福建地區(qū)水痘—帶狀皰疹病毒臨床分離株基因型分析
發(fā)布時間:2019-09-21 06:38
【摘要】:【目的】 從福建地區(qū)水痘和帶狀皰疹患者中分離水痘-帶狀皰疹病毒(VZV),鑒別其野毒株或疫苗株屬性,并分析野毒株的基因型。 【方法】 1、將病人的水皰液直接接種于單層人胚肺纖維母細(xì)胞系MRC-5細(xì)胞,傳代1~3次。待病毒感染細(xì)胞出現(xiàn)特征性細(xì)胞病變(CPE)后,制備細(xì)胞懸液涂片并以VZV即刻早期蛋白62(IE62)單克隆抗體做免疫組化染色以鑒定VZV臨床分離株。 2、提取VZV基因組DNA,以高保真PCR擴增ORF21、ORF22和ORF62基因片段。分別以限制性內(nèi)切酶Sma、BssH II和Nae I酶切ORF62的PCR產(chǎn)物,并與VZV野毒株(pOka)和疫苗株(vOka)ORF62PCR產(chǎn)物的酶切圖譜比較以鑒別VZV臨床分離株為野毒株或疫苗株。 3、將ORF21和ORF22的PCR產(chǎn)物測序后與日本參考株vOka以及基因庫中Dumas、11.8、DR、CA123等參考株比對以確定福建地區(qū)VZV野毒株的基因型。 【結(jié)果】 1、從69例水痘和帶狀皰疹病人中成功分離44株VZV臨床分離株,分離陽性率63.8%。 2、44株VZV臨床分離株ORF62的PCR產(chǎn)物均不被Sma、BssH II或Nae I酶切,酶切圖譜為Sma-BssH II-Nae I-,與野毒株pOka一致。 3、44株VZV臨床分離株ORF21中33725和33728,ORF22中37902、38055、38081和38177等6個單核苷酸多態(tài)性(SNPs)位點的堿基序列與日本參考株vOka一致。 【結(jié)論】 1、福建地區(qū)44株VZV臨床分離株均為野毒株。 2、福建地區(qū)44株VZV野毒株基因型與日本、朝鮮、蒙古和中國其它地區(qū)臨床分離株相同,均為J型,對應(yīng)于國際通用基因分型方案中進化枝2。
【圖文】:
水痘-帶狀皰疹病毒(varicella-zoster virus, VZV)又稱人類皰疹病毒 3 型(HHV-3),由 Weller 等于 1952 年通過細(xì)胞培養(yǎng)獲得[ 1 ],是水痘和帶狀皰疹的病原體,屬人類皰疹病毒 α 亞科。VZV 顆粒呈磚形,直徑 150 ~ 200nm,有立體對稱的衣殼,外包以類脂和蛋白質(zhì)組成的球狀囊膜,在細(xì)胞核內(nèi)繁殖。VZV 即刻早期蛋白 62(immediate early 62,IE62)是病毒皮層的主要成分,具有高度免疫原性,可激活幾乎所有 VZV 基因的啟動子,或使其自身基因的轉(zhuǎn)錄靜止,也可調(diào)節(jié)其自身在細(xì)胞核中的濃度。1.2 VZV 的基因結(jié)構(gòu)及變異:VZV 是最早完整測序的人類皰疹病毒。1986 年 Davison 等[ 2 ]用 M13 雙脫氧核苷酸技術(shù)測定了 VZV Dumas 株的全基因組序列。VZV 基因組由線性雙鏈 DNA 分子組成,長約 124,884bp,由共價連接的長片段(L)和短片段(S)組成,長片斷(UL)長約 10,500bp,兩端有小片段反向重復(fù)序列(TRL 和 IRL),短片斷(US)長約 5,232bp,兩端有大片斷反向重復(fù)序列(TRS 和 IRS)。因此,VZV 基因組的結(jié)構(gòu)模式為 5'TRL-UL-IRL-IRS-US-TRL3'[ 3 ](圖 1)。
圖 2 VZV 基因型命名法[ 3 ](2008 年 7 月 25 日在英國倫敦舉行的 VZV 命名專題會議推薦。主要的 VZV 群命名為進化枝;命名體系中不包含地理含義;已建立的進化枝用阿拉伯?dāng)?shù)字表示,,臨時進化枝用羅馬數(shù)字表示; 2 和 5 只有一株參考株,臨時進化枝 VI 和 VII 尚無參考株。)由上述VZV基因分型方案可見,既往各實驗室根據(jù)病毒各基因SNPs或SNPs組合分析VZV基因型,因分型所依據(jù)的基因不同導(dǎo)致VZV基因型命名不統(tǒng)一,不利于相互交流為解決不同基因分型命名方案引起的混淆,2008年在英國倫敦舉行的VZV基因型命名題會議上規(guī)范了VZV分型方案和基因型命名規(guī)則,即根據(jù)VZV全基因組序列差異將其為五個進化枝(即進化枝1、2、3、4和5)和兩個臨時進化枝(進化枝VI和VII)[ 3 ]。利用測序技術(shù)分析ORF22聯(lián)合ORF21或ORF50的SNPs,可區(qū)分出五個主要基因型(E1J、E2、M2和M1)和兩個次要基因型(M4和M3),并分別對應(yīng)于VZV基因型通用名中的進化枝1、2、3、4、5、VI和VII[ 3, 33 ]。且規(guī)范后的通用VZV基因分型方案與舊方案
【學(xué)位授予單位】:福建醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2012
【分類號】:R752.12
本文編號:2539211
【圖文】:
水痘-帶狀皰疹病毒(varicella-zoster virus, VZV)又稱人類皰疹病毒 3 型(HHV-3),由 Weller 等于 1952 年通過細(xì)胞培養(yǎng)獲得[ 1 ],是水痘和帶狀皰疹的病原體,屬人類皰疹病毒 α 亞科。VZV 顆粒呈磚形,直徑 150 ~ 200nm,有立體對稱的衣殼,外包以類脂和蛋白質(zhì)組成的球狀囊膜,在細(xì)胞核內(nèi)繁殖。VZV 即刻早期蛋白 62(immediate early 62,IE62)是病毒皮層的主要成分,具有高度免疫原性,可激活幾乎所有 VZV 基因的啟動子,或使其自身基因的轉(zhuǎn)錄靜止,也可調(diào)節(jié)其自身在細(xì)胞核中的濃度。1.2 VZV 的基因結(jié)構(gòu)及變異:VZV 是最早完整測序的人類皰疹病毒。1986 年 Davison 等[ 2 ]用 M13 雙脫氧核苷酸技術(shù)測定了 VZV Dumas 株的全基因組序列。VZV 基因組由線性雙鏈 DNA 分子組成,長約 124,884bp,由共價連接的長片段(L)和短片段(S)組成,長片斷(UL)長約 10,500bp,兩端有小片段反向重復(fù)序列(TRL 和 IRL),短片斷(US)長約 5,232bp,兩端有大片斷反向重復(fù)序列(TRS 和 IRS)。因此,VZV 基因組的結(jié)構(gòu)模式為 5'TRL-UL-IRL-IRS-US-TRL3'[ 3 ](圖 1)。
圖 2 VZV 基因型命名法[ 3 ](2008 年 7 月 25 日在英國倫敦舉行的 VZV 命名專題會議推薦。主要的 VZV 群命名為進化枝;命名體系中不包含地理含義;已建立的進化枝用阿拉伯?dāng)?shù)字表示,,臨時進化枝用羅馬數(shù)字表示; 2 和 5 只有一株參考株,臨時進化枝 VI 和 VII 尚無參考株。)由上述VZV基因分型方案可見,既往各實驗室根據(jù)病毒各基因SNPs或SNPs組合分析VZV基因型,因分型所依據(jù)的基因不同導(dǎo)致VZV基因型命名不統(tǒng)一,不利于相互交流為解決不同基因分型命名方案引起的混淆,2008年在英國倫敦舉行的VZV基因型命名題會議上規(guī)范了VZV分型方案和基因型命名規(guī)則,即根據(jù)VZV全基因組序列差異將其為五個進化枝(即進化枝1、2、3、4和5)和兩個臨時進化枝(進化枝VI和VII)[ 3 ]。利用測序技術(shù)分析ORF22聯(lián)合ORF21或ORF50的SNPs,可區(qū)分出五個主要基因型(E1J、E2、M2和M1)和兩個次要基因型(M4和M3),并分別對應(yīng)于VZV基因型通用名中的進化枝1、2、3、4、5、VI和VII[ 3, 33 ]。且規(guī)范后的通用VZV基因分型方案與舊方案
【學(xué)位授予單位】:福建醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2012
【分類號】:R752.12
【參考文獻】
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1 杜艷;蔣露芳;張莉萍;倪政;金寶芳;;上海市閔行區(qū)29起水痘爆發(fā)疫情分析及水痘-帶狀皰疹病毒流行株基因分型研究[J];中國疫苗和免疫;2009年04期
2 楊吉星;居麗雯;施強;李峰;呂錫宏;蔣露芳;;上海地區(qū)水痘帶狀皰疹病毒基因型研究[J];中國衛(wèi)生檢驗雜志;2008年02期
本文編號:2539211
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