目的:真菌性角膜炎是一種嚴(yán)重威脅視力的感染性角膜疾病,眾多相關(guān)研究側(cè)重于其發(fā)病機(jī)制與治療方法,然而對(duì)正常眼表真菌群落的結(jié)構(gòu)與物種多樣性知之甚少,本研究旨在通過高通量測(cè)序聯(lián)合培養(yǎng)法來初步探索人類的正常眼表真菌群落的結(jié)構(gòu)與物種多樣性。方法:(1)共45名健康成年人納入本研究,并采集受試者雙眼結(jié)膜囊標(biāo)本,每名受試者的雙眼結(jié)膜囊標(biāo)本分別隨機(jī)分配至測(cè)序組與培養(yǎng)組。(2)測(cè)序組標(biāo)本經(jīng)DNA提取與檢測(cè)、PCR擴(kuò)增、產(chǎn)物純化、文庫(kù)制備與庫(kù)檢合格后進(jìn)行Miseq上機(jī)測(cè)序。Miseq測(cè)序完成后,利用overlap將原始下機(jī)的雙端數(shù)據(jù)進(jìn)行拼接,經(jīng)質(zhì)控、嵌合體過濾后獲得高質(zhì)量有效數(shù)據(jù),并進(jìn)行97%的相似度聚類,根據(jù)最終的OTU豐度及代表序列進(jìn)行物種注釋、多樣性分析。(3)培養(yǎng)組標(biāo)本接種于沙氏瓊脂培養(yǎng)基中,置27℃恒溫箱培養(yǎng)4周,每日觀察1次,根據(jù)菌落形態(tài)特征及顯微鏡下菌絲與孢子特征進(jìn)行菌種鑒定。結(jié)果:(1)測(cè)序組45例標(biāo)本中,共18例結(jié)膜囊標(biāo)本建庫(kù)合格,并進(jìn)行后續(xù)的ITS測(cè)序。18例標(biāo)本中共產(chǎn)生568285個(gè)原始數(shù)據(jù),經(jīng)質(zhì)控、嵌合體過濾后獲得518703個(gè)有效數(shù)據(jù),根據(jù)97%的相似度聚類為467個(gè)不同的OTU...

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
引言
材料與方法
    1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.1 研究對(duì)象
        1.2 主要試劑及耗材
        1.3 主要設(shè)備和儀器
    2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.1 取材方法
        2.2 真菌培養(yǎng)
        2.3 ITS測(cè)序
    3 生物信息分析
        3.1 數(shù)據(jù)拆分
        3.2 數(shù)據(jù)處理
        3.3 OTU聚類統(tǒng)計(jì)
        3.4 Alpha多樣性分析
        3.5 物種分類注釋與統(tǒng)計(jì)分析
結(jié)果
討論
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
綜述
    參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間研究成果
縮略詞表
致謝



本文編號(hào)：3916830