多模態(tài)影像組學(xué)分析方法用于鼻咽癌EB病毒DNA表達(dá)的研究
發(fā)布時(shí)間:2021-03-27 01:03
目的:研究使用基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法的多模態(tài)影像組學(xué)分析方法,預(yù)測(cè)鼻咽癌患者血漿EB病毒DNA狀態(tài)。以及篩選能夠反映EB病毒DNA高危水平的影像學(xué)生物標(biāo)志物特征,探究影像組學(xué)用于EB病毒DNA的狀態(tài)分析的可行性。方法:樣本資源來(lái)自于2017年5月至2018年1月在四川大學(xué)華西醫(yī)院放射物理技術(shù)中心進(jìn)行放療定位鼻咽癌Ⅱ~Ⅳ期患者230人,所有患者都接受了放療前的化療和藥物治療。定位影像包括CT,T1WI和T2WI三種模態(tài)的醫(yī)學(xué)影像,均來(lái)自于同一 CT模擬機(jī)和磁共振模擬機(jī)。使用實(shí)時(shí)熒光定量PCR測(cè)定的血漿DNA拷貝數(shù)進(jìn)行DNA狀態(tài)分組(大于100copies為陽(yáng)性組,反之為陰性),然后在DNA陽(yáng)性組中繼續(xù)DNA水平分組(大于4000copies為高危組,大于1000copies及小于4000copies為中危組,反之為低危組)。感興趣區(qū)域的結(jié)構(gòu)來(lái)自于用于放療的腫瘤原發(fā)灶GTVnx,每個(gè)模態(tài)組使用Pyradiomics工具包提其中1026個(gè)影像特征。(1)DNA狀態(tài)預(yù)測(cè):使用10次隨機(jī)分組的方法和威斯康辛秩和檢驗(yàn)篩選訓(xùn)練組和驗(yàn)證組的同質(zhì)性,使用柯?tīng)柲陕宸?斯米洛夫檢驗(yàn),Spearsman相關(guān)性檢驗(yàn)...
【文章來(lái)源】:武漢大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:54 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
影像組學(xué)的基本流程
保證了圖像資源的標(biāo)準(zhǔn)化。??取之前,所有的圖像都做了歸一化處理。??興趣區(qū)域的分割??療定位后,所有的圖像導(dǎo)入Pinnacle放療計(jì)劃系背景的物理師對(duì)圖像進(jìn)行配準(zhǔn)和融合,配準(zhǔn)的方成后,由四川大學(xué)華西醫(yī)院腫瘤中心的有至少I圖像上進(jìn)行手動(dòng)靶區(qū)勾畫(huà),勾畫(huà)完成后,將靶像上。復(fù)制至CT上的靶區(qū)結(jié)構(gòu)將直接用于放療選取的感興趣區(qū)域是鼻咽癌的原發(fā)病灶GTVnx,己經(jīng)開(kāi)始進(jìn)行放療的患者,保證所有的GTVnx結(jié)構(gòu)。對(duì)于部分沒(méi)有做圖像融合的影像資源,我的剛性配準(zhǔn)方法進(jìn)行了配準(zhǔn),將CT影像上的靶
3a。??小波分析正是通過(guò)伸縮和平移兩種參數(shù)控制濾波函數(shù)遍歷所要分析的信號(hào),??當(dāng)波函數(shù)和信號(hào)重合時(shí),就會(huì)對(duì)信號(hào)進(jìn)行增強(qiáng),從而了解更多的信號(hào)細(xì)節(jié),特別??是能夠?qū)Ψ欠(wěn)定信號(hào)進(jìn)行時(shí)域分析,如圖3b。??小波變換的通過(guò)可隨頻率改變的“窗口”實(shí)現(xiàn)了多分辨率分析,由此帶來(lái)了??良好的時(shí)頻特性。在高頻部分采用了逐漸精細(xì)的時(shí)域步長(zhǎng),對(duì)對(duì)象信號(hào)可以聚焦??分析到任意細(xì)節(jié),這種聚焦分析可用于時(shí)頻兩域,以此達(dá)到表征信號(hào)局部特征,??特別對(duì)于圖像信號(hào)這種非平穩(wěn)信號(hào)的分析非常合適。在圖像處理領(lǐng)域有廣泛的運(yùn)??用:圖像壓縮,圖像降噪,圖像融合,圖像分割,圖像增強(qiáng)等[63,64]。??4.在進(jìn)行影像特征提取之前的所進(jìn)行的圖像處理:??歸一化:所有的圖像都?xì)w一化至0?100,確保所有圖像有統(tǒng)一的位寬。??再采樣:由于本次研宄的影像資料同模態(tài)都保證了統(tǒng)一的掃描條件和重建條??件,因而不存在使用再采樣處理。??濾波變換:本次研究對(duì)圖像分別進(jìn)行了保持原始圖像,拉普拉斯高斯LoG變??換,小波變換三種濾波變換,而拉普拉斯高斯變換的Sigma分別選取了?3mm和??5mm。其模板如圖4???n?f0?0?1?0?O'??
本文編號(hào):3102578
【文章來(lái)源】:武漢大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:54 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
影像組學(xué)的基本流程
保證了圖像資源的標(biāo)準(zhǔn)化。??取之前,所有的圖像都做了歸一化處理。??興趣區(qū)域的分割??療定位后,所有的圖像導(dǎo)入Pinnacle放療計(jì)劃系背景的物理師對(duì)圖像進(jìn)行配準(zhǔn)和融合,配準(zhǔn)的方成后,由四川大學(xué)華西醫(yī)院腫瘤中心的有至少I圖像上進(jìn)行手動(dòng)靶區(qū)勾畫(huà),勾畫(huà)完成后,將靶像上。復(fù)制至CT上的靶區(qū)結(jié)構(gòu)將直接用于放療選取的感興趣區(qū)域是鼻咽癌的原發(fā)病灶GTVnx,己經(jīng)開(kāi)始進(jìn)行放療的患者,保證所有的GTVnx結(jié)構(gòu)。對(duì)于部分沒(méi)有做圖像融合的影像資源,我的剛性配準(zhǔn)方法進(jìn)行了配準(zhǔn),將CT影像上的靶
3a。??小波分析正是通過(guò)伸縮和平移兩種參數(shù)控制濾波函數(shù)遍歷所要分析的信號(hào),??當(dāng)波函數(shù)和信號(hào)重合時(shí),就會(huì)對(duì)信號(hào)進(jìn)行增強(qiáng),從而了解更多的信號(hào)細(xì)節(jié),特別??是能夠?qū)Ψ欠(wěn)定信號(hào)進(jìn)行時(shí)域分析,如圖3b。??小波變換的通過(guò)可隨頻率改變的“窗口”實(shí)現(xiàn)了多分辨率分析,由此帶來(lái)了??良好的時(shí)頻特性。在高頻部分采用了逐漸精細(xì)的時(shí)域步長(zhǎng),對(duì)對(duì)象信號(hào)可以聚焦??分析到任意細(xì)節(jié),這種聚焦分析可用于時(shí)頻兩域,以此達(dá)到表征信號(hào)局部特征,??特別對(duì)于圖像信號(hào)這種非平穩(wěn)信號(hào)的分析非常合適。在圖像處理領(lǐng)域有廣泛的運(yùn)??用:圖像壓縮,圖像降噪,圖像融合,圖像分割,圖像增強(qiáng)等[63,64]。??4.在進(jìn)行影像特征提取之前的所進(jìn)行的圖像處理:??歸一化:所有的圖像都?xì)w一化至0?100,確保所有圖像有統(tǒng)一的位寬。??再采樣:由于本次研宄的影像資料同模態(tài)都保證了統(tǒng)一的掃描條件和重建條??件,因而不存在使用再采樣處理。??濾波變換:本次研究對(duì)圖像分別進(jìn)行了保持原始圖像,拉普拉斯高斯LoG變??換,小波變換三種濾波變換,而拉普拉斯高斯變換的Sigma分別選取了?3mm和??5mm。其模板如圖4???n?f0?0?1?0?O'??
本文編號(hào):3102578
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