本文關(guān)鍵詞：TargetScan篩選退變椎間盤髓核細胞凋亡相關(guān)lncRNA的研究

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【摘要】：[目的]尋找退變椎間盤髓核細胞凋亡相關(guān)lncRNA,為髓核細胞凋亡的分子機制研究提供指導。[方法]比較miRNA靶基因預測方法,選擇靈敏性和特異性均較高、包含不保守區(qū)域分析的Target Scan作為預測工具�；诂F(xiàn)有l(wèi)ncRNA的序列信息,運行Target Scan的perl腳本,替換mRNA序列信息為lncRNA的序列信息,尋找miRNA的靶l(wèi)ncRNA。根據(jù)Target Scan預測結(jié)果,綜合評估m(xù)iRNA結(jié)合位點數(shù)量,靶l(wèi)ncRNA長度,Context+Score評分等指標,篩選目標lncRNA。[結(jié)果]文獻回顧發(fā)現(xiàn),hsa-miR-27a-3p是退變椎間盤髓核細胞凋亡的關(guān)鍵分子,退變髓核細胞中共有1 052個lncRNA存在差異表達(Fc值≥2,P0.05),其中有186個lncRNA表達下調(diào)。檢索Ensemble數(shù)據(jù)庫、UCSC基因瀏覽器和miRbase數(shù)據(jù)庫,明確差異表達的lncRNA的序列及定位信息,將序列定位明確的117個表達下調(diào)的lncRNA納入研究,篩選退變髓核細胞差異表達lncRNA中含有hsa-miR-27a-3p結(jié)合位點的lncRNA。共有28個差異表達的lncRNA含有47個hsa-miR-27a-3p結(jié)合位點,其中,ENST00000486904和ENST00000408017的Context+Score百分位數(shù)≥90,ENST00000450202長度為459 bp,含有3個hsa-miR-27a-3p結(jié)合位點,ENST00000440936、ENST00000441356、ENST00000455216和ENST00000498840分別含有2個hsa-miR-27a-3p結(jié)合位點,可能通過吸附miR-27a在椎間盤退變過程中抑制PI3K介導的髓核細胞凋亡。[結(jié)論]應(yīng)用Target Scan數(shù)據(jù)庫進行生物信息學分析,可以有效預測退變椎間盤髓核細胞凋亡相關(guān)lncRNA,為進一步的實驗研究提供良好的指導。
【作者單位】： 第二軍醫(yī)大學長海醫(yī)院脊柱外科;福建省軍區(qū)廈門警備區(qū)醫(yī)院;
【關(guān)鍵詞】： 長鏈非編碼RNA 椎間盤退變 細胞凋亡 生物信息學分析
【基金】：上海市新百人計劃項目(編號:XBR201399) 長海醫(yī)院“1255”學科建設(shè)計劃項目(編號:CH125540200)
【分類號】：R681.53
【正文快照】： 椎間盤退變是脊柱退變性疾病發(fā)生的前提條件和病理基礎(chǔ),脊柱退變導致的脊髓和神經(jīng)功能損傷危害性大、治療困難,嚴重影響了患者生活質(zhì)量,也給家庭和社會帶來沉重的經(jīng)濟負擔[1]。目前認為,椎間盤退變是由脊柱生物力學改變、營養(yǎng)代謝障礙、炎癥反應(yīng)和細胞凋亡等體內(nèi)外多種因素共

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1 李瀚e，

本文編號：681998