【摘要】： 背景與目的 潰瘍性結(jié)腸炎(ulcerative colitis,UC)是一種慢性、復(fù)發(fā)性結(jié)腸非特異性炎癥,其病因及發(fā)病機(jī)制尚未完全明了,目前普遍認(rèn)為是環(huán)境、免疫和遺傳等多因素相互作用所致。大量研究證明外周血單個(gè)核細(xì)胞在UC免疫紊亂中發(fā)揮了重要作用。因此,本研究采用高通量的基因芯片技術(shù),建立UC外周血單個(gè)核細(xì)胞基因表達(dá)譜,探討UC發(fā)病過(guò)程基因組水平的變化及鑒定其發(fā)病相關(guān)基因,為UC診斷、治療提供新途徑。 材料與方法 選取經(jīng)臨床表現(xiàn)、內(nèi)鏡檢查和病檢確診的活動(dòng)期UC病例12例(男女各6例,年齡19～60歲,平均36.25±10.98),及正常對(duì)照6例(年齡19～60歲,平均35.17±14.88)。所有研究對(duì)象均排除感染、自身免疫性疾病、腫瘤等可能影響PBMC基因表達(dá)的因素后采集外周血并分離出外周血單個(gè)核細(xì)胞,Trizol(Invitrogen)法提取總RNA后采用RNeasy Mini Kit進(jìn)一步純化,1%瓊脂糖電泳和分光光度計(jì)鑒定RNA質(zhì)量及完整性。按芯片雜交要求,每例樣本抽取2μg RNA進(jìn)行生物素標(biāo)記的cRNA合成。然后與含有30,968個(gè)基因的Phalanx Human OneArraymicroarray芯片雜交,之后洗滌、掃描芯片(DNA Microarray Scanner G2565B,Agilent公司)提取原始數(shù)據(jù),原始數(shù)據(jù)經(jīng)Genespring10軟件對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換并標(biāo)準(zhǔn)化處理后,兩組數(shù)據(jù)經(jīng)RVM t檢驗(yàn),以p值＜0.01及FDR＜0.05為閾值篩選兩組間差異表達(dá)基因,利用全部差異表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分分析從整體上了解兩組研究對(duì)象間基因表達(dá)模式是否具有差別。并對(duì)差異基因進(jìn)行基因本體論分析,闡明這些差異基因參與的生物學(xué)過(guò)程。 結(jié)果 1.各組總RNA提取結(jié)果良好,總RNA的吸光度OD260/OD280值均在1.8～2.0,電泳結(jié)果證實(shí)已抽提高純度的RNA。 2.PCA分析結(jié)果證實(shí)UC患者PBMCs基因表達(dá)和正常對(duì)照相比存在很大差異。 3.以FDR＜0.05及p-value＜0.01為標(biāo)準(zhǔn)篩選兩組間差異表達(dá)基因,共發(fā)現(xiàn)4438條序列(4188條基因)存在異常表達(dá),其中3689條序列(3590條基因)表達(dá)下調(diào),749條序列(598條基因)表達(dá)上調(diào)。 4.以p-value＜0.01及FDR＜0.05具有顯著意義的上調(diào)性GO 67個(gè),而下調(diào)的僅1個(gè)。上調(diào)基因所涉及的生物學(xué)過(guò)程主要涉及三大類(1)免疫及炎癥反應(yīng):免疫反應(yīng)(33個(gè)基因)、炎癥反應(yīng)(17個(gè)基因)、固有免疫(9個(gè)基因)、正調(diào)節(jié)自然殺傷細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒作用(2個(gè)基因);(2)細(xì)胞增殖分化:細(xì)胞周期(29個(gè)基因),細(xì)胞增殖(19個(gè)基因),細(xì)胞分化(21個(gè)基因),正調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖(11個(gè)基因),細(xì)胞分裂(12個(gè)基因);(3)DNA代謝及損傷修復(fù):DNA損傷刺激反應(yīng)(20個(gè)基因),DNA修復(fù)(21個(gè)基因),DNA重組(8個(gè)基因),雙鏈通過(guò)同源重組修復(fù)斷裂(4個(gè)基因)、DNA復(fù)制(11個(gè)基因),正調(diào)節(jié)DNA修復(fù)(2個(gè)基因)。 結(jié)論 1.UC患者PBMCs的基因表達(dá)與正常對(duì)照相比存在很大差異,這些差異基因主要涉及:免疫炎癥反應(yīng)、細(xì)胞增殖分化、DNA損傷修復(fù)等生物學(xué)過(guò)程,表明UC的發(fā)病是一個(gè)復(fù)雜的病理生理過(guò)程。 2.參與上述生物學(xué)過(guò)程中的異常表達(dá)分子,可作為臨床治療靶點(diǎn)及檢測(cè)標(biāo)志。 3.基因芯片以其高通量、平行檢測(cè)、處理速度快等的特點(diǎn)成為篩查UC外周血差異表達(dá)基因高效快捷的工具。 綜上所述,我們采用基因芯片技術(shù)對(duì)活動(dòng)期UC的PBMCs差異表達(dá)基因進(jìn)行了初步研究,發(fā)現(xiàn)了一批與UC發(fā)病及病理生理相關(guān)的基因,這些差異表達(dá)基因涉及到多方面生物學(xué)過(guò)程,提示UC的發(fā)病可能涉及多種基因分子機(jī)制。對(duì)于這些基因在UC發(fā)病機(jī)理中的進(jìn)一步研究,將為UC治療及診斷提供新靶點(diǎn)。
【圖文】：

昆明醫(yī)學(xué)院碩士研究生論文P值FDR基因全稱基因0.00020262.4OE一061.00E一060.00078140.00050770.0005077差異倍數(shù)0.0430.0420.039h即othetiealProteinFLJ35848neurexinlglut田叮atereeePtor，，ionotroPie，N一methy1D一asPartateZBoPioidreeePtor，kapPalFLJ35848NRXNIGRINZB9.7OE一060.00050770.036OPRKI4.2pCA分析結(jié)果由PCA結(jié)果圖(圖2)可見(jiàn)，UC患者與正常對(duì)照分布存在明顯區(qū)域差別，說(shuō)明UC患者與正常對(duì)照PBMCs中存在明顯基因表達(dá)差異。
【學(xué)位授予單位】：昆明醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2010
【分類號(hào)】：R574.62

【參考文獻(xiàn)】

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1 姒健敏;朱琴;;炎癥性腸病的遺傳學(xué)研究若干進(jìn)展[J];國(guó)際消化病雜志;2006年02期

2 中國(guó)炎癥性腸病協(xié)作組;王玉芳;歐陽(yáng)欽;;3100例潰瘍性結(jié)腸炎住院病例回顧分析[J];中華消化雜志;2006年06期

3 高敏,曹倩,羅靈和,吳敏良,胡偉玲,姒健敏;NOD2/CARD15基因多態(tài)性與克羅恩病患者相關(guān)性研究[J];中華內(nèi)科雜志;2005年03期

4 ;An analysis of 10218 ulcerative colitis cases in China[J];World Journal of Gastroenterology;2002年01期

5 Maria Gazouli;Gerassimos Mantzaris;Athanassios Kotsinas;Panayotis Zacharatos;Efstathios Papalambros;Athanassios Archimandritis;John Ikonomopoulos;Vassilis G Gorgoulis;;Association between polymorphisms in the Toll-like receptor 4, CD14, and CARD15/NOD2and inflammatory bowel disease in the Greek population[J];World Journal of Gastroenterology;2005年05期

本文編號(hào)：2687863