本文關(guān)鍵詞：TargetScan篩選退變椎間盤(pán)髓核細(xì)胞凋亡相關(guān)lncRNA的研究

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【摘要】：[目的]尋找退變椎間盤(pán)髓核細(xì)胞凋亡相關(guān)lncRNA,為髓核細(xì)胞凋亡的分子機(jī)制研究提供指導(dǎo)。[方法]比較miRNA靶基因預(yù)測(cè)方法,選擇靈敏性和特異性均較高、包含不保守區(qū)域分析的Target Scan作為預(yù)測(cè)工具�；诂F(xiàn)有l(wèi)ncRNA的序列信息,運(yùn)行Target Scan的perl腳本,替換mRNA序列信息為lncRNA的序列信息,尋找miRNA的靶l(wèi)ncRNA。根據(jù)Target Scan預(yù)測(cè)結(jié)果,綜合評(píng)估m(xù)iRNA結(jié)合位點(diǎn)數(shù)量,靶l(wèi)ncRNA長(zhǎng)度,Context+Score評(píng)分等指標(biāo),篩選目標(biāo)lncRNA。[結(jié)果]文獻(xiàn)回顧發(fā)現(xiàn),hsa-miR-27a-3p是退變椎間盤(pán)髓核細(xì)胞凋亡的關(guān)鍵分子,退變髓核細(xì)胞中共有1 052個(gè)lncRNA存在差異表達(dá)(Fc值≥2,P0.05),其中有186個(gè)lncRNA表達(dá)下調(diào)。檢索Ensemble數(shù)據(jù)庫(kù)、UCSC基因?yàn)g覽器和miRbase數(shù)據(jù)庫(kù),明確差異表達(dá)的lncRNA的序列及定位信息,將序列定位明確的117個(gè)表達(dá)下調(diào)的lncRNA納入研究,篩選退變髓核細(xì)胞差異表達(dá)lncRNA中含有hsa-miR-27a-3p結(jié)合位點(diǎn)的lncRNA。共有28個(gè)差異表達(dá)的lncRNA含有47個(gè)hsa-miR-27a-3p結(jié)合位點(diǎn),其中,ENST00000486904和ENST00000408017的Context+Score百分位數(shù)≥90,ENST00000450202長(zhǎng)度為459 bp,含有3個(gè)hsa-miR-27a-3p結(jié)合位點(diǎn),ENST00000440936、ENST00000441356、ENST00000455216和ENST00000498840分別含有2個(gè)hsa-miR-27a-3p結(jié)合位點(diǎn),可能通過(guò)吸附miR-27a在椎間盤(pán)退變過(guò)程中抑制PI3K介導(dǎo)的髓核細(xì)胞凋亡。[結(jié)論]應(yīng)用Target Scan數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,可以有效預(yù)測(cè)退變椎間盤(pán)髓核細(xì)胞凋亡相關(guān)lncRNA,為進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)研究提供良好的指導(dǎo)。
【作者單位】： 第二軍醫(yī)大學(xué)長(zhǎng)海醫(yī)院脊柱外科;福建省軍區(qū)廈門(mén)警備區(qū)醫(yī)院;
【關(guān)鍵詞】： 長(zhǎng)鏈非編碼RNA 椎間盤(pán)退變 細(xì)胞凋亡 生物信息學(xué)分析
【基金】：上海市新百人計(jì)劃項(xiàng)目(編號(hào):XBR201399) 長(zhǎng)海醫(yī)院“1255”學(xué)科建設(shè)計(jì)劃項(xiàng)目(編號(hào):CH125540200)
【分類號(hào)】：R681.53
【正文快照】： 椎間盤(pán)退變是脊柱退變性疾病發(fā)生的前提條件和病理基礎(chǔ),脊柱退變導(dǎo)致的脊髓和神經(jīng)功能損傷危害性大、治療困難,嚴(yán)重影響了患者生活質(zhì)量,也給家庭和社會(huì)帶來(lái)沉重的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)[1]。目前認(rèn)為,椎間盤(pán)退變是由脊柱生物力學(xué)改變、營(yíng)養(yǎng)代謝障礙、炎癥反應(yīng)和細(xì)胞凋亡等體內(nèi)外多種因素共

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1 李瀚e，

本文編號(hào)：681998