【摘要】：研究目的:本實(shí)驗(yàn)研究通過利用高通量測序技術(shù)對熱療前后的鼻咽癌CNE-2細(xì)胞株進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組基因測序,利用IPA(Ingenuity Pathway Analysis)技術(shù)對測序結(jié)果進(jìn)行注釋、比對,并使用基因本體(Gene Ontology,GO)和京都基因與基因組百科全書(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析方法對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能富集分析,從而探討鼻咽癌CNE-2細(xì)胞株熱療前后基因的差異表達(dá)情況及進(jìn)行功能分析,為下一步研究鼻咽癌熱療的分子作用機(jī)制奠定實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。研究方法:將鼻咽癌CNE2細(xì)胞分為空白對照組和實(shí)驗(yàn)組。實(shí)驗(yàn)組CNE2細(xì)胞恒溫42℃水浴1小時(shí)后,置于37℃、5%CO2的培養(yǎng)箱中繼續(xù)培養(yǎng)24小時(shí)�？瞻讓φ战M不作加溫只在37℃、5%CO2的箱中進(jìn)行培養(yǎng)。然后兩組均分別提取總RNA進(jìn)行文庫構(gòu)建,采用高通量Illumina HiSeqTM2500測序平臺(tái)對樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組基因測序,再利用IPA軟件進(jìn)行轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)的分析,對轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果進(jìn)行參考基因組注釋、比對,并使用GO(基因本體)和KEGG(京都基因與基因組百科全書)富集分析方法對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能富集分析。實(shí)驗(yàn)結(jié)果:1.通過采用DESeq軟件分析差異表達(dá)基因,按|FC|1.5,P-value0.05的篩選標(biāo)準(zhǔn)一共篩選出3184個(gè)表達(dá)差異基因。其中2712個(gè)為上調(diào)的差異表達(dá)基因,472個(gè)為下調(diào)的差異表達(dá)基因。2.差異基因涉及90條信號(hào)通路和466個(gè)上游調(diào)控分子。GO分析結(jié)果顯示差異表達(dá)基因與腫瘤相關(guān)的生物過程功能、細(xì)胞組成功能、分子功能等相關(guān);KEGG富集分析結(jié)果顯示以上差異表達(dá)基因主要涉及14個(gè)信號(hào)通路或生化途徑,其中參與PI3K-Ak信號(hào)通路、MAPK信號(hào)通路等通路的基因較多。IPA在經(jīng)典通路、相互作用網(wǎng)絡(luò)、上游調(diào)控因子三個(gè)方面進(jìn)行分析,分別篩選出IL-8信號(hào)通路、NF-κB信號(hào)通路等5個(gè)信號(hào)通路、相互作用網(wǎng)絡(luò)核心基因CCND1和CDK4/6及上游調(diào)控因子SMARCA4、TGF-β1等。結(jié)論:本研究篩選出熱療前后的鼻咽癌CNE-2細(xì)胞株差異表達(dá)最高的20個(gè)基因、5個(gè)上游調(diào)控因子和評分最高的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的2個(gè)核心基因及相關(guān)的7條信號(hào)通路,為下一步研究鼻咽癌熱療的機(jī)制奠定實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。
【學(xué)位授予單位】：廣西醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：R739.63
【圖文】：

圖 1 轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)流程Figure The experimental process of RNA-Seq學(xué)分析得的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組生物信息學(xué)分析。大體

RN"表示樣品有一定的測錯(cuò)的概率，但在允許范圍內(nèi)，"FAIL大概率出錯(cuò)，樣品可能存在一定污染。個(gè)堿基 N 的含量（Per Base N Content）序過程中，當(dāng)測序設(shè)備無法確定Read的某個(gè)位置是哪一種堿成“N”。對所有 Read 的每個(gè)位置，統(tǒng)計(jì)出 N 的 ratio。一般 的 ratio 是非常小的，在圖上顯示的是一條直線，但在放大發(fā)現(xiàn)還是會(huì)有 N 的存在的，這不屬于出現(xiàn)問題。當(dāng) Y 軸在 ，“黃色凸起”清晰可見時(shí)，表示排序系統(tǒng)出現(xiàn)問題。當(dāng)任例超過 5 時(shí)，則報(bào)”WARN”；當(dāng)任意位置 N 的比例超過 20AIL”。此次實(shí)驗(yàn)兩組CNE-2樣品皆沒有產(chǎn)生“N”，檢查結(jié)果為合格。見圖 3 和圖 4。

【參考文獻(xiàn)】

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1 胡涂;曾樂平;黃菊芳;;MMP3在腫瘤發(fā)生發(fā)展中作用的新進(jìn)展[J];腫瘤藥學(xué);2013年03期

2 劉朋虎;林冬梅;林占q

本文編號(hào)：2726519