研究背景白癜風(fēng)（Vitiligo, OMIM: #193200）是一種獲得性色素脫失性皮膚病,主要表現(xiàn)為皮膚、粘膜及毛發(fā)的黑素細胞減少或消失導(dǎo)致的白斑、灰/白發(fā)。白癜風(fēng)在各種族中均可發(fā)生,其患病率在各種族中從0.1%-2%不等。在部分病例中,常并發(fā)其他疾病如自身免疫性疾病。雖然針對白癜風(fēng)的病因和發(fā)病機制,已提出過各種學(xué)說,包括自身免疫學(xué)說、遺傳學(xué)說、黑素細胞自身破壞學(xué)說及神經(jīng)學(xué)說等,但到目前為止,仍然不清楚白癜風(fēng)發(fā)生的確切原因。近年來,國內(nèi)外大量研究認為遺傳因素是白癜風(fēng)重要的發(fā)病因素,同時發(fā)現(xiàn)其他各種學(xué)說也存在遺傳學(xué)的基礎(chǔ)。目前認為,白癜風(fēng)是一種具有高度遺傳異質(zhì)性的多基因疾病。雖然連鎖分析和候選基因研究提出了一些基因的突變和多態(tài)與白癜風(fēng)相關(guān),但他們只能解釋一部分患者的遺傳現(xiàn)象。最近的連鎖分析發(fā)現(xiàn)了幾個主要白癜風(fēng)易感位點,其中包括位于4q12-q21的漢族人易感位點（AIS4,OMIM: #%609400）,但該位點內(nèi)的具體易感基因尚不明確。目的白癜風(fēng)是一種復(fù)雜疾病,具有較強的種族差異和遺傳異質(zhì)性,為了進一步研究AIS4易感區(qū)域可能存在的中國人的白癜風(fēng)易感基因,本實驗通過候選基因的方法,... 

【文章來源】：安徽醫(yī)科大學(xué)安徽省

【文章頁數(shù)】：120 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

HumanBLATSearch界面

2.4.2.4.1 采用 Primer 3.0 進行引物設(shè)計引物設(shè)計采用的軟件是網(wǎng)頁界面的 Primer 3.0，為麻省理工生物醫(yī)學(xué)白頭研究所開發(fā)（http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www. cgi），見圖 2-6根據(jù)基因 mRNA 序列與基因組序列的 Human BLAT Search 的結(jié)果，將含有外顯子及外顯子/交界序列的基因組序列輸入 Primer3 軟件中，根據(jù)序列長短、合適的起始及中止位置限定設(shè)計條件，從輸出結(jié)果中挑選合適的引物�？紤]到測序結(jié)果的準確性和測序儀機器的誤差，以及外顯子/內(nèi)含子交界 50 個堿基以內(nèi)序列可能影響mRNA 剪切，一般要超出目標序列邊界 50~100bp 左右。我們引物設(shè)計主要是針對基因的編碼區(qū)進行的，引物參數(shù)設(shè)定為：根據(jù)片段情況設(shè)定產(chǎn)物長度，引物最佳長度為 20bp，最佳變性溫度為 60°C，引物濃度為 0.3μM。引物設(shè)計時應(yīng)注意：設(shè)計的引物也作為測序引物，因此上下游引物包括的序列盡可能地避免多聚體（重復(fù)數(shù) N 應(yīng)小于或等于 8）。

圖 2-7 Phredphrap-Polyphred-Consed 軟件序列拼接和比較界面Fig. 2-7 Sequence aligning by use of Phredphrap-Polyphred-Consed software判斷一個位點是否為突變點，至少應(yīng)滿足下列一些條件：1）顯示雜合的堿兩側(cè)序列是可辨別的單峰，背景比較低；2）將雜合個體與純合個體測序圖進較，在雜合個體的圖中，堿基峰有明顯的下降趨勢。對于有插入或缺失的片斷很特征的測序圖——在雜合個體里，測序峰形會從插入或缺失位置開始變得。通過對比純合子序列可確定插入或缺失的是什么。圖 2-7 顯示的是序列拼接較界面，圖 2-8 顯示的是測序峰形界面。


本文編號：3311558