發(fā)布時間：2019-07-19 16:42

【摘要】：背景：非酒精性脂肪性肝�。╪on-alcoholic fatty liver disease，NAFLD）發(fā)病率在全球范圍逐年升高，目前研究顯示腸道菌群與該疾病有密切的相關性。方法：選取2011年9月至2013年2月在解放軍總醫(yī)院國際醫(yī)學中心住院體檢者，依據(jù)2010年修訂的非酒精性脂肪性肝病診療指南進行診斷。收集入組者空腹外周血及新鮮糞便標本，提取糞便基因組DNA擴增其16S rDNA的V4區(qū)，并應用IlluminaMiseq平臺測序，分析其腸道菌群結構。 結果：本課題共納入NAFLD患者30例及健康對照37例。經(jīng)統(tǒng)計分析，組間性別構、年齡、舒張壓、總膽固醇、低密度脂蛋白膽固醇及谷草轉氨酶等無差別。NAFLD組體重指數(shù)及腰臀比顯著大于對照組（P＜0.001）；甘油三酯（P＜0.001）、谷丙轉氨酶（P=0.004）和γ-谷氨酰轉肽酶（P=0.012）高于對照組；高密度脂蛋白膽固醇水平顯著低于對照（P＜0.001）。病例組空腹血糖和空腹胰島素水平顯著高于相應的對照組 結果（分別為P=0.003和P＜0.001），組間HOMA-IR有顯著的統(tǒng)計學差異（3.86±2.21vs.1.85±0.94，P＜0.001）。Logistic多元回歸顯示HOMA-IR是與NAFLD關系最為密切的臨床指標（95%CI0.018-0.245，P=0.024）。 流式細胞檢測顯示NAFLD組與健康對照的外周血單核細胞TLR4表達率及TLR4熒光強度無明顯差別。 最終67例樣本共獲得有效序列4460840條，平均每樣本序列數(shù)為66579.70條，有效序列評價讀長為252.00bp；使用Uparse軟件將相似度大于97%的序列聚類后共獲得938個操作分類單元（OTU）。 樣品內復雜度分析（稀釋曲線）顯示，隨測序數(shù)量不斷增加，各樣本的稀釋曲線均趨于平緩；病例組與對照組之間在OTU數(shù)量、Chao1指數(shù)、Shannon指數(shù)等方面均無顯著差異。主坐標分析（Principal CoordinateAnalysis，PCA）顯示，本研究納入的67個樣本無法以PC1-PC2坐標系將NAFLD和健康對照兩類樣本完全分開，兩類樣本可見不同程度的混雜；聚類分析顯示， NAFLD和健康對照樣本首先在本類樣本中實現(xiàn)聚類，然后再與其他樣本或聚類進一步合并。 Metastats分析可發(fā)現(xiàn)，有8個菌科存在組間統(tǒng)計學差異。此外共發(fā)現(xiàn)12個菌屬在NAFLD和健康對照組間存在統(tǒng)計學差異，分別是紫單胞菌屬、Odoribacter菌、糞球菌屬、梭菌屬、Blautia菌屬、Dorea菌屬、消化球菌屬、rc4-4菌屬、Slackia菌、光岡菌屬、琥珀酸弧菌屬和變形桿菌屬。 冗余分析（redundance analysis，RDA）分析顯示，TG的Pr值為0.00199，其對于腸道菌群的影響較小；WHR和HOMA-IR的Pr值相同，均為0.005，但HOMA-IR的R2高于WHR（3.394vs.3.363），體現(xiàn)HOMA-IR對于NAFLD的腸道菌群變化有更顯著的影響。 結論：HOMA-IR是與NAFLD密切相關的臨床指標。各樣本腸道菌群結構有其獨特性，NAFLD與健康對照樣本在菌群結構上存在不同程度的重疊，但其趨勢是首先實現(xiàn)組內樣本聚類。HOMA-IR是與腸道菌群結構聯(lián)系最密切的臨床指標。
【圖文】：

圖 3-2 結果顯示 PCR 產(chǎn)物條帶清晰，位置與 250bp 標記物接近，符合實驗預期，達到 Illumina Miseq 測序平臺的檢測要求。3.3.2 OTU 的建立Illumina Miseq 所得 16S rDNA 序列（reads）經(jīng) Flash 軟件拼接重疊序列后，使用QIIME 軟件濾除低質量序列。使用 Uparse 軟件將相似度大于 97%的序列聚類后共獲得 938 個操作分類單元（OTU），各樣本 OTU 分布情況見圖 4。圖 4. 各樣本 OTU 分布情況。

細菌種（species）水平，最大 OTU 數(shù)為 411,最小 OTU 數(shù)為 251；在菌最大 OTU 數(shù)為 266,最小 OTU 數(shù)為 164（見輔表 2）。符合下一步與行同源比對和種屬分類的要求。 操作分類單元 OTU 的比對鑒定于核酸數(shù)據(jù)庫分類（Ribosomal Database Project，RDP）對有效 OT種屬分類學鑒定，，統(tǒng)計每個樣品在各分類水平上的構成，包括門、綱部分 OTU 可達種的水平�；诿總�樣本中物種的豐度水平，實現(xiàn)類地位聚類，顯示樣品中聚集較多的物種。圖 5. 67 例樣本總體細菌分布情況。
【學位授予單位】：中國人民解放軍醫(yī)學院
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2014
【分類號】：R575.5

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本文編號：2516398