目的對UC活動期及恢復(fù)期的差異基因進行生物信息學(xué)分析,探討影響UC發(fā)生和發(fā)展的可能機制。方法從GEO數(shù)據(jù)庫下載正常人及UC患者活動期及恢復(fù)期結(jié)直腸黏膜基因芯片數(shù)據(jù),進行差異基因篩選、基因本體論和DEGs富集分析、構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)及解析核心關(guān)鍵基因。結(jié)果交叉分析顯示,在UC活動期表達上調(diào)而恢復(fù)期表達下調(diào)的基因有202個;GO分析發(fā)現(xiàn),差異基因在炎癥反應(yīng)、趨化因子介導(dǎo)的信號通路以及白細(xì)胞遷移等生物過程中顯著富集;KEGG分析顯示,差異基因顯著富集在補體和凝血級聯(lián)反應(yīng)途徑、趨化因子信號通路途徑、細(xì)胞因子—細(xì)胞因子受體相互作用途徑、Toll樣受體信號通路等;通過Cytoscape構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),利用cytohubba中的三種算法篩選解析到CCL2等10個核心關(guān)鍵基因。結(jié)論本研究初步揭示了影響UC進展的關(guān)鍵基因和信號通路,加深了我們對UC發(fā)生和發(fā)展的分子機制的認(rèn)識,其中解析到的核心關(guān)鍵基因有望成為潰瘍性結(jié)腸炎診斷和治療的分子靶標(biāo)。 

【文章來源】：貴州醫(yī)藥. 2020,44(03)

【文章頁數(shù)】：4 頁

【部分圖文】：

hub關(guān)鍵基因

表1 不同組別間顯著差異表達基因 數(shù)據(jù)集 組別 表達上調(diào) 表達下調(diào) GSE38713 UC活動期腸黏膜與正常人腸黏膜比較組 SEC14L1、BIRC3、VCAN、PCDH17、CASP1、FCRL5、ART3、TGFB1、CREB3L2、NT5DC2、NFKBIZ, MMP9, BCL2A1, CXCL8, GZMB, MMP3, PLAU(共410個) AQP8、ABCG2、PCK1、HMGCS2、CLDN8、SLC26A2、GUCA2B、TRPM6、SLC51A、PRAP1(共177個) UC恢復(fù)期腸黏膜與UC活動期腸黏膜比較組 ST6GAL2、INSL5、CLDN8、CPB1、NTRK2、PCK1、PNLIPRP2、CA1、HMGCS2、HOXD13、PYY、ABCA8、SPON1、SLC26A3、PADI2、CAPN13、AQP8、TPH1、EXPH5、BEST2(共84個) XDH、BMPR2、PDPN、ADGRL4、CCL24、TLR8、PECAM1、CLEC4A、G0S2、TMEM37、CASP1、COBLL1、PTGS2、SP110、KCNN3、SLA、IFITM1、NFKBIZ, MMP9, BCL2A1, CXCL8, GZMB, MMP3, PLAU(共289個) 注:*只列出部分差異表達基因。2.2 GO term及KEGG富集分析

為了進一步解析UC活動期表達上調(diào),恢復(fù)期表達下調(diào)的202個差異基因的功能,將這些差異基因上傳到DAVID,以確定重要的GO類別和KEGG途徑。 GO分析結(jié)果顯示差異基因在BP中的顯著富集主要包括炎癥反應(yīng),趨化因子介導(dǎo)的信號通路以及白細(xì)胞遷移等(圖2 A); MF分析顯示,差異基因具備趨化因子活性,絲氨酸型內(nèi)肽酶活性及糖基化終產(chǎn)物受體結(jié)合活性等(圖2 B); CC分析顯示,差異基因富集在胞外間隙、胞外區(qū)和細(xì)胞外基質(zhì)等(圖2 C);KEGG分析顯示,差異基因顯著富集在補體和凝血級聯(lián)反應(yīng)途徑、趨化因子信號通路途徑、細(xì)胞因子—細(xì)胞因子受體相互作用途徑、Toll樣受體(TLR)信號通路等(圖2 D)。2.3 PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和分析


本文編號：3530072