目的:通過生物信息學的數(shù)據(jù)挖掘及文獻挖掘,篩選ARMC5基因突變參與原發(fā)性雙側(cè)腎上腺大結(jié)節(jié)增生(PBMAH)發(fā)病的下游關(guān)鍵分子,并在細胞學水平對其機制進行初步驗證。方法:(1)選取GEO數(shù)據(jù)庫芯片數(shù)據(jù)系列GSE4060和GSE25031為研究對象,將篩選的差異表達基因(DEGs)取交集獲得共同DEGs構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò),得到PBMAH關(guān)鍵模塊基因。(2)通過cytoscape的agilent literature search插件,在pubmed中對PBMAH中ARMC5基因進行文獻挖掘,得到ARMC5相關(guān)基因網(wǎng)絡(luò),并與PBMAH的關(guān)鍵模塊基因關(guān)聯(lián),構(gòu)建新的PPI網(wǎng)絡(luò),尋找ARMC5基因突變參與PBMAH發(fā)病的重要調(diào)控節(jié)點。(3)構(gòu)建野生型ARMC5基因質(zhì)粒(野生型組)、突變型ARMC5基因質(zhì)粒(突變型組)及空質(zhì)粒(空質(zhì)粒組),轉(zhuǎn)染腎上腺皮質(zhì)癌H295R細胞系后,Annexin V-FITC/PI染色后流式細胞術(shù)檢測各組細胞凋亡情況,分別采用RT-PCR和western blot檢測ARMC5、p53、bax和bcl-2 mRNA及蛋白表達情況。結(jié)果:(1)成功篩...

【文章頁數(shù)】：97 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖2.1GEO數(shù)據(jù)庫首頁GEO2R為GEO數(shù)據(jù)庫自帶的分析工具，為基于R語言的交互式在線分析

材料和方法通過GEO數(shù)據(jù)庫獲取PBMAH患者芯片數(shù)據(jù).1GEO數(shù)據(jù)庫簡介因表達綜合數(shù)據(jù)庫（GeneExpressionOmnibus，GEO），GEO數(shù)據(jù)庫網(wǎng)tps://www.ncbi.nlm.gov/geo（圖2.1）。GEO數(shù)據(jù)類型包括平臺（Pla....

圖2.2GSE4060（左）和GSE25031（右）樣本表達量分布情況

1.2芯片數(shù)據(jù)來源進入GEO數(shù)據(jù)庫主頁，分別以“（PBMAH）ORprimarybilateralmacronodunalhyperplasia”、“(AIMAH)ORACTHindependentmacronodularadreerplasia”和“ad....

圖2.3DAVID數(shù)據(jù)庫主界面

論（GeneOntology，GO）注釋，現(xiàn)已擴展至超過40種注釋種類，如基因組百科全書（KytoEncyclopediaofGenesandGenomes，KEGG）注釋、蛋白相互作用（protein-proteininteraction,PPI）、生物代謝....

圖2.4GSE4060和GSE25031檢索信息表2.1.GSE4060和GSE25031基本信息

圖2.4GSE4060和GSE25031檢索信息表2.1.GSE4060和GSE25031基本信息GSEID樣本情況平臺GSE40605例AIMAH（PBMAH）腎上腺組織樣本、5例ACTH依賴性腎上腺增生組織樣本、2例邊緣性AIMAH（P....

本文編號：3938471