目的分析我國2010―2018年柯薩奇病毒A組6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)毒株VP1區(qū)基因流行和進化規(guī)律,為手足口病的防治提供科學(xué)依據(jù)。方法從GenBank獲得2010―2018年我國CV-A6病毒全長VP1區(qū)核苷酸序列,用MEGA V7.0和Interactive Tree of Life V5 (iTOLV5)軟件構(gòu)建進化樹,用DNAstar V8.1.3軟件對核苷酸同源性進行分析。結(jié)果 880條序列來源的CV-A6毒株以D3亞型為主,占毒株總數(shù)的95.45%,不同基因型核苷酸同源性為80.8%～86.0%,同基因型內(nèi)核苷酸同源性為88.1%～100.0%。D2亞型VP1區(qū)相對穩(wěn)定,無整體氨基酸變異情況;而D3毒株VP1區(qū)發(fā)生多點氨基酸替換,其中A5T、T283A、N137S、V242I、A30V、I174V氨基酸替換循環(huán)出現(xiàn),這種進化模式與越南地區(qū)相似,但與日本地區(qū)卻不同。VP1區(qū)5T、30A、137N、242V比例逐年增加,可能與CV-A6引起我國手足口的輕癥和重癥病例比例上升有關(guān)。結(jié)論具有VP1區(qū)遺傳多樣性的CV-A6 D3株的出現(xiàn)可能是CV-A6在...

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圖3CV-A6D3亞型VP1區(qū)6個氨基酸年度替換比例分布

表3CV-A10病毒VP1區(qū)核苷酸序列同源性比對分析Table3ThehomologyanalysisofCV-A6VP1nucleotideacidsequences參考株/各年度毒株基因型/亞型核苷酸同源性(%)2010年2011年2012年....

圖12010―2018年我國CV-A6VP1區(qū)基因系統(tǒng)進化樹

表22010―2018年不同省/自治區(qū)/直轄市CV-A6VP1區(qū)序列分布情況Table2CV-A6VP1sequencesindifferentprovincefrom2010to2018地區(qū)序列數(shù)量(條)合計(%)2010年2011年20....

圖2CV-A6D2亞型和D3亞型毒株年度比例分布圖

所有VP1區(qū)核苷酸同源性位于80.8%～100.0%之間;與A/B1/B2/C1/C2參考株相比,同源性為80.8%～86.0%,而與D1/D2/D3相比,同源性為88.1%～100.0%。不同年度VP1區(qū)核苷酸相比,同源性在86.1%～100.0%之間,2015―2018年同源....

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