通過對接種和未接種B16黑色素瘤細(xì)胞的C57小鼠血清進(jìn)行O-糖鏈的比較糖組學(xué)研究,尋找黑色素瘤血清特異性O(shè)-糖鏈。為篩選出最適合AXIMA QIT質(zhì)譜儀的糖組學(xué)實驗條件,分別對血清用量、質(zhì)譜點樣方式、質(zhì)譜激光強(qiáng)度、石墨化炭黑小柱純化方法等實驗條件進(jìn)行了比較研究。發(fā)現(xiàn)10 ul血清用量、0.5 ul糖鏈樣品+0.5 ul陽離子供體(0.01 M NaCl)+0.5ul基質(zhì)(溶于乙醇中50 mg/ml 2,5-DHB)的質(zhì)譜點樣方式、及pow 20-40的激光強(qiáng)度可以得到最佳的質(zhì)譜分析結(jié)果,改進(jìn)后的GCC小柱較市售GCC小柱能夠大幅度地降低填料用量(填料為商業(yè)化小柱的1/15)和提取時間(由30分鐘減少到10分鐘),同時提高了實驗結(jié)果的再現(xiàn)性。將優(yōu)化后的方法用于尋找黑色素瘤血清特異性O(shè)-糖鏈,用Launchpad software(Kratos Analytical,Manchester,UK,Version 2.4.1 Build)采集和輸出質(zhì)譜數(shù)據(jù),MATLAB(Version R2008b)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,找到了10個穩(wěn)定出現(xiàn)的差異糖鏈質(zhì)譜峰。通過串聯(lián)質(zhì)譜對5種主要差異糖鏈質(zhì)譜峰進(jìn)行了結(jié)構(gòu)分析,發(fā)現(xiàn)差異糖鏈都帶有動物中少見的HexHexA二糖重復(fù)結(jié)構(gòu)。 首次探索了SDS-PAGE和GCC SPE連用的血清糖組學(xué)研究新方法。與常規(guī)方法相比,本方法血清用量低(2.5 ul)、鑒定到的糖鏈多、檢測靈敏度高,同時還能檢測到同一糖鏈連接在不同的蛋白質(zhì)上的糖基化改變。 結(jié)合糖鏈在CID過程中的碎裂規(guī)律,用MATLAB編寫了相應(yīng)的計算機(jī)程序:首先計算串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)中兩峰間的差值,然后用xyl、Fuc、Hex、HexA、HexNac,和NeuAc窮舉出所有可能符合該差值的單糖組成,輸出這兩個質(zhì)譜峰的質(zhì)荷比、峰間差和所差的單糖組分,分析預(yù)測糖鏈結(jié)構(gòu)。程序能處理相差132 Da—1015 Da的質(zhì)譜峰,并能自由設(shè)定誤差允許范圍,大大提高了對串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的解析速度。
【學(xué)位單位】：復(fù)旦大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2009
【中圖分類】：R739.5

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