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基于權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)挖掘雙酚A代替物的分子作用機(jī)制

發(fā)布時間:2021-04-26 18:35
  評估雙酚A(bisphenol A, BPA)代替物的內(nèi)分泌干擾活性并挖掘其分子作用機(jī)理。采用分子對接技術(shù)模擬預(yù)測BPA代替物對人雌激素受體α(estrogen receptor,ERα)的結(jié)合活性;構(gòu)建權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)找到BPA代替物和細(xì)胞增殖之間強(qiáng)相關(guān)的模塊和基因;構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(protein protein interaction network,PPI),找到BPA代替物發(fā)揮雌激素活性的樞紐基因(Hub gene);基因-疾病關(guān)聯(lián)(gene-disease associations)分析找到與BPA代替物高度相關(guān)的人類疾病。結(jié)果表明,6種BPA均具有雌激素活性;WGCNA分析找到2個模塊共1 090個基因與細(xì)胞增殖強(qiáng)相關(guān)的基因;PPI挖掘到BPA代替物發(fā)揮雌激素作用的Hub gene是孕酮受體(rrogesterone receptor,PGR)、Myb相關(guān)蛋白(Myb-related protein like 1,MYBL1)、過氧化物酶體增殖劑激活受體(per... 

【文章來源】:中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,40(04)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】:6 頁

【文章目錄】:
1 材料與方法
    1.1 分子對接
    1.2 數(shù)據(jù)獲取與標(biāo)準(zhǔn)化
    1.3 WGCNA分析
    1.4 PPI分析
    1.5 基因與疾病分析
2 結(jié)果
    2.1 分子對接
    2.2 WGCNA網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
    2.3 蛋白互作
    2.4 基因-疾病關(guān)聯(lián)分析
3 討論


【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]雙酚A對孕鼠子宮、卵巢相關(guān)因子的影響及菟絲子黃酮的緩解作用[J]. 張石磊,馬雙,史萬玉,鐘秀會.  中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(02)
[2]黃芩苷對雙酚A致小鼠生殖損傷的保護(hù)作用[J]. 馬雙,宋鵬琰,韓超,鐘秀會.  中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2018(09)



本文編號:3161909

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