發(fā)布時間：2017-10-04 01:27

  本文關(guān)鍵詞：鼻咽癌細胞中14-3-3σ相關(guān)miRNAs差異表達譜研究

  更多相關(guān)文章： 鼻咽癌 miRNAs差異表達譜 14-3-3σ miR-675 生物信息學(xué)

【摘要】：[目的]通過mi RNA芯片技術(shù)獲得14-3-3σ(SFN)所調(diào)控的mi RNAs差異表達譜;通過RT-PCR技術(shù)驗證芯片結(jié)果的可靠性;生物信息學(xué)分析獲得的mi RNAs差異表達譜所涉及的信號通路;闡明mi RNASFN之間的調(diào)控機制在鼻咽癌中的作用。[方法]構(gòu)建14-3-3σ高表達的重組細胞系5-8F-14-3-3σ(+)以及對照組細胞系5-8F-14-3-3σ(-)。經(jīng)過Western blot檢測兩組細胞中14-3-3σ蛋白表達水平,確定轉(zhuǎn)染成功。收集細胞,提取RNA,檢測總RNA純度,通過mi RNA芯片檢測SFN所調(diào)控的mi RNAs差異表達譜。mi Randa軟件分析了下調(diào)倍數(shù)最大的10個靶mi RNAs的熱動力學(xué)穩(wěn)定性分值(mir SVR)和序列保守性分值(Phast Cons),確定SFN的靶mi RNAs。通過mi Rwalk在線軟件進行預(yù)測和分析SFN的靶mi RNAs。結(jié)合基因芯片結(jié)果進行對比分析,找出SFN的靶mi RNA。Target Scan在線軟件預(yù)測靶mi RNA和SFN的結(jié)合位點。對SFN的靶mi RNA進行q RT-PCR驗證,與芯片結(jié)果進行比較。生物信息學(xué)分析14-3-3σ相關(guān)mi RNAs表達譜涉及到的信號通路、生物學(xué)過程、分子功能及細胞組分,從中找出關(guān)鍵的信號通路。[結(jié)果]1.Western blot檢測5-8F-14-3-3σ(+)細胞中14-3-3σ蛋白的表達水平明顯高于5-8F-14-3-3σ(-)和5-8F細胞,而5-8F-14-3-3σ(-)和5-8F兩組間蛋白表達無明顯差異。2.mi RNA芯片檢測5-8F-14-3-3σ(+)和5-8F-14-3-3σ(-)兩個細胞系之間的差異mi RNAs,獲得14-3-3σ調(diào)控的mi RNAs差異表達譜。mi RNA芯片顯示SFN高表達后有239個mi RNAs差異表達,其中上調(diào)的mi RNAs有58個,而下調(diào)的mi RNAs有181個。3.10個下調(diào)差異倍數(shù)最大的mi RNAs中,通過mi Randa軟件分析發(fā)現(xiàn)符合條件的mi RNAs(mir SVR≤-0.1,Phast Cons 0.4~0.7)有2個。因此,mi R-675,mi R-4253可能是SFN的靶mi RNA。4.SFN的靶mi RNAs通過mi Rwalk在線軟件進行預(yù)測和分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn):10個軟件當中有6個軟件同時預(yù)測到了mi R-145和mi R-220c可與SFN結(jié)合;有5個軟件同時預(yù)測到了mi R-597,mi R-129-3p,mi R-603,mi R-769-3p,mi R-431,mi R-608,mi R-766,mi R-31,mi R-532-3p,mi R-675,mi R-922,mi R-329,mi R-483-3p,mi R-554,mi R-642,mi R-886-5p,mi R-362-3p,mi R-486-3p等18個mi RNAs可與SFN結(jié)合。與基因芯片結(jié)果對比分析,發(fā)現(xiàn),mi R-675可能是SFN作用的靶mi RNA。5.Targetscan軟件預(yù)測mi R-675與SFN結(jié)合的位點,發(fā)現(xiàn)該結(jié)合位點位于SFN基因226-232堿基,其結(jié)合的序列是5'-CCGCACC-3'與mi R-675部分序列一致。mi RNA通過結(jié)合到SFN基因的3`-UTR,調(diào)控SFN的表達,兩者的結(jié)合具有特異性,進一步說明SFN可能是mi R-675的可靠的作用靶基因。6.生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),差異mi RNAs調(diào)控的靶基因當中,涉及到的信號通路主要包括WNT、MAPK、TGF-β。7.RT-PCR驗證mi R-675和mi R-4253的表達水平,mi R-675和mi R-4253在5-8F-14-3-3σ(+)中表達量分別為對照組5-8F-14-3-3σ(-)的-3.458和-5.098倍,與基因芯片結(jié)果一致。表明基因芯片結(jié)果檢測可靠。[結(jié)論]1.獲得了14-3-3σ調(diào)控的mi RNAs表達譜,在鼻咽癌細胞中14-3-3σ表達增高后,上調(diào)的mi RNAs有58個,下調(diào)的mi RNAs有181個;2.生物信息學(xué)分析結(jié)果表明,14-3-3σ相關(guān)mi RNAs表達譜涉及到的功能復(fù)雜,其中WNT、MAPK、TGF-β信號通路可能與鼻咽癌發(fā)生發(fā)展有關(guān);3.mi R-675能與14-3-3σ結(jié)合,是14-3-3σ的靶mi RNA;SFN可能是mi R-675的基因,mi R-675-SFN相互調(diào)控在鼻咽癌發(fā)生發(fā)展中具有重要作用。
【關(guān)鍵詞】：鼻咽癌 miRNAs差異表達譜 14-3-3σ miR-675 生物信息學(xué)
【學(xué)位授予單位】：南華大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R739.63
【目錄】：

• 摘要4-7
• Abstract7-13
• 主要縮略英文索引13-15
• 第1章 緒論15-21
• 1.1 鼻咽癌發(fā)病與診療現(xiàn)狀15-16
• 1.2 miRNA與腫瘤關(guān)系16-17
• 1.3 1433σ 研究進展17-18
• 1.4 差異miRNA芯片在腫瘤研究中的應(yīng)用18-19
• 1.5 研究內(nèi)容19-21
• 第2章 材料與方法21-33
• 2.1 材料21-24
• 2.2 實驗方法24-33
• 第3章 結(jié)果33-57
• 3.1 重組細胞中 1433σ 蛋白表達水平33
• 3.2 細胞總RNA的抽提結(jié)果33-34
• 3.3 基因芯片檢測差異表達miRNAs34-40
• 3.4 靶基因與miRNAs之間的結(jié)合特異性及穩(wěn)定性預(yù)測40-41
• 3.5 生物信息學(xué)分析SFN的靶miRNAs41-42
• 3.6 預(yù)測miR-675和SFN的結(jié)合位點42-43
• 3.7 差異表達mi RNAs的生物信息學(xué)分析43-54
• 3.8 RT-PCR檢測miR-675，，mi R-4253表達水平54-57
• 第4章 討論57-67
• 4.1 mi RNA在鼻咽癌中的研究現(xiàn)狀57
• 4.2 1433σ 與腫瘤關(guān)系57-59
• 4.3 1433σ 的miRNAs差異芯片結(jié)果分析59
• 4.4 1433σ 調(diào)控的mi RNAs分析59-60
• 4.5 miR-675與腫瘤研究現(xiàn)狀60-61
• 4.6 1433σ 調(diào)控的mi RNAs的功能分析61-62
• 4.7 miRNAs涉及到的信號通路在鼻咽癌中的作用62-67
• 第5章 結(jié)論67-69
• 參考文獻69-81
• 文獻綜述81-91
• 參考文獻86-91
• 附錄91-101
• 攻讀學(xué)位期間的科研成果101-103
• 本研究基金資助項目103-105
• 致謝105-106

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