目的比較2株分離自手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）和皰疹性咽峽炎（herpangina,HA）患者糞便樣品中的柯薩奇病毒A組10型（Coxsackievirus A10,CA10）全基因組差異及基因特征,探討基因突變可能導(dǎo)致的臨床癥狀差異。方法收集昆明市兒童醫(yī)院經(jīng)實時熒光定量PCR檢測結(jié)果為CA10陽性的HFMD及HA患者糞便樣品,在敏感細胞人橫紋肌瘤細胞（rhabdomyoma,RD）上培養(yǎng)并分離出CA10。設(shè)計特異性引物擴增獲得CA10全基因序列,通過BioEdit軟件比較分離自HFMD及HA患者的CA10基因序列核苷酸與編碼氨基酸之間的差異。從NCBI基因庫（https://www.ncbi.nlm.nih.gov）中下載CA10 VP1基因序列作為參考序列,系統(tǒng)進化樹分析分離獲得的昆明CA10流行株的進化情況及來源。結(jié)果分離自HFMD和HA患者的CA10-HFMD和CA10-HA的VP1區(qū)域核苷酸同源性為99. 1%,氨基酸同源性為99. 8%,且存在2個非同義突變位點;全基因序列核苷酸同源性為98. 9%,編碼區(qū)氨基酸同源性為99.... 

【文章來源】：中國生物制品學(xué)雜志. 2020年08期

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

CA10感染RD細胞后的CPE觀察（×10)

CA10基因PCR產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳鑒定，在738 bp處可見特異性擴增條帶，見圖2，經(jīng)測序和BLAST比對分析確認為CA10。利用設(shè)計好的全基因引物，經(jīng)PCR擴增，成功獲得CA10全基因片段，見圖3，經(jīng)雙向測序和拼接獲得來自HFMD和HA患者的CA10全基因序列CA10-HFMD和CA10-HA。2.3 CA10-HFMD與CA10-HA基因序列及特征分析

圖3 CA10全基因序列的PCR擴增產(chǎn)物電泳圖Fig 3.Electrophoretic profile of PCR product of whole CA10 genome圖4 CA10原型株（AY421767）及2株昆明CA10分離株的編碼區(qū)（CDS）氨基酸序列比較


本文編號：2937943