【摘要】：研究目的:本實驗研究通過利用高通量測序技術(shù)對熱療前后的鼻咽癌CNE-2細胞株進行轉(zhuǎn)錄組基因測序,利用IPA(Ingenuity Pathway Analysis)技術(shù)對測序結(jié)果進行注釋、比對,并使用基因本體(Gene Ontology,GO)和京都基因與基因組百科全書(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析方法對差異表達基因進行功能富集分析,從而探討鼻咽癌CNE-2細胞株熱療前后基因的差異表達情況及進行功能分析,為下一步研究鼻咽癌熱療的分子作用機制奠定實驗基礎。研究方法:將鼻咽癌CNE2細胞分為空白對照組和實驗組。實驗組CNE2細胞恒溫42℃水浴1小時后,置于37℃、5%CO2的培養(yǎng)箱中繼續(xù)培養(yǎng)24小時�？瞻讓φ战M不作加溫只在37℃、5%CO2的箱中進行培養(yǎng)。然后兩組均分別提取總RNA進行文庫構(gòu)建,采用高通量Illumina HiSeqTM2500測序平臺對樣本進行轉(zhuǎn)錄組基因測序,再利用IPA軟件進行轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)的分析,對轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果進行參考基因組注釋、比對,并使用GO(基因本體)和KEGG(京都基因與基因組百科全書)富集分析方法對差異表達基因進行功能富集分析。實驗結(jié)果:1.通過采用DESeq軟件分析差異表達基因,按|FC|1.5,P-value0.05的篩選標準一共篩選出3184個表達差異基因。其中2712個為上調(diào)的差異表達基因,472個為下調(diào)的差異表達基因。2.差異基因涉及90條信號通路和466個上游調(diào)控分子。GO分析結(jié)果顯示差異表達基因與腫瘤相關的生物過程功能、細胞組成功能、分子功能等相關;KEGG富集分析結(jié)果顯示以上差異表達基因主要涉及14個信號通路或生化途徑,其中參與PI3K-Ak信號通路、MAPK信號通路等通路的基因較多。IPA在經(jīng)典通路、相互作用網(wǎng)絡、上游調(diào)控因子三個方面進行分析,分別篩選出IL-8信號通路、NF-κB信號通路等5個信號通路、相互作用網(wǎng)絡核心基因CCND1和CDK4/6及上游調(diào)控因子SMARCA4、TGF-β1等。結(jié)論:本研究篩選出熱療前后的鼻咽癌CNE-2細胞株差異表達最高的20個基因、5個上游調(diào)控因子和評分最高的調(diào)控網(wǎng)絡的2個核心基因及相關的7條信號通路,為下一步研究鼻咽癌熱療的機制奠定實驗基礎。
【學位授予單位】：廣西醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：R739.63
【圖文】：

圖 1 轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒灹鞒蘁igure The experimental process of RNA-Seq學分析得的原始數(shù)據(jù)進行轉(zhuǎn)錄組生物信息學分析。大體

RN"表示樣品有一定的測錯的概率，但在允許范圍內(nèi)，"FAIL大概率出錯，樣品可能存在一定污染。個堿基 N 的含量（Per Base N Content）序過程中，當測序設備無法確定Read的某個位置是哪一種堿成“N”。對所有 Read 的每個位置，統(tǒng)計出 N 的 ratio。一般 的 ratio 是非常小的，在圖上顯示的是一條直線，但在放大發(fā)現(xiàn)還是會有 N 的存在的，這不屬于出現(xiàn)問題。當 Y 軸在 ，“黃色凸起”清晰可見時，表示排序系統(tǒng)出現(xiàn)問題。當任例超過 5 時，則報”WARN”；當任意位置 N 的比例超過 20AIL”。此次實驗兩組CNE-2樣品皆沒有產(chǎn)生“N”，檢查結(jié)果為合格。見圖 3 和圖 4。

【參考文獻】

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1 胡涂;曾樂平;黃菊芳;;MMP3在腫瘤發(fā)生發(fā)展中作用的新進展[J];腫瘤藥學;2013年03期

2 劉朋虎;林冬梅;林占q

本文編號：2726519