本文關(guān)鍵詞：基于人類基因連接組的視網(wǎng)膜色素變異致病基因預(yù)測

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【摘要】：人類基因組圖譜繪制的完成標(biāo)志著人類進(jìn)入了后基因組時代,人們開始對基因組的結(jié)構(gòu)、表達(dá)、修復(fù)、功能等進(jìn)行研究。這就為從分子水平上挖掘遺傳疾病的致病機理,診斷病人的致病基因提供了條件。隨著復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論研究的不斷深入,綜合運用生物學(xué)和復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)研究人類疾病成為熱門研究方向。通過建立具有生物學(xué)意義的生物分子網(wǎng)絡(luò),如蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)、代謝網(wǎng)絡(luò)等,可以從分子水平分析遺傳疾病的致病機理,進(jìn)而預(yù)測其致病基因。然而目前的致病基因診斷方法還存在很多不足,本文針對這些不足進(jìn)行了改善,基于節(jié)點相似性理論預(yù)測視網(wǎng)膜色素變異遺傳病的致病基因,主要進(jìn)行了兩方面的相關(guān)工作:(1)提出了一種新的基于最短路徑的相似性計算方法,對基于共同鄰居、基于最短路徑的局部相似性計算方法和全局方法進(jìn)行了分析比較。(2)基于新相似性設(shè)計了新型致病基因預(yù)測方案,通過分析對比視網(wǎng)膜色素變異三條代謝通路中各基因的拓?fù)涞匚?確定RHO為核心基因�；赟TRING數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)構(gòu)建了人類基因連接組。設(shè)計了實驗,得到了病人樣本致病基因預(yù)測的效果。最后,對比了各種方法的致病基因預(yù)測效果,合理解釋了各種方法的優(yōu)劣。
【關(guān)鍵詞】：復(fù)雜網(wǎng)絡(luò) 最短路徑 共同鄰居 隨機游走 視網(wǎng)膜色素變異
【學(xué)位授予單位】：青島大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R774.1;O157.5
【目錄】：

• 摘要2-3
• Abstract3-6
• 第1章 引言6-12
• 1.1 選題的目的和意義6-7
• 1.2 國內(nèi)外研究動態(tài)7-10
• 1.2.1 基于全基因組關(guān)聯(lián)分析的致病基因預(yù)測7-8
• 1.2.2 基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的致病基因預(yù)測8-10
• 1.3 論文要解決的問題和研究內(nèi)容10-11
• 1.4 本文的組織結(jié)構(gòu)11-12
• 第2章 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論和節(jié)點拓?fù)湎嗨菩?/span>12-18
• 2.1 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)描述及其拓?fù)湫再|(zhì)分析12-13
• 2.2 節(jié)點拓?fù)湎嗨菩灾笜?biāo)13-18
• 2.2.1 局部拓?fù)湎嗨菩灾笜?biāo)14-16
• 2.2.2 全局拓?fù)湎嗨菩灾笜?biāo)16-18
• 第3章 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)節(jié)點拓?fù)湎嗨菩苑治?/span>18-24
• 3.1 局部拓?fù)湎嗨菩苑治?/span>18-19
• 3.2 全局拓?fù)湎嗨菩苑治?/span>19-20
• 3.3 基于最短路徑改進(jìn)的相似性計算方法20-23
• 3.4 改進(jìn)方法在FACEBOOK社交網(wǎng)絡(luò)上的鏈路預(yù)測23-24
• 第4章 基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的視網(wǎng)膜色素變異致病基因預(yù)測24-41
• 4.1 視網(wǎng)膜色素變異病理介紹24
• 4.2 致病基因預(yù)測流程24-25
• 4.3 數(shù)據(jù)預(yù)處理25-30
• 4.3.1 病人數(shù)據(jù)集分析與整理25-29
• 4.3.2 視網(wǎng)膜色素變異致病基因列表29-30
• 4.4 核心基因與候選基因的獲取策略30-34
• 4.5 人類基因連接組的構(gòu)建與分析34-35
• 4.6 視網(wǎng)膜色素變異致病基因預(yù)測結(jié)果分析35-40
• 4.6.1 評估指標(biāo)35-36
• 4.6.2 基于局部及本文改進(jìn)方法的預(yù)測與分析36-39
• 4.6.3 基于全局方法的預(yù)測與分析39-40
• 4.7 本章小結(jié)40-41
• 第5章 總結(jié)與展望41-42
• 參考文獻(xiàn)42-45
• 致謝45-46
• 攻讀學(xué)位期間的研究成果46-47

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 張馨方;盛迅倫;;視網(wǎng)膜色素變性的相關(guān)基因研究進(jìn)展[J];國際眼科雜志;2006年03期

2 姚尊強;尚可可;許小可;;加權(quán)網(wǎng)絡(luò)的常用統(tǒng)計量[J];上海理工大學(xué)學(xué)報;2012年01期

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本文編號：1135643