本文關(guān)鍵詞：應(yīng)用下一代測序技術(shù)檢測分析鼻咽癌易感性相關(guān)單核苷酸多態(tài)性

  更多相關(guān)文章： 鼻咽癌 下一代測序技術(shù) 易感性 單核苷酸多態(tài)性

【摘要】：目的 腫瘤為多基因遺傳疾病,鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)是高發(fā)于中國南部及東亞地區(qū)的頭頸部腫瘤,其發(fā)生發(fā)展與基因密切相關(guān)。單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)是繼限制性片段長度多態(tài)性和微衛(wèi)星多態(tài)性之后成立的第三代遺傳標(biāo)記物,其研究有助于了解疾病發(fā)病機(jī)理、診斷、個體治療及疾病易感性。下一代測序技術(shù)(next-generation sequencing technology,NGS)是能一次性對幾十萬到幾百萬條基因分子進(jìn)行序列測定的新型高通量測序技術(shù),較聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)、探針雜交等傳統(tǒng)基因檢測技術(shù)更加簡便快捷。因此,本課題設(shè)計應(yīng)用NGS技術(shù)檢測分析NPC易感性相關(guān)SNP,以期得出NPC易感性相關(guān)SNP,從而為NPC早期預(yù)防早期篩查提供依據(jù)。方法 通過檢索Pub Med、Web of Science和SD英文數(shù)據(jù)庫,檢索年限至2014年4月,全面收集有關(guān)東亞人群NPC易感性相關(guān)SNP的病例對照研究,合并相同基因相同SNP報道的文章進(jìn)行Meta分析,剔除不足2篇報道及陰性結(jié)果的SNP,得出具有統(tǒng)計學(xué)意義的SNP。然后我們收集40例2014年6-7月就診于廣東藥學(xué)院附屬第一醫(yī)院腫瘤科經(jīng)病理確診為鼻咽癌的患者的外周靜脈血標(biāo)本,同時收集40例同期同醫(yī)院體檢中心體檢正常人群的外周靜脈血標(biāo)本,針對上述具有統(tǒng)計學(xué)意義的SNP設(shè)計病例對照研究,基因提取、擴(kuò)增、高通量儀檢測分析80例樣本的上述SNP位點情況。結(jié)果 經(jīng)數(shù)據(jù)庫搜索、Meta分析得出15個NPC易感性相關(guān)的顯著位點:TP53(rs1042522,CG)、GSTM1(+/DEL)、IL-10(rs1800896,AG)、GABBR1(rs2076483,TC)、MDM2(rs2279744,TG)、mi R-146a(rs2910164,CG)、MDS1-EVI1(rs6774494,GA)、XPC(rs2228000,CT)、GABBR1(rs29232,GA)、HCG9(rs3869062,AG)、HLA-F(rs3129055,TC)、HCG9(rs16896923,TC)、MMP2(rs243865,CT)、SPLUNC1(rs2752903,TC)、SPLUNC1(rs750064,AG);其中mi R-146a(rs2910164,CG)、HCG9(rs3869062,AG)、HCG9(rs16896923,TC)、MMP2(rs243865,CT)、GABBR1(rs2076483,TC)、TP53(rs1042522,CG)這6個SNP位點突變可降低NPC患病風(fēng)險,其余9個SNP位點突變可增加NPC患病風(fēng)險。再針對這15個位點進(jìn)行病例對照研究,實驗得出:HCG9(rs3869062,AG)基因型AG與AA基因型相比,明顯增加鼻咽癌的發(fā)病風(fēng)險;GABBR1(rs29232,GA)的突變可能是鼻咽癌發(fā)病的保護(hù)因素;GSTM1缺失型突變明顯與鼻咽癌的發(fā)病有關(guān),可能增加鼻咽癌的發(fā)病風(fēng)險;而其他單核苷酸多態(tài)性變異均未發(fā)現(xiàn)與鼻咽癌有顯著聯(lián)系。結(jié)論 綜合分析本課題各部分結(jié)果得出:GSTM1的位點缺失可增加鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險;HCG9(rs3869062,AG)及GABBR1(rs29232,GA)的位點突變可能與NPC易感性具有一定的關(guān)聯(lián)。
【關(guān)鍵詞】：鼻咽癌 下一代測序技術(shù) 易感性 單核苷酸多態(tài)性
【學(xué)位授予單位】：廣東藥學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R739.63
【目錄】：

• 摘要6-8
• Abstract8-10
• 前言10-13
• 第一章 鼻咽癌易感性相關(guān)單核苷酸多態(tài)性篩查13-17
• 1 材料與方法13-14
• 1.1 檢索策略13
• 1.2 納入標(biāo)準(zhǔn)13-14
• 1.3 數(shù)據(jù)提取14
• 1.4 數(shù)據(jù)分析14
• 2 結(jié)果14-16
• 2.1 納入文獻(xiàn)情況14
• 2.2 多態(tài)位點與鼻咽癌易感性的關(guān)系14-16
• 3 討論16-17
• 第二章 P53 及GSTM1 基因多態(tài)性與東亞人群鼻咽癌易感性的Meta分析17-25
• 1 材料與方法17-19
• 1.1 檢索策略17-18
• 1.2 納入與排除標(biāo)準(zhǔn)18
• 1.3 數(shù)據(jù)提取18
• 1.4 納入文獻(xiàn)質(zhì)量評價18
• 1.5 數(shù)據(jù)分析18-19
• 2 結(jié)果19-22
• 2.1 納入研究的基本特征19
• 2.2 P53 基因多態(tài)性與NPC易感性的關(guān)聯(lián)19-22
• 2.3 GSTM1 基因多態(tài)性與NPC易感性的關(guān)聯(lián)22
• 2.4 敏感性分析及發(fā)表偏倚評價22
• 3 討論22-25
• 第三章 應(yīng)用下一代測序技術(shù)研究15個SNP與鼻咽癌易感性的關(guān)系25-50
• 1 實驗材料與主要儀器28-33
• 1.1 主要試劑及耗材30
• 1.2 主要儀器30
• 1.3 SNP位點編號信息30-31
• 1.4 引物信息31-33
• 2 實驗方法33-41
• 2.1 外周靜脈血DNA提取及質(zhì)檢33-35
• 2.1.1 基因組提取33
• 2.1.2 DNA濃度測定33-34
• 2.1.3 DNA質(zhì)檢34-35
• 2.2 樣本前處理35-38
• 2.2.1 目的片段擴(kuò)增35
• 2.2.2 獲取大量目的片段35-36
• 2.2.3 目的片段質(zhì)檢36-37
• 2.2.4 目的片段連接帶標(biāo)簽磁珠37-38
• 2.2.5 連接目的片段的磁珠(Beads)回收混合38
• 2.3 高通量測序38-41
• 2.3.1 點樣前準(zhǔn)備38
• 2.3.2 點樣38
• 2.3.3 啟動測序儀38-39
• 2.3.4 組裝反應(yīng)小室39
• 2.3.5 反應(yīng)小室安裝39
• 2.3.6 配制反應(yīng)試劑39-40
• 2.3.7 試劑參數(shù)設(shè)置40
• 2.3.8 開始測序40
• 2.3.9 測序結(jié)束關(guān)機(jī)40-41
• 2.3.10 測序結(jié)果分析及統(tǒng)計學(xué)分析41
• 3 實驗結(jié)果41-48
• 3.1 樣本特征41
• 3.2 基因質(zhì)檢結(jié)果41-42
• 3.3 高通量儀自動識別處理分析結(jié)果42
• 3.4 15 個SNP各基因型分布情況42-45
• 3.5 各SNP正常組HWE分析45-46
• 3.6 各SNP與NPC易感性關(guān)聯(lián)的統(tǒng)計學(xué)分析46-48
• 4 討論48-50
• 全文小結(jié)50-52
• 參考文獻(xiàn)52-58
• 附錄58-62
• 1 縮略語58-59
• 2 調(diào)查表及知情同意書59-62
• 已發(fā)表綜述62-69
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表論文69-70
• 致謝70

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9 江s，

本文編號：1040746