疾病基因在藥物的研制以及對(duì)生物體的結(jié)構(gòu)功能等方面具有重要的作用�？茖W(xué)工作者在研究基因的表達(dá)時(shí)認(rèn)識(shí)到了密碼子偏好性的重要作用。通過對(duì)不同物種的密碼子偏好性研究,發(fā)現(xiàn)不同物種的密碼子使用情況并不相同,并且存在明顯偏好性。而在同一物種中,不同功能的基因其密碼子使用偏性也存在著很大的差異。朱平教授利用氨基酸編碼方法提出了擬氨基酸編碼方法對(duì)78個(gè)人類基因進(jìn)行研究,而利用擬氨基酸編碼方法對(duì)疾病基因偏好性研究,將有重要意義。本文以疾病基因?yàn)檠芯繉?duì)象,應(yīng)用擬氨基酸編碼方法對(duì)疾病基因進(jìn)行偏好性研究,并根據(jù)歐氏距離對(duì)密碼子進(jìn)行聚類分析,得到偏好性結(jié)果。本文做了下面幾點(diǎn)工作:（1）第二章中,密碼子適應(yīng)指數(shù)（codon cdaptation index,CAI）是反映密碼子偏好性的一個(gè)重要指標(biāo)。由于物種的差異性,研究密碼子偏好性的指標(biāo)也不斷涌現(xiàn)。因此,根據(jù)擬氨基酸編碼方法提出擬密碼子適應(yīng)指數(shù)（quasi-codon adaptation index,Q-CAI）。首先通過CAI模型方法,實(shí)驗(yàn)結(jié)果發(fā)現(xiàn)密碼子具有偏好性,其次,利用本章提出的Q-CAI方法運(yùn)算,實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)比CAI運(yùn)算值更高,能更有效的評(píng)價(jià)密碼子偏好性... 

【文章來源】：江南大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：40 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

GC3與GC12的含量分布

18圖 3-2：基于 RSCU 值的聚類圖是以 RSCU 值為基礎(chǔ)，進(jìn)行系統(tǒng)聚類得到的結(jié)果是，H2N2 和 H2NH5N9 和 H11N9 聚為一類，H7N2 和 H7N3 聚為一類，H7N1、H7N為一類，表明這些流感病毒序列的血凝素基因親緣關(guān)系較近。

19圖 3-3：基于 QRSCU 值的聚類圖以 QRSCU 值為依據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)聚類，得到結(jié)果是：H1N2 和 H5N1 聚N9 聚為一類，H7N1 和 H7N9 聚為一類，H7N2、H7N3 和 H5N9 聚1N9 聚為一類。SCU 值和 QRSCU 值聚類得到的結(jié)果有相同又有不同，即血凝素 類，H2N2 和 H2N9 聚為一類，H7N1 和 H7N9 聚為一類，表明這基因親緣關(guān)系較近，但是用 QRSCU 可以將 RSCU 中 H9N2 和 H1為一類。即 QRSCU 聚類更細(xì)致，效果更好。而 H1N1，H3N2 與其緣關(guān)系較遠(yuǎn)。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]2009-2015年中國甲型H1N1流感病毒血凝素基因進(jìn)化分析[J]. 顏文娟,郭艷,李小杉,李偉,宣楊,宋玥,方坤,衛(wèi)平民.  微生物學(xué)通報(bào). 2017(02)
[2]原核微藻psbA基因的密碼子偏好性及聚類分析[J]. 侯惠靜,王素英,吳子健.  核農(nóng)學(xué)報(bào). 2016(07)
[3]芍藥查爾酮異構(gòu)酶基因（CHI）克隆、密碼子偏好性分析以及蛋白結(jié)構(gòu)功能預(yù)測(cè)[J]. 吳彥慶,趙大球,王靜,陶俊.  華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2016(02)
[4]大腸桿菌gdhA基因的密碼子偏好性分析及優(yōu)化[J]. 蘇惠,李永光,譚文雍,滕衛(wèi)麗,李文濱.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2015(03)
[5]人類1號(hào)、X、Y染色體基因密碼子偏好性研究[J]. 郭承恩,柴志欣,鐘金城.  生命科學(xué)研究. 2014(05)
[6]禽流感病毒基因的密碼子偏好性及聚類分析[J]. 宋喬喬,柴志欣,鐘金城.  生物技術(shù). 2014(02)
[7]亞氨基酸編碼方法及其應(yīng)用[J]. 吳艷,仇建鄴,朱平.  生物數(shù)學(xué)學(xué)報(bào). 2013(04)
[8]禽流感病毒血凝素基因研究進(jìn)展[J]. 蔣梅.  中國人獸共患病學(xué)報(bào). 2013(08)
[9]抑癌基因p53密碼子偏好性分析及其突變致癌預(yù)測(cè)[J]. 談承杰,朱平.  計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué). 2012(11)
[10]基于概率轉(zhuǎn)移矩陣的氨基酸連接偏好性研究[J]. 張堃,唐旭清.  食品與生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2012(01)



本文編號(hào)：3124212