌ”邋；邋“ＳａｍｐｌｅＮａｍｅ”邋欄逡逑編輯邋１－丨６，“Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ邋Ｐｒｏｔｏｃｏｌ”邋選擇剛建好的邋ＳＮａＰｓｈｏｔ邋Ｍｔｒｉｘ邋＋邋日期；逡逑④在“Ｐｌａｔｅ邋Ｖｉｅｗ”中選擇連接的９６孔板，“Ｒｕｎ邋Ｖｉｅｗ”中檢查上樣是否為逡逑－Ｈ２，點(diǎn)擊綠色的三角按鈕開始電泳；逡逑⑤電泳完成后，儀器自動(dòng)生成光譜校正（圖１－１－３）。逡逑光譜校正完成后，即可對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行電泳檢測(cè)。逡逑＜５Ａ邐？邋＇Ｓｐｉｒｉｔ逡逑
【學(xué)位授予單位】：貴州醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：D919

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本文編號(hào)：2683930