【摘要】： 背景與目的 潰瘍性結(jié)腸炎(ulcerative colitis,UC)是一種慢性、復發(fā)性結(jié)腸非特異性炎癥,其病因及發(fā)病機制尚未完全明了,目前普遍認為是環(huán)境、免疫和遺傳等多因素相互作用所致。大量研究證明外周血單個核細胞在UC免疫紊亂中發(fā)揮了重要作用。因此,本研究采用高通量的基因芯片技術(shù),建立UC外周血單個核細胞基因表達譜,探討UC發(fā)病過程基因組水平的變化及鑒定其發(fā)病相關(guān)基因,為UC診斷、治療提供新途徑。 材料與方法 選取經(jīng)臨床表現(xiàn)、內(nèi)鏡檢查和病檢確診的活動期UC病例12例(男女各6例,年齡19～60歲,平均36.25±10.98),及正常對照6例(年齡19～60歲,平均35.17±14.88)。所有研究對象均排除感染、自身免疫性疾病、腫瘤等可能影響PBMC基因表達的因素后采集外周血并分離出外周血單個核細胞,Trizol(Invitrogen)法提取總RNA后采用RNeasy Mini Kit進一步純化,1%瓊脂糖電泳和分光光度計鑒定RNA質(zhì)量及完整性。按芯片雜交要求,每例樣本抽取2μg RNA進行生物素標記的cRNA合成。然后與含有30,968個基因的Phalanx Human OneArraymicroarray芯片雜交,之后洗滌、掃描芯片(DNA Microarray Scanner G2565B,Agilent公司)提取原始數(shù)據(jù),原始數(shù)據(jù)經(jīng)Genespring10軟件對數(shù)轉(zhuǎn)換并標準化處理后,兩組數(shù)據(jù)經(jīng)RVM t檢驗,以p值＜0.01及FDR＜0.05為閾值篩選兩組間差異表達基因,利用全部差異表達數(shù)據(jù)進行主成分分析從整體上了解兩組研究對象間基因表達模式是否具有差別。并對差異基因進行基因本體論分析,闡明這些差異基因參與的生物學過程。 結(jié)果 1.各組總RNA提取結(jié)果良好,總RNA的吸光度OD260/OD280值均在1.8～2.0,電泳結(jié)果證實已抽提高純度的RNA。 2.PCA分析結(jié)果證實UC患者PBMCs基因表達和正常對照相比存在很大差異。 3.以FDR＜0.05及p-value＜0.01為標準篩選兩組間差異表達基因,共發(fā)現(xiàn)4438條序列(4188條基因)存在異常表達,其中3689條序列(3590條基因)表達下調(diào),749條序列(598條基因)表達上調(diào)。 4.以p-value＜0.01及FDR＜0.05具有顯著意義的上調(diào)性GO 67個,而下調(diào)的僅1個。上調(diào)基因所涉及的生物學過程主要涉及三大類(1)免疫及炎癥反應(yīng):免疫反應(yīng)(33個基因)、炎癥反應(yīng)(17個基因)、固有免疫(9個基因)、正調(diào)節(jié)自然殺傷細胞介導的細胞毒作用(2個基因);(2)細胞增殖分化:細胞周期(29個基因),細胞增殖(19個基因),細胞分化(21個基因),正調(diào)節(jié)細胞增殖(11個基因),細胞分裂(12個基因);(3)DNA代謝及損傷修復:DNA損傷刺激反應(yīng)(20個基因),DNA修復(21個基因),DNA重組(8個基因),雙鏈通過同源重組修復斷裂(4個基因)、DNA復制(11個基因),正調(diào)節(jié)DNA修復(2個基因)。 結(jié)論 1.UC患者PBMCs的基因表達與正常對照相比存在很大差異,這些差異基因主要涉及:免疫炎癥反應(yīng)、細胞增殖分化、DNA損傷修復等生物學過程,表明UC的發(fā)病是一個復雜的病理生理過程。 2.參與上述生物學過程中的異常表達分子,可作為臨床治療靶點及檢測標志。 3.基因芯片以其高通量、平行檢測、處理速度快等的特點成為篩查UC外周血差異表達基因高效快捷的工具。 綜上所述,我們采用基因芯片技術(shù)對活動期UC的PBMCs差異表達基因進行了初步研究,發(fā)現(xiàn)了一批與UC發(fā)病及病理生理相關(guān)的基因,這些差異表達基因涉及到多方面生物學過程,提示UC的發(fā)病可能涉及多種基因分子機制。對于這些基因在UC發(fā)病機理中的進一步研究,將為UC治療及診斷提供新靶點。
【圖文】：

昆明醫(yī)學院碩士研究生論文P值FDR基因全稱基因0.00020262.4OE一061.00E一060.00078140.00050770.0005077差異倍數(shù)0.0430.0420.039h即othetiealProteinFLJ35848neurexinlglut田叮atereeePtor，，ionotroPie，N一methy1D一asPartateZBoPioidreeePtor，kapPalFLJ35848NRXNIGRINZB9.7OE一060.00050770.036OPRKI4.2pCA分析結(jié)果由PCA結(jié)果圖(圖2)可見，UC患者與正常對照分布存在明顯區(qū)域差別，說明UC患者與正常對照PBMCs中存在明顯基因表達差異。
【學位授予單位】：昆明醫(yī)學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2010
【分類號】：R574.62

【參考文獻】

相關(guān)期刊論文 前5條

1 姒健敏;朱琴;;炎癥性腸病的遺傳學研究若干進展[J];國際消化病雜志;2006年02期

2 中國炎癥性腸病協(xié)作組;王玉芳;歐陽欽;;3100例潰瘍性結(jié)腸炎住院病例回顧分析[J];中華消化雜志;2006年06期

3 高敏,曹倩,羅靈和,吳敏良,胡偉玲,姒健敏;NOD2/CARD15基因多態(tài)性與克羅恩病患者相關(guān)性研究[J];中華內(nèi)科雜志;2005年03期

4 ;An analysis of 10218 ulcerative colitis cases in China[J];World Journal of Gastroenterology;2002年01期

5 Maria Gazouli;Gerassimos Mantzaris;Athanassios Kotsinas;Panayotis Zacharatos;Efstathios Papalambros;Athanassios Archimandritis;John Ikonomopoulos;Vassilis G Gorgoulis;;Association between polymorphisms in the Toll-like receptor 4, CD14, and CARD15/NOD2and inflammatory bowel disease in the Greek population[J];World Journal of Gastroenterology;2005年05期

本文編號：2687863