目的:擬通過對(duì)蒿屬花粉過敏性鼻炎患者外周血有核細(xì)胞進(jìn)行全基因組甲基化測序分析,篩選與過敏性鼻炎相關(guān)的DNA甲基化差異位點(diǎn),為研究過敏性鼻炎發(fā)生及發(fā)展機(jī)制提供依據(jù),并為涉及過敏性猝死的法醫(yī)學(xué)鑒定提供思路。方法:實(shí)驗(yàn)分為2組,蒿屬花粉過敏性鼻炎組9例,健康對(duì)照組9例;采集外周靜脈血血10ml。過敏性鼻炎患者及健康對(duì)照組各3例,進(jìn)行全基因組甲基化測序分析,包括測序深度及覆蓋率、比對(duì)到基因組、CG甲基化統(tǒng)計(jì)、差異甲基化區(qū)域(DMR)分析、差異甲基化區(qū)域注釋。對(duì)測序分析得到的差異甲基化位點(diǎn)通過R語言進(jìn)行隨機(jī)森林分析,進(jìn)一步篩選出顯著差異位點(diǎn)。蒿屬花粉過敏性鼻炎患者及健康對(duì)照組各6例對(duì)篩選獲得DNA甲基化差異位點(diǎn)進(jìn)行PCR驗(yàn)證。結(jié)果:(1)本次測序各樣本平均測序覆蓋度達(dá)91.71%,平均測序深度11.41;測序樣本比對(duì)到基因組,各樣本比對(duì)率平均約78.9%。(2)通過生物學(xué)信息分析及R語言隨機(jī)森林包統(tǒng)計(jì)分析篩選出與蒿屬花粉過敏相關(guān)DNA甲基化差異位點(diǎn)62個(gè)。(3)進(jìn)一步設(shè)限篩選獲得與蒿屬花粉過敏相關(guān)DNA甲基化差異位點(diǎn)3個(gè)。結(jié)論:(1)蒿屬花粉過敏性鼻炎患者與健康人群外周血有核細(xì)胞DNA甲基化存在差異。(2)SEC63、RUNX1T1、SMARCA2甲基化異常參與了過敏性鼻炎的發(fā)病過程。
【學(xué)位單位】：山西醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：R765.21
【部分圖文】：

測序深度是指原始數(shù)據(jù)經(jīng)過濾后生成的高質(zhì)量序列總量與基因組大小的比值，它可以用作評(píng)估測序質(zhì)量的指標(biāo)，測序深度越深，測序錯(cuò)誤率及假陽性出現(xiàn)概率越小。1.2.6.2 比對(duì)到基因組(Mapping)參照基因組：GRCh38ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-89/fasta/homo_sapiens/dna/參照基因組注釋：Ensembl89ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-89/genbank/homo_sapiens/分析軟件：Bismark0.19.0http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/Bowtie22.2.3http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtmlBismark【10】通過 Bowtie2【11-12】將 reads 比對(duì)到基因組，并識(shí)別堿基顛換事件，最后分類、統(tǒng)計(jì)，原理如圖 1 所示：

山西醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文1.2.6.3 基因區(qū)域甲基化分布統(tǒng)計(jì)參照基因組注釋：Ensembl89ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-89/genbank/homo_sapiens/分析軟件： RSeQC 2.5 http://rseqc.sourceforge.net 通過 RSeQC【13】統(tǒng)計(jì)甲基化分布在基因不同區(qū)域的情況1.2.6.4 甲基化事件檢測及測序覆蓋度、深度統(tǒng)計(jì)Bismark 檢測識(shí)別甲基化事件的原理如圖 2 所示：

11圖 3.測序數(shù)據(jù)單堿基質(zhì)量分布圖Figure3.Single base mass distribution map of sequencing data注：X 軸是 reads 中堿基的位置（5’>3’），Y 軸是該位點(diǎn)的堿基 Q 值統(tǒng)計(jì)。紅色的線為中位數(shù)，藍(lán)色的線為平均數(shù)，黃色的長方形為 25%-75%區(qū)間，觸須為 10%-90%區(qū)間。通常來說，reads 兩端的堿基質(zhì)量較低，中間部分的堿基質(zhì)量較高。本次測序大部分序列的 Q值＞ 20 ，說明測序質(zhì)量較好。2.1.2 Base content 分布檢驗(yàn)測序數(shù)據(jù)是否存在 GC、 AT 分離的情況，可用 Base content 分布來判斷。一般這種現(xiàn)象在建庫和測序過程中引入，對(duì)之后的生物信息分析結(jié)果產(chǎn)生干擾。本次測序的 Base

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6 陳R

本文編號(hào)：2830327