目的:分析脾腎陽(yáng)虛型結(jié)腸腺瘤性息肉患者的腸道菌群,以探求患者與健康人群的腸道菌群的差異。觀察溫腎健脾中藥方對(duì)脾腎陽(yáng)虛型結(jié)腸腺瘤性息肉患者的腸道菌群的結(jié)構(gòu)及多樣性的影響。材料與方法:采集20例脾腎陽(yáng)虛型結(jié)腸腺瘤性息肉患者、12例健康人的糞便標(biāo)本,提取每份樣本中的細(xì)菌總DNA,根據(jù)16SrDNA V3-V4區(qū)設(shè)計(jì)引物進(jìn)行擴(kuò)增,使用Illumina Miseq平臺(tái)予以高通量測(cè)序,通過(guò)生物信息分析軟件對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析,進(jìn)而得到樣品的物種信息。分析對(duì)比兩組人群在腸道菌群多樣性及菌群結(jié)構(gòu)方面的差異,以探求脾腎陽(yáng)虛型結(jié)腸腺瘤性息肉患者腸道菌群的分布特征。在接受中藥治療的患者中,選取9例,給予溫腎健脾中藥方口服,療程為6周。收集中藥治療前及治療6周后的患者的糞便標(biāo)本,提取糞便樣本中細(xì)菌總DNA,利用Illumina Miseq測(cè)序平臺(tái),對(duì)細(xì)菌的16SrDNA基因的V3-V4區(qū)進(jìn)行高通量測(cè)序,并對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行生物信息學(xué)分析,分析比對(duì)治療前后的患者腸道菌群的多樣性及組成結(jié)構(gòu)變化。結(jié)果:1.兩組中擬桿菌門和厚壁菌門的豐度最高,擬桿菌門分別占到(57.2±4.417)%和(55.29±5.60)%;厚壁菌門分別占到(30.93±3.945)%和(41.80±5.701)%;豐度較高的是變形菌門、梭桿菌門、放線菌門�；疾〗M的腸道菌群中擬桿菌門與厚壁菌門的比值明顯高于正常組(p0.05);擬桿菌門兩組之間比較差異不大,而兩組之間厚壁菌門、變形菌門、放線菌門、疣胃菌門及梭桿菌門的豐度均有顯著差異。α多樣性分析表明,正常組在細(xì)菌種群多樣性方面,物種種類明顯多于患病組。主成分分析顯示,患病組和正常組樣本被分開,提示兩組的菌群的結(jié)構(gòu)存在著顯著的不同。2.9例脾腎陽(yáng)虛型結(jié)腸腺瘤性息肉的患者在使用中藥溫腎健脾方治療后腸道菌群的多樣性出現(xiàn)輕微的上升,但與治療前比較無(wú)顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異;而通過(guò)PCOA聚類分析及對(duì)治療前后腸道中高豐度菌群相對(duì)豐度的分析發(fā)現(xiàn),通過(guò)口服中藥湯治療,患者腸道的菌群結(jié)構(gòu)的組成的確發(fā)生了明顯改變。結(jié)論:1.脾腎陽(yáng)虛型結(jié)腸腺瘤性息肉患者與健康人群在腸道菌群的多樣性方面有明顯不同,在菌群結(jié)構(gòu)分布上亦存在較大的差別。2.溫腎健脾中藥方可以使腸道的菌群結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,改變后的腸道菌群更接近于我們前期實(shí)驗(yàn)中的健康人的腸道菌群結(jié)構(gòu)。
【學(xué)位單位】：遼寧中醫(yī)藥大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：R574.62
【部分圖文】：

圖 2DNA 樣本純化濃縮 4 倍電泳質(zhì)控圖1.5.3 PCR 預(yù)擴(kuò)增檢測(cè)結(jié)果1）引物 V3-V4F CCTACGGGNGGCWGCAG R GACTACHVGGGTATCTAATCC

⑩提取的 DNA 溶液放置于-20℃保存。1.5.1 所提取樣本瓊脂糖電泳結(jié)果見(jiàn)圖 1。圖 1 樣本瓊脂糖電泳結(jié)果1.5.2 D N A 樣本純化濃縮 4 倍電泳質(zhì)控圖，見(jiàn)圖 2。

圖 3PCR 擴(kuò)增檢測(cè)結(jié)果以上預(yù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示：所有樣本有明顯擴(kuò)增條帶，所有樣本符合后續(xù)實(shí)驗(yàn)要求。1.6 高可變區(qū) PCR 擴(kuò)增以純化的基因組 DNA 為模板進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增。引物序列：V3-V4：上游引物：GTGCCAGCMGCCGCGGTAA，下游引物：GGACTACHVGGGTWTCTAAT 。1.7 高通量測(cè)序以 Illumina Miseq 測(cè)序平臺(tái)為基礎(chǔ)，對(duì)擴(kuò)增的目的片段進(jìn)行純化洗脫以及文庫(kù)擴(kuò)增后上機(jī)測(cè)序，通過(guò)經(jīng)堿基識(shí)別將測(cè)序得到的電信號(hào)數(shù)據(jù)分析轉(zhuǎn)化為原始序列。使用通用引物 protocol 得到 260nt 的 PE 數(shù)據(jù)，去除 PE 數(shù)據(jù)末尾的質(zhì)量值低于 Q15 的堿基，使用 FLASH（v1.2.11）軟件 merge（-M 300 其余參數(shù)默認(rèn)）PE 數(shù)據(jù)。1.8 數(shù)據(jù)量以及數(shù)據(jù)質(zhì)量信息匯總1.8.1 有效序列數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
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