第一部分骨關(guān)節(jié)炎的lncRNA和circRNA表達(dá)譜研究研究背景:近年來的研究顯示,非編碼RNA對多種疾病起調(diào)控作用。在骨關(guān)節(jié)炎（OA）的非編碼RNA相關(guān)研究中,長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,簡稱 lncRNA）和環(huán)狀 RNA（Circular RNA,簡稱circRNA）的表達(dá)和調(diào)控可能與發(fā)病機(jī)制相關(guān),但目前它們在OA中的生物學(xué)功能和相關(guān)信號通路研究較少。目的:初步探明OA軟骨組織中l(wèi)ncRNA和circRNA的差異表達(dá)情況,預(yù)測和分析與OA相關(guān)的非編碼RNA及其相互作用。方法:收集38例OA患者軟骨組織標(biāo)本,進(jìn)行適當(dāng)處理和保存。利用RNA-seq技術(shù)（illumina高通量測序平臺）進(jìn)行樣本檢測和數(shù)據(jù)收集。對數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,鑒別出差異表達(dá)的未確定編碼能力的轉(zhuǎn)錄物（transcripts of uncertain coding potential,簡稱 TUCP）和信使RNA（messenger RNA,簡稱mRNA）,預(yù)測靶基因以及競爭內(nèi)源性 RNA（competing endogenous RNA,簡稱 ceRNA）。進(jìn)行蛋白相互作用分析和ce... 

【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院北京市 211工程院校 985工程院校

【文章頁數(shù)】：102 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１收集到的０Ａ患者的股骨髁截骨塊

個(gè)丨ｎｃＲＮＡ。共有５８０個(gè)ＩｎｃＲＮＡ被鑒定為在輕度和重度組之間差異??表達(dá)，其中５２個(gè)顯著上調(diào)，２８２個(gè)顯著下調(diào)（倍數(shù)變化＞２．０，?Ｐ值??＜０．〇５）（圖３，表２）。在５２個(gè)上調(diào)的ＩｎｃＲＮＡ中，２７個(gè)已被注釋，??２５個(gè)是新發(fā)現(xiàn)的。在２８２個(gè)下調(diào)的ＩｎｃＲＮＡ中，２１１個(gè)被注釋，７１個(gè)??是新發(fā)現(xiàn)的。重度組中，２個(gè)上調(diào)的ＩｎｃＲＮＡ和１６個(gè)下調(diào)的ＩｎｃＲＮＡ??與輕度組相比有５．０倍以上的差異。與輕度組相比，ＩｎｃＲＮＡ－ＲＰｌｌ－??８４８Ｐ１．５和ＲＰ１１－１７７Ｇ２３．１分別上調(diào)和下調(diào)最多。??２６??

ｃｉｒｃＲＮＡｃＪ８６５個(gè)ｃｉｒｃＲＮＡ可以定位到至少一個(gè)基因。１３２？個(gè)ｃｉｒｃＲＮＡ??是新報(bào)道的，并且在我們的研究中進(jìn)行了預(yù)測。這些ｃｉｒｃＲＮＡ的長度??分布和來源序列統(tǒng)計(jì)顯示在圖４中。其中，１２７個(gè)ｃｉｒｃＲＮＡ在重度組??樣本中顯著下調(diào)，７０個(gè)上調(diào)（倍數(shù)變化＞２．０，?Ｑ值＜０．０１）（表３，圖??５）。Ｈｇ３８＿ｃｉｒｃ＿０００７４７４?和?ｈｇ３８＿ｃｉｒｃ＿００００１１８?是最顯著上調(diào)和下調(diào)??的?ｃｉｒｃＲＮＡｓ。??Ａ?Ｂ??－?ｌ￣?Ｉ?１＝．??ｉｋｍ??Ｗ?…＇?ｉ＿ｌｌ＿迦??Ｓｅｖｅｔｅ?Ｓａｍｐｌｅ?Ｍｉｌｄ?Ｓａｍｐｌｅ??圖４鑒定的ｃｉｒｃＲＮＡ的特征。Ａ：?ｃｉｒｃＲＮＡ的源序列分類。Ｂ：?ｃｉｒｃＲＮＡ的長度分布。??２８??


本文編號：3490083