采用高通量測序篩選MC4R下游基因表達(dá)譜及驗(yàn)證
【學(xué)位單位】:鄭州大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:R589.2
【部分圖文】:
圖 1.1 pDC316-mCMV-EGFP 載體質(zhì)粒圖.2.2 目的基因的準(zhǔn)備1) 引物設(shè)計(jì)C316-MC4R-F:CGGGCCCTCTAGACTCGAGCGGCCGCATGAACTCCACCACCATC316-MC4R-R:GCTGATCAGCGGTTTAAACTTAAGCTTTTAATACCTGCAAC2) MC4R 基因MC4R 基因合成于蘇州金維智生物技術(shù)有限公司,將其連接在已制備的 pDC316-mCMV-EGFP 上,連接的酶切位點(diǎn)分別是 Not I 和 Hind III。3) PCR 反應(yīng)擴(kuò)增目的基因以合成的 MC4R 基因?yàn)槟0澹M(jìn)行 PCR 反應(yīng)擴(kuò)增,擴(kuò)增體系如下:
圖 1.2 mRNA 文庫構(gòu)建流程圖分析流程的數(shù)據(jù)稱為 raw reads 或 raw data,隨后要對 raw r測序數(shù)據(jù)是否適用于后續(xù)分析。質(zhì)控后,經(jīng)過濾得到列。比對完,通過統(tǒng)計(jì)比對率、reads 在參考序列上的是否通過第二次質(zhì)控(QC of alignment)。若通過,則因表達(dá)水平的各項(xiàng)分析(主成分、相關(guān)性、差異基因樣品間差異表達(dá)基因,進(jìn)行 GO 功能顯著性富集分析、聚類、蛋白互作網(wǎng)絡(luò)和轉(zhuǎn)錄因子等更深入的挖掘分
15圖 1.3 信息分析流程圖.4 數(shù)據(jù)過濾測序的原始數(shù)據(jù)包含低質(zhì)量、接頭污染以及未知堿基 N 含量過高的 re分析之前需要去除這些 reads 以保證結(jié)果的可靠性。過濾后 reads 的質(zhì)過濾后 reads 質(zhì)量統(tǒng)計(jì)表,原始數(shù)據(jù)過濾成分統(tǒng)計(jì)圖,堿基含量分布以布見 Clean reads 堿基含量分布圖和 Clean reads 的堿基質(zhì)量分布圖。本軟件 SOAPnuke 進(jìn)行過濾,具體步驟如下:1) 去除包含接頭的 reads(接頭污染);2) 去除未知堿基 N 含量大于 5%的 reads;3) 去除低質(zhì)量的 reads (我們定義質(zhì)量值低于 10 的堿基占該 reads 總堿例大于 20%的 reads 為低質(zhì)量的 reads)。
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本文編號:2843998
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