本文關鍵詞：脊柱結核microRNA差異表達譜檢測及早期診斷分子標記物的篩選

  更多相關文章： 脊柱結核 肺結核 核桿菌 microRNA

【摘要】：[研究目的]脊柱結核是骨科臨床常見多發(fā)病,致殘率較高。其早期診斷對疾病的發(fā)生發(fā)展和愈后起十分重要的作用。其診斷主要依靠臨床表現(xiàn)、影像學和相關的實驗室檢查而確立,典型脊柱結核診斷并不困難。但在疾病早期,由于其臨床表現(xiàn)不典型、影像學和相關實驗室檢查缺乏特異性,所以早期診斷仍存在較大的問題。篩查脊柱結核患者外周血單個核細胞內差異性表達的microRNA,建立可用于脊柱結核早期診斷分子標記物,并對其作用機制進行初步的探討。[材料和方法]根據患者臨床表現(xiàn),影像學資料和相關的實驗室檢查,結合穿刺活檢或手術取材病理組織學檢查結果選擇脊柱結核病例；在抗癆治療實施前抽取外周血標本5mL,加入Ficoll試劑后進行梯度離心,獲取單個核細胞。對照組人群來源于我院健康體檢中心健康自愿者,同法獲得外周血單個核細胞。再采用Trizol一步法提取總RNA并通過NanoDrop-1000系統(tǒng)完成質檢。采用6張Exiqon miRCURY LNATM microRNA (Human)芯片對病例組(n=4)和對照組(n=3)樣品進行檢測,通過倍數(shù)變化(fold change, FC≥2倍)和統(tǒng)計學P值(P0.05),篩選出差異表達microRNA,與肺結核相關研究結果進行比對。再通過real-time PCR對32個獨立樣品(病例組n=20；對照組n=12)中miR-19a-3p, miR-18b-5p,miR-520g-3p和miR-1470的表達進行檢測,驗證芯片數(shù)據的可靠性。同時,結合Miranda、 MirBase和TargetScan數(shù)據庫對差異表達的microRNA進行靶基因預測并進行GO、Network和Pathway生物信息學分析。通過分析miR-19a-3p對脊柱結核檢測的特異性和敏感性,建立受試者操作特征曲線(ROC曲線),利用曲線下面積指標(AUC)評價其對脊柱結核的診斷效率。通過RT-PCR檢測上述32個獨立樣品中腫瘤壞死因子(TNF-a)mRNA的表達,結合miR-19a-3p的數(shù)據聯(lián)合分析探討兩者之間是否存在基因-靶基因關系并采用散點圖呈現(xiàn)二者表達水平的相互關系。[結果]7個樣品的質量檢測結果均合格(其中病例組中兩個樣品獲取的RNA較少,故將兩組RNA樣品混合用于其中1張芯片檢測)。在3,100個microRNA探針中,共有58個microRNA呈現(xiàn)差異性表達(其中上調基因36個；下調基因22個),其倍數(shù)變化在2.07-13.8之間。與肺結核前期研究結果比較,僅有4個microRNA(has-miR-296, has-miR-377, has-miR-145和has-miR-744)為共存差異表達。RT-PCR檢測結果顯示：miR-19a-3p和miR-18b-5p在病例組表達降低,而miR-520g-3p和miR-1470在病例組中表達增高,其結果與芯片檢測結果基本一致。生物信息學分析顯示：差異表達的microRNA涉及到從多的靶基因,其中miR-19a-3p在三個數(shù)據庫中均為靶基因的數(shù)量為208個(其中含TNF),在network中處于中心位置。靶基因功能GO分析主要涉及MAKP激酶活性、細胞代謝調節(jié)和巨噬細胞化學趨化等；pathway分析靶基因功能主要涉及MAKP、TNF和Rap1等信號通路。miR-19a-3p檢測脊柱結核患者的敏感性為80%,特異性為66.7%,AUC為0.733。miR-19a-3p與TNF-a之間存在負相關關系(uperman's rho =0.602,p= 0.014)。[結論]脊柱結核與肺結核microRNA表達譜之間存在明顯的差異；就靶基因的功能而言主要涉及MAKP、TNF和Rap1等信號通路,與前人肺結核的相關研究結果相似。miR-19a-3p可能成為脊柱結核早期診斷分子標記物之一；它可能通過調節(jié)TNF的表達參與脊柱結核的病理過程。但該結論仍有待于更大樣本的驗證和熒光素酶等實驗的驗證。
【學位授予單位】：昆明醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R529.2

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據庫 前10條

1 陳勇;劉巍;;microRNA影響抗腫瘤藥物敏感性相關研究進展[J];臨床腫瘤學雜志;2009年09期

2 牛曉曉;王秦秦;;microRNA與肺癌[J];中國肺癌雜志;2010年04期

3 劉靜;王小中;;慢性粒細胞白血病相關microRNA的研究進展[J];分子診斷與治療雜志;2010年04期

4 LEE Younghee;LUSSIER Yves A;;Identification of common microRNA-mRNA regulatory biomodules in human epithelial cancer[J];Chinese Science Bulletin;2010年31期

5 唐志強;;The effect of microRNA-21-siRNA-lentivirus on biological behaviors in human hepatic cancer cell line hepG2[J];China Medical Abstracts(Surgery);2012年01期

6 ;PTEN and PDCD4 are Bona Fide Targets of microRNA-21 in Human Cholangiocarcinoma[J];Chinese Medical Sciences Journal;2012年02期

7 林建宇;朱雨捷;王晶;湯溢飛;徐中華;;急性冠狀動脈綜合征相關microRNA靶向通路及其功能分析[J];蘇州大學學報(醫(yī)學版);2012年04期

8 崔洪亮;張陽德;;microRNA的協(xié)同調控網的構建與研究[J];中國現(xiàn)代醫(yī)學雜志;2012年33期

9 張明杰;徐卓明;朱麗敏;龔霄雷;黃蕊;;先天性心臟病重度肺動脈高壓血漿 microRNA 的分析與驗證[J];上海醫(yī)學;2013年12期

10 孟勝喜;胡義揚;馮琴;;microRNA在中醫(yī)藥防治非酒精性脂肪性肝病中的應用[J];中華中醫(yī)藥雜志;2014年03期

中國重要會議論文全文數(shù)據庫 前10條

1 荊清;袁文俊;秦永文;;microRNA的基因調控新功能[A];中國生理學會第五屆全國心血管、呼吸和腎臟生理學學術會議論文摘要匯編[C];2005年

2 靳新;駱志剛;王金華;管乃洋;;microRNA靶標研究進展[A];中國遺傳學會功能基因組學研討會論文集[C];2006年

3 ;Comparasion of Inhibitory Effects on Survivin Gene Expression in Prostate Cancer by Vector-based microRNA and siRNA[A];2008年全國生物化學與分子生物學學術大會論文摘要[C];2008年

4 朱丹霞;徐衛(wèi);繆扣榮;方成;朱華淵;董華潔;王冬梅;范磊;喬純;李建勇;;慢性淋巴細胞白血病microRNA異常表達研究[A];第13屆全國實驗血液學會議論文摘要[C];2011年

5 Yangchao Chen;;Small molecule modulators of microRNA-34a with anti-cancer activities[A];2013醫(yī)學前沿論壇暨第十三屆全國腫瘤藥理與化療學術會議論文集[C];2013年

6 金希;厲有名;;單純性脂變與非酒精性脂肪性肝炎間差異microRNA表達譜研究[A];2009香港-北京-杭州內科論壇暨2009年浙江省內科學學術年會論文匯編[C];2009年

7 賈新正;盧肖男;聶慶華;張細權;;雞部分microRNA的同源預測與克隆驗證[A];中國動物遺傳育種研究進展——第十五次全國動物遺傳育種學術討論會論文集[C];2009年

8 李炯;段德民;鄭克孝;;新型非標記高通量microRNA芯片技術[A];第一屆全國生物物理化學會議暨生物物理化學發(fā)展戰(zhàn)略研討會論文摘要集[C];2010年

9 徐小濤;陸曉;孫婧;束永前;;肺癌側群細胞microRNA表達譜檢測及初步分析[A];2010’全國腫瘤分子標志及應用學術研討會暨第五屆中國中青年腫瘤專家論壇論文匯編[C];2010年

10 王俊峰;李巍;吳小江;阮康成;;大鼠附睪microRNA表達譜的研究[A];第十一次中國生物物理學術大會暨第九屆全國會員代表大會摘要集[C];2009年

中國重要報紙全文數(shù)據庫 前2條

1 陳英云 喬蕤琳;哈醫(yī)大成功研發(fā)國內首例microRNA轉基因及敲減小鼠模型[N];黑龍江經濟報;2010年

2 記者 陳青;2厘米以下肝癌檢出率88%[N];文匯報;2011年

中國博士學位論文全文數(shù)據庫 前10條

1 崔洪亮;microRNA的腫瘤表達研究及協(xié)同調控網絡分析[D];中南大學;2014年

2 馬建華;高粱低磷低氮形態(tài)生理特征及低氮響應的microRNA研究[D];山西農業(yè)大學;2014年

3 李虔楨;microRNA相關基因遺傳多態(tài)性與冠心病臨床關聯(lián)及預后研究[D];福建醫(yī)科大學;2015年

4 王耀輝;血清microRNA作為乳腺癌診斷標志物的研究[D];復旦大學;2014年

5 周霽子;環(huán)境因素對心臟畸形胎兒影響的表觀遣傳學機制[D];復旦大學;2013年

6 張麗;microRNA通過調控小膠質細胞炎性反應參與血管性認知障礙發(fā)生發(fā)展[D];復旦大學;2014年

7 查若鵬;肝癌轉移相關microRNA的鑒定及其分子機制研究[D];復旦大學;2013年

8 方硯田;結腸癌干細胞分選、差異microRNA表達譜檢測以及miR-449b-CCND1、E2F3通路在結腸癌干細胞自我更新的機制研究[D];復旦大學;2014年

9 辛成齊;椰棗microRNA鑒定及其在果實發(fā)育過程中的表達譜研究[D];中國科學院北京基因組研究所;2015年

10 李棟;先天性心臟病血漿microRNA表達譜及與GATA4靶序列單核苷酸多態(tài)性的關聯(lián)研究[D];山東大學;2015年

中國碩士學位論文全文數(shù)據庫 前10條

1 高智紅;應用多樣性增量方法識別人類基因組microRNA前體序列[D];內蒙古大學;2010年

2 王娜娜;microRNA進化關系及編碼特性研究[D];內蒙古大學;2007年

3 王玫;小麥microRNA的鑒定與分析[D];南昌大學;2007年

4 秦保東;原發(fā)性膽汁性肝硬化microRNA表達譜的檢測及其功能研究[D];第二軍醫(yī)大學;2013年

5 徐嬌陽;循環(huán)microRNA用于低氧性肺動脈高壓早期診斷的實驗研究[D];石河子大學;2015年

6 余綺荷;晚期結直腸癌一線化療的臨床療效預后分析及療效相關microRNA的初步篩選[D];復旦大學;2014年

7 蔡雨函;乙型腦炎病毒的分離鑒定及其在microRNA水平上與PK-15細胞的相互作用研究[D];四川農業(yè)大學;2015年

8 葉泥;山羊地方性鼻內腺瘤microRNA的表達差異研究[D];四川農業(yè)大學;2015年

9 李敏;活血化痰安神方對冠心病心絞痛痰瘀互結證患者臨床及microRNA研究[D];北京中醫(yī)藥大學;2016年

10 程冉;桂枝茯苓丸加味治療子宮肌瘤的療效觀察及對血清microRNA表達譜的影響[D];北京中醫(yī)藥大學;2016年

，

本文編號：1266669