第一部分骨關(guān)節(jié)炎的lncRNA和circRNA表達譜研究研究背景:近年來的研究顯示,非編碼RNA對多種疾病起調(diào)控作用。在骨關(guān)節(jié)炎（OA）的非編碼RNA相關(guān)研究中,長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,簡稱 lncRNA）和環(huán)狀 RNA（Circular RNA,簡稱circRNA）的表達和調(diào)控可能與發(fā)病機制相關(guān),但目前它們在OA中的生物學功能和相關(guān)信號通路研究較少。目的:初步探明OA軟骨組織中l(wèi)ncRNA和circRNA的差異表達情況,預(yù)測和分析與OA相關(guān)的非編碼RNA及其相互作用。方法:收集38例OA患者軟骨組織標本,進行適當處理和保存。利用RNA-seq技術(shù)（illumina高通量測序平臺）進行樣本檢測和數(shù)據(jù)收集。對數(shù)據(jù)進行生物信息學分析,鑒別出差異表達的未確定編碼能力的轉(zhuǎn)錄物（transcripts of uncertain coding potential,簡稱 TUCP）和信使RNA（messenger RNA,簡稱mRNA）,預(yù)測靶基因以及競爭內(nèi)源性 RNA（competing endogenous RNA,簡稱 ceRNA）。進行蛋白相互作用分析和ce... 

【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學院北京市 211工程院校 985工程院校

【文章頁數(shù)】：102 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１收集到的０Ａ患者的股骨髁截骨塊

個丨ｎｃＲＮＡ。共有５８０個ＩｎｃＲＮＡ被鑒定為在輕度和重度組之間差異??表達，其中５２個顯著上調(diào)，２８２個顯著下調(diào)（倍數(shù)變化＞２．０，?Ｐ值??＜０．〇５）（圖３，表２）。在５２個上調(diào)的ＩｎｃＲＮＡ中，２７個已被注釋，??２５個是新發(fā)現(xiàn)的。在２８２個下調(diào)的ＩｎｃＲＮＡ中，２１１個被注釋，７１個??是新發(fā)現(xiàn)的。重度組中，２個上調(diào)的ＩｎｃＲＮＡ和１６個下調(diào)的ＩｎｃＲＮＡ??與輕度組相比有５．０倍以上的差異。與輕度組相比，ＩｎｃＲＮＡ－ＲＰｌｌ－??８４８Ｐ１．５和ＲＰ１１－１７７Ｇ２３．１分別上調(diào)和下調(diào)最多。??２６??

ｃｉｒｃＲＮＡｃＪ８６５個ｃｉｒｃＲＮＡ可以定位到至少一個基因。１３２？個ｃｉｒｃＲＮＡ??是新報道的，并且在我們的研究中進行了預(yù)測。這些ｃｉｒｃＲＮＡ的長度??分布和來源序列統(tǒng)計顯示在圖４中。其中，１２７個ｃｉｒｃＲＮＡ在重度組??樣本中顯著下調(diào)，７０個上調(diào)（倍數(shù)變化＞２．０，?Ｑ值＜０．０１）（表３，圖??５）。Ｈｇ３８＿ｃｉｒｃ＿０００７４７４?和?ｈｇ３８＿ｃｉｒｃ＿００００１１８?是最顯著上調(diào)和下調(diào)??的?ｃｉｒｃＲＮＡｓ。??Ａ?Ｂ??－?ｌ￣?Ｉ?１＝．??ｉｋｍ??Ｗ?…＇?ｉ＿ｌｌ＿迦??Ｓｅｖｅｔｅ?Ｓａｍｐｌｅ?Ｍｉｌｄ?Ｓａｍｐｌｅ??圖４鑒定的ｃｉｒｃＲＮＡ的特征。Ａ：?ｃｉｒｃＲＮＡ的源序列分類。Ｂ：?ｃｉｒｃＲＮＡ的長度分布。??２８??


本文編號：3490083