本文選題：原發(fā)性干燥綜合征 + 全外顯子測序　； 參考：《北京協(xié)和醫(yī)學院》2017年碩士論文

【摘要】：第一部分 全外顯子測序探究原發(fā)性干燥綜合征易感基因的研究研究背景:干燥綜合征(Sjogren's syndrome,SS)是一種常見的自身免疫性疾病,臨床上典型表現(xiàn)為淋巴細胞浸潤外分泌腺,尤其是唾液腺及淚腺,造成腺體破壞,分泌功能受損�；颊叱憩F(xiàn)為口眼干燥外,隨病情進展常累及全身各個系統(tǒng)器官。干燥綜合征如果單獨發(fā)生,即為原發(fā)性干燥綜合征(Primary Sjogren's syndrome,pSS),若伴隨其它免疫性疾病如系統(tǒng)性紅斑狼瘡、風濕性關(guān)節(jié)炎等發(fā)生時,則為繼發(fā)性干燥綜合征(Secondary Sjogren's syndrome,sSS)。原發(fā)性干燥綜合征為常見病,在系統(tǒng)性自身免疫疾病中發(fā)病率僅次于風濕性關(guān)節(jié)炎。目前,干燥綜合征的發(fā)病機制尚不明確,疾病的發(fā)生發(fā)展過程涉及環(huán)境因素與遺傳因素的共同作用。pSS易感基因的研究是當前對該病的研究熱點之一,以往的研究多采用候選基因法,近年有兩篇分別在白種人和中國漢族人群中開展的GWAS,發(fā)現(xiàn)了新的與pSS相關(guān)的基因。研究目的:以往的研究發(fā)現(xiàn)的位點多為常見變異且多數(shù)位于基因的內(nèi)含子或基因間區(qū)域,對其功能的研究較為欠缺,本研究擬采用全外顯子測序技術(shù)(Whole exome sequence,WES)研究pSS,嘗試尋找與中國漢族人群pSS相關(guān)的外顯子區(qū)變異。研究方法:收集診斷明確的pSS患者共91例,健康對照152例,采集患者及對照的基本信息及外周血樣本,并提取基因組DNA,保存?zhèn)溆?對11例pSS患者及6例健康對照采用Ion Proton測序平臺進行測序;得到的序列信息經(jīng)TS系統(tǒng)完成比對和變異讀出等常規(guī)分析,IR系統(tǒng)內(nèi)置的分析模塊完成變異位點的生物學功能注釋及報告生成等重要步驟。對變異位點的注釋信息包括基因名稱、染色體位置、氨基酸變化、GO注釋、人群頻率及SIFT、Polyphen預(yù)測結(jié)果等,綜合考慮以上信息篩選變異位點并進行驗證,以探索可能與pSS相關(guān)變異位點及基因。研究結(jié)果:1.通過NCBI-Gene數(shù)據(jù)庫檢索到可能與pSS相關(guān)的基因共171個,從WES結(jié)果中整理出位于這些基因區(qū)域內(nèi)的變異,經(jīng)篩選后對其中驗證無誤的5個變異位點,包括E7S1 c.*3297GA、DARCc.205CT、DARCc.131GA、KIR2DL1 g.55295367GA和KIR2DL3 c.686CT在80例散發(fā)病例及146例健康對照中直接測序,這五個位點的分型結(jié)果顯示等位基因頻率及基因型分布差異無統(tǒng)計學意義(P0.05).2、通過對WES數(shù)據(jù)的分析,篩選到25個罕見變異位點(MAF0.01),這些位點在6例對照中均未發(fā)現(xiàn)。對這25個位點所在基因進行功能富集分析發(fā)現(xiàn)IFIH1、CREBBP,OAS1 富集到 Influenza A(P0.05)、Herpes simplex infection(P0.05)及 Hepatitis B(P0.05)信號通路。結(jié)論:1、在中國漢族人群中位點ETS1 c.*3297GA、DARC c.205CT、DARC c.131GA、KIR2DL1g.55295367GA和KIR2D 3 c.686CT 可能與 pSS 不相關(guān)。2、通過對本研究中發(fā)現(xiàn)的25個罕見變異所在基因進行功能分析發(fā)現(xiàn)IFIH1、CREBBP、OAS1可能是pSS易感基因,但仍需驗證進行確認。第二部分中國漢族婦女子癇前期的候選基因關(guān)聯(lián)研究目的:子癇前期(Preeclampsia,PE)是發(fā)生于妊娠期20周以后,以新發(fā)高血壓和蛋白尿為發(fā)病特征的妊娠期高血壓疾病。PE被認為是一種胎盤源性疾病,患者在胎盤娩出后常很快緩解或可自愈。發(fā)病機制目前尚不清楚,其病理過程主要涉及遺傳因素、免疫因素、胎盤缺血、內(nèi)皮細胞損傷及氧化應(yīng)激。本研究以181例PE患者(病例組)及203例健康孕婦(對照組)作為研究對象,對2q14.2區(qū)域的三個 SNP 位點 rs12711941、rs7576192、rs7579169,分別位于基因ANG-1、SOD2、SOD3 的 SNP 位點 rs2507800、rs4880、rs1799895及TIP3 基因的 9 個tagSNP位點與中國漢族婦女PE的相關(guān)性進行了分析,以期發(fā)現(xiàn)與中國漢族婦女PE相關(guān)的位點及基因。方法:抽取181例PE患者及203例健康孕婦的外周血,提取基因組DNA,采用飛行時間質(zhì)譜法對以上15個位點進行基因分型。采用SPSS12.0對分型結(jié)果進行統(tǒng)計分析,計算每個位點的等位基因頻率及基因型頻率在PE患者及健康孕婦中是否存在差異。結(jié)果:rs7579169位點等位基因頻率在兩組間有差異(P=0.02,OR=1.44,95%CI 1.05-1.98),在顯隱性及加性模型下分別對該位點進行分析,結(jié)果顯示在顯性模型下PE組與對照組存在差異(P=0.040,OR=2.278)。SNP位點rs7576192、rs12711941等位基因頻率及基因型頻率在病例組及對照組間均無統(tǒng)計學差異(P=0.12,P=0.37),分別在顯性、隱性及加性模型下對這兩個位點進行分析,兩組間均無統(tǒng)計學差異。對位點rs12711941、rs7576192和rs7579169組成的單體型進行分析,結(jié)果顯示單體型GGC和GGT在PE患者及對照組間均存在差異(P=0.030,P=0.046)。多態(tài)位點 rs2507800、rs4880、rs1799895 等位基因頻率和基因型頻率在兩組間無統(tǒng)計學差異。對位點rs2507800、rs4880分別在顯隱性模型下進行分析,仍無統(tǒng)計學差異。對TIMP3基因9個tagSNP的分析顯示,這些位點的等位基因頻率在兩組間無差異,但多次分娩(3次)的PE患者亞組與對照組相比,rs135025位點基因型分布在加性模型及顯性模型下差異有統(tǒng)計學意義(P=0.018,P=0.008)。位點rs80272基因型分布在加性模型及顯性模型下,重度子癇前期組與對照組相比有統(tǒng)計學差異(P=0.014,P=0.041)。對這9個tagSNP(rs135025、rs135029、rs137487、rs241890、rs242078、rs5754312、rs715572、rs80272和rs9609643)位點進行單體型分析,發(fā)現(xiàn)單體型ACGTAAGCG在PE組與對照組間差異有統(tǒng)計學意義(P=0.035)。結(jié)論:rs7579169 與 PE 相關(guān),rs7576192 及 rs12711941 與 PE 不相關(guān);rs12711941、rs7576192和rs7579169組成的單體型GGC和GGT與PE相關(guān)�；騎IMP3的9 個 tagSNP 位點均與 PE 不相關(guān),但由 rs135025、rs135029、rs137487、rs241890、rs242078、rs5754312、rs715572、rs80272 和 rs9609643 組成的單體型 ACGTAAG CG 與 PE 相關(guān)�；� ANG-1、SOD2和SOD3上的 SNP 位點 rs2507800、rs4880和rs1799895均與PE不相關(guān)。
[Abstract]:Sjogren ' s syndrome ( SS ) is a common autoimmune disease . The results of this study were as follows : 1 . A total of 171 patients with pSS related to pSS were collected from WES . The results were as follows : 1 . The results were as follows : 1 . The results were as follows : 1 . The results showed that there were 171 patients with pSS related to pSS . The results were as follows : 1 . The results showed that there were no significant differences in the gene name , chromosome position , amino acid change , GO annotation , population frequency and the results of the study . In the second part , the genetic factors , immune factors , placenta ischemia , endothelial cell injury and oxidative stress were identified . Results : The allele frequency of rs7579169 locus was different between the two groups ( P = 0.02 , OR = 1.44 , 95 % CI 1.05 - 1.98 ) . The results showed that there was a difference between the PE group and the control group ( P = 0 . 040 , OR = 2.278 ) . There was no statistical difference between the two groups ( P = 0.12 , P = 0.37 ) . There was no statistical difference between the two groups . The results showed that the haplotype GGC and GGT were different in PE patients and control groups ( P = 0.030 , P = 0.046 ) . The frequencies of rs2507800 , rs4880 , rs1799895 , rs4880 and rs1799895 were not significantly different between the two groups . The genotype distribution of rs80272 genotype was statistically different from the control group ( P = 0.014 , P = 0.041 ) . Conclusion : rs7579169 is related to PE , rs7576192 and rs1211941 are not related to PE . Conclusion : The single type of GGC and GGT are not related to PE . rs135025 , rs7576192 and rs7579169 are not related to PE . The rs135025 , rs135029 , rs137487 , rs24915572 , rs242078 , rs5754312 , rs715572 , rs80272 and rs96,4343 are not related to PE . The SNP loci rs2507800 , rs4880 and rs1799895 on the gene ANG - 1 , SOD2 and SOD3 are not related to PE .

【學位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2017
【分類號】：R593.2;R714.244

【參考文獻】

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本文編號：1755460