腸道菌群對嬰兒早期的營養(yǎng)吸收、新陳代謝、免疫和消化系統(tǒng)等起著重要作用。嬰兒階段是腸道菌群開始逐步定植的關(guān)鍵時期,腸道菌群紊亂可導(dǎo)致炎癥性腸炎、過敏性腸炎、壞死性小腸結(jié)腸炎等多種疾病。早期腸道菌群的多樣性及穩(wěn)態(tài)受多種環(huán)境因素的影響,如生產(chǎn)方式、喂養(yǎng)方式、抗生素介入、地域因素及飲食文化等。因此,對嬰兒腸道菌群的研究顯得尤為重要。目前,傳統(tǒng)培養(yǎng)與高通量測序技術(shù)相結(jié)合的研究方法被廣泛應(yīng)用于分析腸道菌群的多樣性研究中。本研究以嬰兒腸道菌群為研究對象,利用傳統(tǒng)培養(yǎng)方法與基于Pacbio平臺的單分子實時測序技術(shù)相結(jié)合的方式來探究嬰兒腸道菌群的多樣性,同時初步揭示不同環(huán)境因素對嬰兒腸道菌群多樣性的影響。一方面,提取傳統(tǒng)培養(yǎng)方法獲得的分離株的DNA,利用16S rDNA通用引物進行PCR擴增,將拼接好的序列提交至NCBI進行BLAST比對以確定菌株分類學(xué)地位,初步探究不同環(huán)境因素對嬰兒腸道菌群多樣性的影響;另一方面,使用單分子實時測序技術(shù),對健康和使用阿莫西林或美羅培南抗生素治療的嬰兒糞便樣本中菌群的16S rDNA全長序列進行測序,并對測序結(jié)果進行生物學(xué)信息分析。通過alpha多樣性分析、分類組成分析... 

【文章來源】：東北農(nóng)業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：67 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
英文摘要
1 引言
    1.1 腸道菌群與人體健康
    1.2 早期腸道菌群建立重要性及影響因素
        1.2.1 早期腸道菌群建立重要性
        1.2.2 早期腸道菌群建立影響因素
    1.3 腸道菌群分布及多樣性的研究方法
        1.3.1 傳統(tǒng)培養(yǎng)方法
        1.3.2 分子生物學(xué)方法
    1.4 研究目的與意義
    1.5 研究內(nèi)容
2 材料與方法
    2.1 材料與儀器
        2.1.1 嬰兒腸道糞便樣本采集
        2.1.2 主要生化試劑
        2.1.3 主要儀器與設(shè)備
        2.1.4 常用培養(yǎng)基及溶液配制
    2.2 實驗方法
        2.2.1 嬰兒腸道糞便樣本的采集與保存
        2.2.2 腸道細菌的培養(yǎng)和分離
        2.2.3 DNA提取及PCR擴增
        2.2.4 生物信息學(xué)分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 基于傳統(tǒng)培養(yǎng)方法的腸道菌群多樣性
        3.1.1 菌株的分離純化
        3.1.2 基因組DNA提取
        3.1.3 PCR擴增
        3.1.4 16SrDNA序列的鑒定
    3.2 腸道糞便基因組提取及16SrDNA序列全長擴增
    3.3 各分類水平的分類學(xué)組成分析
        3.3.1 各分類水平的微生物類群數(shù)統(tǒng)計
        3.3.2 分類學(xué)組成分析
        3.3.3 樣本組間分類學(xué)組成的差異分析
        3.3.4 系統(tǒng)發(fā)育分析
        3.3.5 Alpha多樣性分析
        3.3.6 Beta多樣性分析
        3.3.7 PICRUSt菌群功能預(yù)測
4 討論
    4.1 基于傳統(tǒng)培養(yǎng)方法的菌群多樣性研究
        4.1.1 培養(yǎng)基及培養(yǎng)條件的選擇
        4.1.2 基于培養(yǎng)方法的嬰兒腸道菌群多樣性
        4.1.3 不同環(huán)境因素對腸道菌群的影響
    4.2 基于單分子實時測序的菌群多樣性研究
        4.2.1 菌群結(jié)構(gòu)與分類學(xué)分析
        4.2.2 腸道菌群多樣性分析
        4.2.3 PICRUSt功能預(yù)測
5 結(jié)論
致謝
參考文獻
附錄
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3187065