目的:骨肉瘤目前主要治療手段為化療和手術(shù)治療,沒有突破性的改進(jìn),其5年生存率在過去的數(shù)十年中,沒有得到顯著的提高。骨肉瘤具有極其復(fù)雜的多基因組學(xué)異質(zhì)性并且缺乏普遍適用的信號阻斷靶點,越來越多研究者關(guān)注腫瘤免疫微環(huán)境與腫瘤治療的關(guān)系。我們利用數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù),結(jié)合計算機算法來尋找骨肉瘤免疫微環(huán)境基因庫中具有預(yù)后價值的基因,為骨肉瘤免疫微環(huán)境相關(guān)治療打下基礎(chǔ),以便針對這些基因開展進(jìn)一步的探索。方法:在本研究中,我們采用TARGET數(shù)據(jù)庫的骨肉瘤相關(guān)預(yù)后數(shù)據(jù),通過ESTIMATE算法獲得了每一個樣本的免疫評分,從而進(jìn)行樣本免疫成分的定量�；诠侨饬雒庖咴u分中位數(shù),TARGET數(shù)據(jù)庫中的骨肉瘤患者樣本被分成兩組,即相對的高免疫浸潤組和低免疫浸潤組。通過差異比較和臨床數(shù)據(jù)統(tǒng)計學(xué)分析,兩組之間差異性表達(dá)的并且有預(yù)后價值的基因被識別。同時對這些基因進(jìn)行了功能富集和蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析。最后通過獨立的GEO數(shù)據(jù)庫對這些基因再次進(jìn)行驗證。結(jié)果:TARGET數(shù)據(jù)庫中,45個基因被識別為免疫微環(huán)境中與預(yù)后相關(guān)的關(guān)鍵基因,這些基因主要涉及炎癥反應(yīng),鈣離子穩(wěn)態(tài)調(diào)節(jié),免疫反應(yīng),趨化因子信號途徑和破骨細(xì)胞分化。結(jié)合GEO... 

【文章來源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

免疫評分與骨肉瘤患者的性別有關(guān)

浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文正文結(jié)果15圖3.2（A）關(guān)于TARGET數(shù)據(jù)庫中免疫評分高低分組的Kaplan-Meier生存分析。（B）關(guān)于TARGET數(shù)據(jù)庫中免疫評分的差異表達(dá)預(yù)后基因的表達(dá)概況。3.3蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)分析及關(guān)鍵基因探索為了進(jìn)一步深入研究免疫微環(huán)境差異表達(dá)的有預(yù)后價值的基因譜，我們利用STRING網(wǎng)站門戶（SearchToolfortheRetrievalofInteractingGenes;https://string‐db.org/）構(gòu)建了蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)[5]（圖3.3）。之后，利用Cytoscape軟件（version3.7.1）及其MCODE插件（MolecularComplexDetection），

浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文正文結(jié)果16結(jié)合拓?fù)鋵W(xué)原理，我們對上述得到的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行提煉，最終獲得了8個核心子網(wǎng)絡(luò)及其構(gòu)成網(wǎng)絡(luò)的45個基因，并且將這45個基因作為骨肉瘤免疫微環(huán)境預(yù)后核心基因[6]（圖3.4；表3.2）。在這45個關(guān)鍵基因中，40個基因都在高免疫評分組中上調(diào)，5個基因下調(diào)。結(jié)合之前的原理背景以及免疫評分和骨肉瘤預(yù)后的關(guān)系，我們認(rèn)為，上調(diào)的這40個基因往往是出現(xiàn)在有利于骨肉瘤的免疫微環(huán)境中，而下調(diào)的5個基因往往預(yù)示著預(yù)后不良。圖3.3使用STRING網(wǎng)站門戶（SearchToolfortheRetrievalofInteractingGenes;https://string‐db.org/）構(gòu)建了蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。


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