目的通過GO功能顯著性富集分析和pathway顯著性富集分析篩選出2型糖尿病視網(wǎng)膜病變患者外周血白細(xì)胞中差異表達(dá)的基因。方法入組解放軍903醫(yī)院內(nèi)分泌科住院的14例2型糖尿病患者,其中DR組8例,DM組6例。兩組患者臨床各檢查結(jié)果無統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。按照中度以上NPDR或PDR的8例T2DM患者納入DR組,不存在DR的6例T2DM患者納入DM組。分組后分別提取白細(xì)胞,獲取RNA總體信息并鑒定質(zhì)量,信息分析流程以及數(shù)據(jù)質(zhì)控與過濾,進(jìn)行基因覆蓋度統(tǒng)計(jì)與表達(dá)量統(tǒng)計(jì),基因差異表達(dá)分析,差異基因GO(Gene Ontology)功能分析和Pathway分析。本研究設(shè)定的差異標(biāo)準(zhǔn):同時(shí)滿足“均數(shù)的差異倍數(shù)≥2倍”和“中位數(shù)的差異倍數(shù)≥2倍”且P值<0.05條件的基因?yàn)樵谔悄虿∫暰W(wǎng)膜病變過程中的差異基因。結(jié)果共計(jì)篩選出差異表達(dá)基因共26個(gè),包括表達(dá)上調(diào)12個(gè),下調(diào)14個(gè)。包括KGFLP2、RGPD1、IQSEC3、GAS1、PRSS57、OTUD6A、PCDH1、DACT3-AS1、SH2D1B、OR7D2、ZNF135、CDCA3、RASSF6、HSPA7、ABHD11-AS1、CCDC64B、S...

【文章頁數(shù)】：73 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
英文縮略詞表
中文摘要
英文摘要
1、引言(前言)
2、材料與方法
    2.1 研究對(duì)象
    2.2 實(shí)驗(yàn)儀器
    2.3 實(shí)驗(yàn)試劑
    2.4 實(shí)驗(yàn)路線和方法
        2.4.1 研究對(duì)象分組
        2.4.2 白細(xì)胞的提取
        2.4.3 獲取RNA總體信息并鑒定質(zhì)量
        2.4.4 信息分析流程以及數(shù)據(jù)質(zhì)控與過濾
            2.4.4.1 信息分析流程
            2.4.4.2 數(shù)據(jù)質(zhì)控與過濾
        2.4.5 基因覆蓋度統(tǒng)計(jì)與表達(dá)量統(tǒng)計(jì)
        2.4.6 基因差異表達(dá)分析(DEGs)
        2.4.7 差異基因GO功能分析和Pathway分析
    2.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法
3.結(jié)果
    3.1 研究對(duì)象的一般資料的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析結(jié)果
    3.2 RNA質(zhì)量檢測(cè)結(jié)果
        3.2.1 RNA nanodrop質(zhì)檢合格報(bào)告
        3.2.2 安捷倫2100檢測(cè)RNA完整度質(zhì)檢報(bào)告
        3.2.3 樣本測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估報(bào)告
        3.2.4 RNA-seq文庫質(zhì)檢報(bào)告
    3.3 各個(gè)樣本檢測(cè)基因覆蓋度與表達(dá)量統(tǒng)計(jì)
    3.4 數(shù)據(jù)的過濾
    3.5 DR與 DM兩組間差異表達(dá)基因
    3.6 GO功能顯著性富集分析
    3.7 Pathway顯著性富集分析
4.討論
    4.1 糖尿病視網(wǎng)膜病變的特點(diǎn)
    4.2 應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)研究DR過程中的關(guān)鍵技術(shù)
    4.3 DR相關(guān)易感基因及其生物學(xué)功能分析
    4.4 研究中的不足與反思
    4.5 下一步研究設(shè)想
5.結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄 本人簡(jiǎn)歷
致謝
綜述
    參考文獻(xiàn)



本文編號(hào)：3830074