本文關(guān)鍵詞：慢性乙型肝炎患者腸道菌群結(jié)構(gòu)的分子生態(tài)學研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：慢性乙型病毒性肝炎(Chronic Viral Hepatitis B, CHB)是一種嚴重危害人類健康的常見病,部分患者因肝臟炎癥的反復發(fā)作可發(fā)展為肝硬化、肝癌及肝衰竭。因此,防止慢性乙型肝炎病情惡化工作也是一個全球性的公共衛(wèi)生問題。近年來,肝病與腸道菌群來源的內(nèi)毒素的關(guān)系日益受到人們的重視,大量的臨床資料表明,慢性肝炎患者常伴發(fā)有腸源性內(nèi)毒素血癥,且肝臟受損程度與血清中內(nèi)毒素水平呈明顯的量效關(guān)系,腸道菌群在肝臟的炎癥反應、肝臟的纖維化進程中起到了非常重要的作用。因此,全面深入的地解析肝炎患者的腸道菌群結(jié)構(gòu)將會有利于研究慢性乙肝的病程及預后。本論文通過使用bar coded 454第二代測序技術(shù),對300名CHB患者和149名健康對照的糞便樣品進行了腸道菌群的結(jié)構(gòu)分析,研究了CHB患者的腸道菌群結(jié)構(gòu)特征以及疾病對腸道菌群的影響。 對樣品進行了16S rRNA基因的V3區(qū)的bar coded 454測序共獲得的851,302條高質(zhì)量的序列,通過PCA、PLS、Unifrac、SVM等多元統(tǒng)計分析。結(jié)果顯示,CHB患者的腸道菌群結(jié)構(gòu)與健康人有著明顯的差別。這種差別首先表現(xiàn)在其腸道菌群多樣性顯著的降低。其次,一些優(yōu)勢類群的比例在兩組人群中也存在顯著差異,如擬桿菌門(Bacteroidetes)以及其中的機會致病菌普雷沃氏菌屬(Prevotella)豐度均在CHB患者中顯著增加,而厚壁菌門(Firmicutes)以及其中最優(yōu)勢丁酸鹽產(chǎn)生菌羅氏菌屬(Roseburia)、益生菌雙歧桿菌屬(Bifidobacterium)的豐度則顯著降低。 綜上,本研究表明,CHB患者腸道菌群結(jié)構(gòu)與健康人相比發(fā)生了顯著的變化,表現(xiàn)在其多樣性明顯減少及一些特定細菌類群比例的失衡上。
【關(guān)鍵詞】：腸道菌群 慢性乙型肝炎 LPS bar coded 454測序 16S rRNA基因V3區(qū) 多變量統(tǒng)計
【學位授予單位】：上海交通大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2011
【分類號】：R512.62
【目錄】：

• 摘要5-7
• ABSTRACT7-12
• 第一章 文獻綜述12-44
• 引言12-13
• 1.1 人體腸道菌群的結(jié)構(gòu)與功能13-20
• 1.1.1 人體腸道微生物概述13-14
• 1.1.2 人體腸道菌群的主要結(jié)構(gòu)組成14-16
• 1.1.2.1 厚壁菌門（Firmicutes）14-15
• 1.1.2.2 擬桿菌門（Bacteroidetes）15
• 1.1.2.3 變形菌門（Proteobacteria）15-16
• 1.1.2.4 放線菌門（Actinobacteria）16
• 1.1.3 人體腸道微生物的主要功能16-17
• 1.1.3.1 食物消化及營養(yǎng)代謝16
• 1.1.3.2 促進上皮細胞的生長與分化16-17
• 1.1.3.3 調(diào)節(jié)宿主的免疫功能17
• 1.1.3.4 腸屏障保護作用17
• 1.1.4 影響腸道菌群結(jié)構(gòu)的因素17-20
• 1.1.4.1 宿主遺傳因素18
• 1.1.4.2 免疫系統(tǒng)18-19
• 1.1.4.3 營養(yǎng)因素19
• 1.1.4.4 其他因素19-20
• 1.2 腸道菌群與疾病20-24
• 1.2.1 腸道菌群與肝臟疾病20-22
• 1.2.2 腸道菌群與其它疾病22-24
• 1.2.2.1 腸道菌群與炎癥性腸�。↖nflammatory Bowel Disease，，IBD）22-23
• 1.2.2.2 腸道菌群與結(jié)腸癌（colon cancer）23
• 1.2.2.3 腸道菌群與代謝綜合征（Metabolic Syndrome, MS）23-24
• 1.3 研究微生物群落組成結(jié)構(gòu)的分子生物學技術(shù)24-27
• 1.3.1 變性/溫度梯度凝膠電泳技術(shù)（DGGE/TGGE）25
• 1.3.2 克隆文庫分析法（clone library）25-26
• 1.3.3 454 測序技術(shù)（454 pyrosequencing）26-27
• 1.4 多變量統(tǒng)計學方法27-31
• 1.4.1 主成分分析（Principal Component Analysis, PCA）28-29
• 1.4.2 聚類分析（Cluster Analysis）29
• 1.4.3 最小二乘法（Partial Least Square, PLS）29-30
• 1.4.4 UniFrac 分析30-31
• 1.4.5 支持向量機（Support Vector Machines, SVM）31
• 1.5 論文結(jié)構(gòu)介紹31-33
• 1.6 參考文獻33-44
• 第二章 利用454 測序技術(shù)對慢性乙型肝炎患者腸道菌群結(jié)構(gòu)的研究44-94
• 摘要44-45
• ABSTRACT45-46
• 引言46-47
• 2.1 材料與方法47-60
• 2.1.1 人群信息及招募方案47-50
• 2.1.1.1 CHB 組排除納入標準47-48
• 2.1.1.2 健康對照排除納入標準48-50
• 2.1.2 CHB 患者生物樣本采集50-51
• 2.1.2.1 血樣采集50
• 2.1.2.2 尿液采集50-51
• 2.1.2.3 糞便采集51
• 2.1.3 對大規(guī)模糞便樣品細菌總基因組DNA 的提取51
• 2.1.4 CHB 糞便 DNA 的 16S rRNA 基因 V3 區(qū) bar coded 454 測序51-53
• 2.1.5 454 序列的處理及系統(tǒng)發(fā)育分析53-57
• 2.1.5.1 454 序列的質(zhì)控（quality control）、整理（trimming）及歸并（binning）53-54
• 2.1.5.2 序列比對54-55
• 2.1.5.3 計算距離矩陣55
• 2.1.5.4 劃分操作分類單元（Operation Taxonomy Unit，OTU）55-56
• 2.1.5.5 多樣性分析56-57
• 2.1.5.6 系統(tǒng)進化樹的建立57
• 2.1.5.7 分析分類地位57
• 2.1.6 腸道菌群測序數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析57-60
• 2.1.6.1 數(shù)據(jù)預處理57-58
• 2.1.6.2 人體腸道菌群結(jié)構(gòu)的多變量統(tǒng)計學分析58-60
• 2.2 實驗結(jié)果60-71
• 2.2.1 CHB 對腸道菌群多態(tài)性的影響60
• 2.2.2 CHB 與健康對照腸道菌群結(jié)構(gòu)的整體比較60-65
• 2.2.2.1 主成份分析60-63
• 2.2.2.2 Unifrac 分析63-65
• 2.2.3 使用腸道菌群對CHB 及健康對照建立分類模型65-66
• 2.2.3.1 使用PLS-DA 建立分類模型評估模型65-66
• 2.2.3.2 使用SVM 法建立分類模型66
• 2.2.4 人群腸道菌群多樣性組成的系統(tǒng)發(fā)育分析66-70
• 2.2.5 鑒定健康狀況相關(guān)的特定細菌類群70-71
• 2.3 討論71-74
• 2.4 本章小結(jié)74-75
• 2.5 參考文獻75-81
• 附表1 CHB 患者及健康對照其腸道菌群454 測序信息81-94
• 附章 造血干細胞移植術(shù)對腸道菌群結(jié)構(gòu)的影響94-106
• 引言94-95
• 3.1 材料與方法95-98
• 3.1.1 患者資料及采集方案95
• 3.1.2 預處理及抗生素治療方案95-96
• 3.1.3 糞便樣品細菌總基因組DNA 提取96
• 3.1.4 HSCT 患者糞便 DNA 的 16S rRNA 基因 V3 區(qū) Bar-coded 454 測序96-97
• 3.1.5 454 序列的處理及系統(tǒng)發(fā)育分析及腸道菌群測序數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析97-98
• 3.2 實驗結(jié)果98-103
• 3.2.1 測序質(zhì)量評估98-99
• 3.2.2 HSCT 期間腸道菌群多樣性改變99
• 3.2.3 腸道菌群整體結(jié)構(gòu)及分類地位分析99-103
• 3.3 討論103-104
• 3.4 本章小結(jié)104-105
• 3.5 參考文獻105-106
• 附錄1 縮寫及全稱106-107
• 附錄2 儀器設(shè)備107-108
• 研究生階段已(待)發(fā)表的論文及參加的科研課題108-109
• 已(待)發(fā)表的論文108
• 參加的科研課題108-109
• 致謝109-110

【引證文獻】

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 劉建均;肝硬化患者腸道菌群分析[D];大連醫(yī)科大學;2012年

2 陳杏云;高脂飲食和燕麥β-葡聚糖對菌群人源化小鼠生理及腸道菌群的影響[D];西北農(nóng)林科技大學;2013年

  本文關(guān)鍵詞：慢性乙型肝炎患者腸道菌群結(jié)構(gòu)的分子生態(tài)學研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：300723