目的:采用microRNA（miRNA）測(cè)序和生物信息學(xué)方法,分析大氣細(xì)顆粒物(PM_2.5)染毒人支氣管上皮HBE細(xì)胞前后差異表達(dá)的miRNAs,預(yù)測(cè)差異miRNAs的生物學(xué)功能和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑。方法:用50μg/mL的PM_2.5混懸液染毒HBE細(xì)胞,以未染毒組作為對(duì)照組,處理24 h后提取總RNA樣品,Small RNA樣品預(yù)處理試劑盒構(gòu)建文庫(kù),并利用illumina HiSeq^TM 2500/MiSeq測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行高通量測(cè)序。以調(diào)整后P<0.05的篩選標(biāo)準(zhǔn)得到差異miRNAs,使用miRanda和RNAhybrid兩個(gè)軟件共同預(yù)測(cè)差異miRNAs的靶基因并進(jìn)行GO和KEGG功能富集分析,利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)和Cytoscape軟件對(duì)miRNAs和靶基因及靶基因之間的相互作用關(guān)系進(jìn)行可視化分析。結(jié)果:高通量測(cè)序方法共檢測(cè)到PM_2.5染毒前后的包含1 137個(gè)miRNAs的表達(dá)譜,27個(gè)為差異表達(dá)的miRNAs,其中7個(gè)上調(diào),20個(gè)下調(diào)。GO和KEGG富集分析發(fā)現(xiàn),這些差異miRNAs主要參與... 

【文章來(lái)源】：癌變·畸變·突變. 2020,32(05)

【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 主要試劑
    1.2 PM2.5采集與處理
    1.3 細(xì)胞培養(yǎng)與PM2.5染毒
    1.4 構(gòu)建c DNA文庫(kù)及mi RNA測(cè)序
    1.5 mi RNA差異表達(dá)分析
    1.6 mi RNA功能預(yù)測(cè)
    1.7 相互作用網(wǎng)絡(luò)圖
2 結(jié)果
    2.1 PM2.5暴露導(dǎo)致HBE細(xì)胞內(nèi)mi RNAs表達(dá)譜改變
    2.2 mi RNAs功能富集分析
    2.3 相互作用關(guān)系分析
        2.3.1 mi RNAs-靶基因相互作用
        2.3.2 靶基因相互作用
3 討論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[5]深圳和太原PM2.5樣品致突變作用研究[J]. 鄭凱,王冰玉,徐新云,耿紅,黃海燕,劉威,龍鼎新.  癌變·畸變·突變. 2019(06)
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[7]大氣細(xì)顆粒物暴露后小鼠肺組織microRNA差異表達(dá)譜芯片分析[J]. 侯天芳,廖紀(jì)萍,馬元元,張成,王廣發(fā).  生態(tài)毒理學(xué)報(bào). 2018(01)
[8]癌癥相關(guān)microRNA與靶基因的生物信息學(xué)分析[J]. 周學(xué),杜宜蘭,金萍,馬飛.  遺傳. 2015(09)



本文編號(hào)：3572830