目的:通過生物信息學(xué)方法分析骨肉瘤組織與臨近正常組織中長鏈非編碼RNA LINC01116、miR-520a-3p與IL6R的表達水平,推測三者在IncRNA-miRNA-mRNA調(diào)節(jié)軸中的相關(guān)性與相關(guān)的信號通路。在此基礎(chǔ)上,我們進一步檢測LINC01116、miR-520a-3p及IL6R在骨肉瘤組織及骨肉瘤細胞系中的表達水平,并分析其在骨肉瘤細胞生物學(xué)行為中的作用,闡明LINC01116對miR-520a-3p及IL6R調(diào)節(jié)的分子機制,揭示其在骨肉瘤疾病發(fā)生發(fā)展中的作用。方法:從公共數(shù)據(jù)庫GEO中下載骨肉瘤芯片GSE16089,采用生物信息學(xué)分析其中差異表達的mRNA與IncRNA,并通過基因富集分析發(fā)現(xiàn)與LINC01116相關(guān)表達失調(diào)的信號通路。采用Pearson相關(guān)性分析探尋差異表達的mRNA和IncRNA組成的相關(guān)網(wǎng)絡(luò),探討LINC01116及IL6R差異表達情況及相關(guān)性,并利用韋恩圖獲取能夠同時靶向差異表達的LINC01116及IL6R的miRNAs。通過Kaplan-Meier生存分析,選取與患者生存期密切相關(guān)的miR-520a-3p,并經(jīng)Targetscan與miRan... 

【文章頁數(shù)】：67 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
前言
中文摘要
Abstract
中英文縮略詞對照表
第1章 綜述 長鏈非編碼RNA與骨肉瘤
    1.1 長鏈非編碼RNA概述
    1.2 骨肉瘤
    1.3 LncRNA和骨肉瘤的關(guān)系
        1.3.1 骨肉瘤中LncRNA的表達異常
        1.3.2 LncRNA與骨肉瘤的增殖
        1.3.3 LncRNA與骨肉瘤的侵襲與轉(zhuǎn)移
        1.3.4 LncRNA與骨肉瘤的凋亡
    1.4 總結(jié)
第2章 材料和方法
    2.1 生物信息學(xué)分析骨肉瘤中表達失調(diào)的LncRNA、mRNA和通路
        2.1.1 芯片信息獲取與分析
        2.1.2 靶點預(yù)測
        2.1.3 差異表達基因KEGG通路富集分析
        2.1.4 相關(guān)性分析
        2.1.5 生存分析
        2.1.6 生物信息學(xué)分析結(jié)果匯總
    2.2 患者資料和標本收集
    2.3 實驗主要儀器
    2.4 細胞培養(yǎng)與轉(zhuǎn)染
        2.4.1 細胞培養(yǎng)與傳代
        2.4.2 細胞凍存
        2.4.3 細胞復(fù)蘇
        2.4.4 細胞轉(zhuǎn)染
    2.5 定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(qRT- PCR，Quantitative reverse-transcri-ptionpolymerase chain reaction)步驟
        2.5.1 總RNA提取
        2.5.2 逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)步驟
        2.5.3 Real-time PCR
        2.5.4 qRT-PCR實驗結(jié)果分析
    2.6 Western blot實驗步驟
        2.6.1 制備電泳凝膠
        2.6.2 細胞總蛋白的提取
        2.6.3 蛋白凝膠電泳
    2.7 雙熒光素酶報告系統(tǒng)檢測
    2.8 MTT法檢測骨肉瘤細胞活性
    2.9 Transwell細胞體外侵襲實驗
    2.10 細胞凋亡實驗
    2.11 小鼠移植瘤模型構(gòu)建
        2.11.1 實驗動物購置
        2.11.2 小鼠移植瘤模型構(gòu)建步驟
    2.12 數(shù)據(jù)處理和統(tǒng)計學(xué)檢驗
第3章 結(jié)果
    3.1 在骨肉瘤中LNC01116與IL6R表達明顯上調(diào),miR-520a-3p表達下調(diào)
    3.2 LINC01116促進骨肉瘤細胞增殖與遷移,抑制凋亡
    3.3 LINC01116、miR-520a-3p與IL6R之間的靶向關(guān)系
    3.4 MiR-520a-3p抑制骨肉瘤細胞增殖與遷移并能回復(fù)LINC01116與IL6R的作用
    3.5 MiR-520a-3p抑制JAK-STAT信號通路相關(guān)蛋白磷酸化水平
    3.6 LINC01116促進小鼠體內(nèi)的骨肉瘤增長
第4章 討論
第5章 結(jié)論
參考文獻
作者簡介及在學(xué)期間所取得的科研成果
致謝



本文編號：3725754