目的了解2018年10月至2019年1月間泰州地區(qū)急性胃腸炎疫情主要致病原,掌握其傳播流行規(guī)律。方法采集學(xué)校聚集性疫情中患者的咽拭子和肛拭子標(biāo)本,進行病原學(xué)核酸檢測,測定陽性疫情株VP1基因序列,構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹,分析疫情株所屬流行亞群,推測該流行亞群做傳染病人口學(xué)模型和傳播路徑,以及VP1基因變異性分析。結(jié)果共采集疫情樣100人份,檢出諾如病毒GII型陽性45份,測定其中20份標(biāo)本VP1基因序列,除1份為GII.3型外,其余均為GII.2亞型,該GII.2型疫情株間同源性平均達99.4%,其與2016-2017年中國、日本流行株屬于同一流行亞群,該亞群起源于上海地區(qū),且仍處于流行上升階段。結(jié)論本時間段泰州市急性胃腸炎學(xué)校聚集性疫情的主要致病原是GII.2型諾如病毒,其屬于一個活躍的流行亞群。 

【文章來源】：現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué). 2020,47(05)北大核心

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【部分圖文】：

基于VP1基因同源性的II型諾如病毒貝葉斯系統(tǒng)發(fā)生樹的中日16-19流行亞群分枝和19株泰州流行株聚集成的一個小分枝(灰色標(biāo)注),貝葉斯支持度高于60%者被標(biāo)于各節(jié)點上

對“中日16-19”流行亞群進行模型推算。流行起始時間均值為4.53,其95%貝葉斯置信區(qū)間為(3.71,5.43),以2019年1月為截止時間,起始時間均值對應(yīng)2014年6月,其置信區(qū)間對應(yīng)2013年7月至2015年4月。流行規(guī)模(Prevalence)即被感染人群規(guī)模,而感染發(fā)生率(Incidence)等于單位時間內(nèi)易感人群被感染發(fā)生數(shù)(即被感染風(fēng)險)。有效增殖數(shù)(Re)等于發(fā)病率(birth rate)、感染周期長度(infectious period)和易感人群規(guī)模(S)三者之積,該值大于1提示流行處于高發(fā)期。結(jié)果顯示該流行亞群的流行規(guī)模以及易感群體被感染風(fēng)險皆呈上升趨勢,而有效增殖數(shù)始終大于1(如圖2),提示本時間段流行還未結(jié)束,發(fā)病數(shù)還可能持續(xù)增加。2.5 病毒傳播路徑

12起被采集標(biāo)本的疫情中有11起檢出GII.2型諾如病毒,平均檢出率未超過50%(45%),其中未檢出諾如病毒者多是發(fā)病較早的已恢復(fù)者。另一方面,本時間段泰州流行諾如病毒具有極高的基因同源性,聚集成進化樹一個單獨的分枝,這正符合病毒處于流行季節(jié)的病原學(xué)特征。故綜合分析泰州地區(qū)胃腸炎學(xué)校聚集性疫情的主要致病原仍然是GII.2型諾如病毒。泰州疫情株所屬分枝基部較長,末端較短,呈陡階梯狀特征,且分枝有較高支持度。如此分枝特征說明分枝中的毒株同源性很高(平均相似度高達98.7%),而如此高的同源性提示這些毒株為同一流行亞群(即 “中日16-19”流行亞群)。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]江蘇省近期急性胃腸炎暴發(fā)中諾如病毒分子特征分析[J]. 付建光,艾靜,靳淼,劉成,沙丹,姚萍,吳斌,祁賢,鮑昌俊,朱葉飛,湯奮揚.  中華流行病學(xué)雜志. 2013 (08)
[2]小兒急性感染性胃腸炎輪狀病毒感染的病原學(xué)研究[J]. 趙錦銘,程紅,嚴(yán)嵐,王秀亭,鄧潔,陳燕,宋燕燕,趙同興,屈建國.  中華實驗和臨床病毒學(xué)雜志. 2001(01)



本文編號：3290821