【摘要】：背景：Waardenburg綜合征(Waardenburg syndrome, WS)是最常見的常染色體顯性遺傳綜合征型耳聾,其主要臨床特征是色素沉著異常(包括皮膚毛發(fā)的色素脫失、虹膜異色)和感音神經性耳聾。根據其他臨床特征,如內眥異位、四肢肌肉骨骼異常、先天性巨結腸等,WS又被分為4型(WS Ⅰ-Ⅳ)。已報道的該疾病致病基因有6個,分別是PAX3、MITF、EDN3、EDNRB、SOX10以及SNAI2。萊頓大學醫(yī)學中心建立了關于WS的基因突變數據庫LOVD-Leiden Open Variantion Database(http://grenada.lumc.nl/LOVD2/WS/),該數據庫記錄了113個PAX3、78個SOX10、41個MITF、15個EDN3、31個EDNRB和2個SNAI2基因突變位點(截至2014年3月)。這些報道主要采用直接測序法篩查6個致病基因上的點突變或小片段的缺失,而直接測序法對于基因上可能存在的涉及較大范圍的拷貝數變異(Copy number variation,CNV)則無法進行可靠描述。然而,對突變準確可靠的鑒別對于WS患者及家庭的遺傳咨詢十分重要。近年來,一些基于PCR的CNV檢測手段已經廣泛使用于對目的基因的CNV檢測。國外也已經有研究組采用多重連接依賴探針擴增(Multiplex ligation-dependent probe amplification, MLPA)技術對WS致病基因展開了篩查,我國目前還沒有此類報道。 目的：本研究希望通過對29例中國人群WS患者的6個致病基因的直接測序和CNV的檢測,研究中國人群WS相關基因的突變頻率及詳細的評估臨床表型,推薦合理的分子基因診斷程序。 方法：我們首先對新收集的4例WS病例臨床分型,采用直接測序法進行相關基因外顯子篩查。然后,對所有WS病例(包括前期收集25例和新收的4例)采用CNVplex技術進行致病基因的CNV檢測,對發(fā)現的CNV用實時熒光定量法驗證,并初步定位。最后,總結4個新收的病例和25個前期收集的病例的臨床資料以及兩種方法的檢測結果,評估臨床表型并分析突變頻率。 結果：本研究結果發(fā)現：①新收集的4例WS病例,2例為WSⅠ型、2例WS Ⅱ型,均通過直接測序法找到致病突變,共發(fā)現3個突變。2例WSⅠ基因突變均發(fā)生在PAX3,分別為c.232GA和c.792+1GA；另外2例WSⅡ為相同突變：MITF第7外顯子c.649-651delAGA。②包括了前期收集的29個病例中,4例WSⅠ型、23例WS Ⅱ、2例WSIV,其中所有WSⅠ型和WSⅣ,以及65%(15/23)的WSⅡ型病例均通過直接測序法發(fā)現了突變,其中WSⅠ病例致病突變均在PAX3基因上；WS Ⅱ病例中39%(9/23)與MITF有關,30%(7/23)與SOX10有關；WSIV為SOX1O突變。③CNVplex檢測結果顯示29個樣本中有9例出現了不同目標區(qū)的拷貝數異常。其中7個(7/29,24%)提示為點突變,提示位點與前期的直接測序結果相符。另外兩個提示為分別涉及MITF和SOX10的CNV,涉及MITF的CNV拷貝數目為5(正常人為2),說明該片段存在重復,為重復型CNV；涉及SOX10的CNV拷貝數目為1,說明該片段有缺失,為缺失型CNV。經實時熒光定量驗證得到確證,并初步定位：1.涉及MITF的CNV范圍在MITF上游1Kbp-3Kbp到第1外顯子,大小在4-5Kbp。2.涉及SOX10的CNV是包括整個SOX10在內的大于160Kbp的缺失。 結論：我們首次在中國人群中進行WS患者的CNV研究,通過本實驗研究的出以下結論：①在中國人群中WS患者主要為WS Ⅰ、WS Ⅱ兩種亞型,分別占17%和79%,WSIV少見,WSⅢ在罕見。PAX3是WS Ⅰ的主要致病基因；MITF和SOX10是WS Ⅱ的主要致病突變,65%的WS Ⅱ發(fā)現與這兩個基因有關；SOX10為WSⅣ的主要致病基因。②中國人群WS病例存在致病基因上的CNV,目標基因CNV檢測可以提高WS病例的突變檢出率,與直接測序法相互補充。③CNVplexTM高通量基因拷貝數檢測技術不僅可以靈敏的檢測目的基因的CNVs,也可以提示設計位點的點突變和小片段缺失,與直接測序法相互驗證。④直接測序法結合CNVplex檢測技術能更好的提高WS致病基因突變檢出率,有助于WS的分子診斷,建議列入WS常規(guī)分子診斷程序。
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【學位授予單位】：中南大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2014
【分類號】：R764.44

【參考文獻】

相關期刊論文 前1條

1 何陽花;俞英;張沅;;拷貝數變異與疾病的關系及其在動物抗病育種中的應用前景[J];遺傳;2008年11期

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本文編號：2476159