【摘要】：目的對(duì)成骨不全血清中差異表達(dá)的miR-21、miR-26a、miR-29a、miR-29b、miR-30e、miR-34c、miR-133a、miR-145、miR-210、miR-489與miR-1297等共11種miRNAs進(jìn)行circRNAs及其靶基因的預(yù)測(cè),同時(shí)分析其與circRNAs及靶基因間的相互作用。方法采用starbase軟件對(duì)11種差異性表達(dá)miRNAs相關(guān)circRNAs進(jìn)行預(yù)測(cè),將得到的miRNA-circRNA進(jìn)行頻數(shù)分布分析并通過(guò)cytoscape軟件進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)分析尋找核心分子。采用miRWALK軟件對(duì)11種差異性表達(dá)miRNAs相關(guān)靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè),將得到的miRWALK-靶基因進(jìn)行頻數(shù)分布分析并通過(guò)cytoscape,DAVID軟件進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)分析尋找核心分子。結(jié)果 Starbase軟件對(duì)11種不同miRNAs所預(yù)測(cè)的靶circRNAs的總數(shù)量為222個(gè),非重疊circRNAs為141個(gè)。其中MIB1_hsa_circ_000886,MIB1_hsa_circ_002013,CPNE1_hsa_circ_000657,CYP4F3_hsa_circ_001395,KIAA1586_hsa_circ_001439與其中4種miRNA相互作用。另有14個(gè)circRNAs與3種miRNA相互作用。miRWALK軟件對(duì)11種不同miRNAs所預(yù)測(cè)的靶基因中CNOT6、ELF2、NAV3等基因在不同數(shù)量級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)中與相應(yīng)不同種miRNAs作用密切。通過(guò)對(duì)11種miRNA相應(yīng)circRNA以及靶基因生物學(xué)預(yù)測(cè)分析得到Y(jié)ES1基因與miR-133a、miR-145以及FAT1_hsa_circ_000713與LMNB2_hsa_circ_001499之間存在相互作用。PPP2CA與miR-29a、miR-29b、miR-133a以及KIAA1586_hsa_circ_001439之間存在相互作用。NTN4和SRGAP1與miR-26a、miR-145以及RFC1_hsa_circ_001649之間存在相互作用。結(jié)論本研究對(duì)成骨不全血清中差異表達(dá)的11種miRNAs及其相互作用的circRNAs、靶基因與相關(guān)信號(hào)通路進(jìn)行了網(wǎng)絡(luò)分析與預(yù)測(cè),為進(jìn)一步分析之間相互作用奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:Objective to predict circRNAs and its target genes for 11 kinds of miRNAs, such as miR-21,miR-26a,miR-29a,miR-29b,miR-30e,miR-34c,miR-133a,miR-145,miR-210,miR-489 and miR-1297, which are differentially expressed in serum of osteogenic insufficiency. At the same time, the interaction between it and circRNAs and target genes was analyzed. Methods 11 kinds of differentially expressed miRNAs related circRNAs were predicted by starbase software. The frequency distribution of miRNA-circRNA was analyzed and the core molecules were found by network analysis with cytoscape software. 11 differentially expressed miRNAs related target genes were predicted by miRWALK software. The frequency distribution of miRWALK- target genes was analyzed and the core molecules were found by cytoscape,DAVID software. Results the total number of target circRNAs predicted by Starbase software for 11 different kinds of miRNAs was 222, and the number of non-overlapping circRNAs was 141. Among them, MIB1_hsa_circ_000886,MIB1_hsa_circ_002013,CPNE1_hsa_circ_000657,CYP4F3_hsa_circ_001395,KIAA1586_hsa_circ_001439 interacts with four kinds of miRNA. Another 14 circRNAs interact with 3 kinds of miRNA. MiRWALK software has close interaction with different kinds of miRNAs in the target genes predicted by 11 different miRNAs. The interaction between YES1 gene and miR-133a,miR-145 and FAT1_hsa_circ_000713 and LMNB2_hsa_circ_001499 was obtained by biological prediction and analysis of 11 kinds of miRNA corresponding circRNA and target gene. PPP2CA and miR-29a,miR-29b, There is interaction between miR-133a and KIAA1586_hsa_circ_001439. There is interaction between NTN 4 and SRGAP1 with miR-26a,miR-145 and RFC1_hsa_circ_001649. Conclusion in this study, 11 kinds of miRNAs differentially expressed in osteogenic incomplete serum and their interacting circRNAs, target genes and related signaling pathways were analyzed and predicted, which laid a foundation for further analysis of the interaction between them.
【作者單位】： 濟(jì)南大學(xué)-山東省醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)與生命科學(xué)學(xué)院;山東省醫(yī)藥生物技術(shù)研究中心山東省醫(yī)學(xué)科學(xué)院;山東省立醫(yī)院;天津市武清區(qū)人民醫(yī)院;
【分類號(hào)】：R681.1

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本文編號(hào)：2497197