本文關(guān)鍵詞：前列腺癌甲基化相關(guān)基因生物信息篩選和候選基因VWA1甲基化與前列腺癌關(guān)系研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的：本研究旨在通過生物信息學方法挖掘與前列腺癌甲基化相關(guān)的基因并探討候選基因VWA1的甲基化狀態(tài)與前列腺癌的關(guān)系。方法：本研究采用生物信息學數(shù)據(jù)挖掘的方法對NCBI/GEO公共數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)集進行分析并找到與原位前列腺癌甲基化和轉(zhuǎn)移性前列腺癌甲基化相關(guān)的候選基因,并對TCGA數(shù)據(jù)庫的前列腺甲基化數(shù)據(jù)分析以驗證候選基因；用良性前列腺增生和前列腺癌的血液標本提取DNA進行甲基化位點測序檢測實驗(BSP),檢測各樣本中VWA1的甲基化比例,并在相同樣本的血液樣本提取RNA,逆轉(zhuǎn)錄為cDNA后進行基因表達實時熒光定量PCR實驗,檢測VWA1基因的表達量,我們通過定量計算以相對表達量((2-△△Ct)的平均值±標準偏差)來表示基因的表達情況。比較VWA1在同一個樣本中啟動子序列甲基化與該基因表達的關(guān)系,試圖在血液中找到新的前列腺癌標記物。使用Excel進行數(shù)據(jù)存儲,R語言3.0.1、SPSS 16.0 for windows軟件進行統(tǒng)計分析。結(jié)果：1.生物信息學分析結(jié)果(1)經(jīng)篩選7套數(shù)據(jù)集符合納入排除標準,被我們納入研究范圍。(2)經(jīng)過倍數(shù)變數(shù)法計算和表達數(shù)據(jù)校正后,與原位前列腺癌相關(guān)的候選基因有7個：CELSR2、DNTTIP2、IL12RB2、OMA1、OXCT2、PHC2和VWA1；與轉(zhuǎn)移性前列腺癌相關(guān)的候選基因共6個：MYCBP、OMA1、PPT1、PRKACB、ST7L、TMEM39B。上述基因均存在有顯著統(tǒng)計學意義的倍數(shù)變化值和P值。(3)經(jīng)表觀遺傳學數(shù)據(jù)庫對上述13個基因篩選后未進行表觀遺傳學研究的基因有九個：MYCBP、PPT1、PRKACB、ST7L、TMEM39B. CELSR2、IL12RB2、PHC2和VWA1,經(jīng)甲基化位點預測發(fā)現(xiàn),PPT1基因潛在甲基化位點有1個,CELSR2基因潛在甲基化位點有5個,IL12RB2基因潛在甲基化位點有1個,VWA1基因潛在甲基化位點有2個。綜上所述,經(jīng)篩選校正和預測后我們發(fā)現(xiàn)PPT1與轉(zhuǎn)移性前列腺癌有關(guān),CELSR2, IL12RB2和VWA1與原位前列腺癌有關(guān)。2. TCGA數(shù)據(jù)庫驗證結(jié)果候選基因VWAl甲基化水平具有顯著性差異,P值為1.65E-11；對374個原發(fā)前列腺癌組織樣本和52個前列腺正常組織樣本的mRNA表達數(shù)據(jù)進行差異分析,結(jié)果顯示VWA1基因的表達量有顯著差異,P值為0.032。3.實驗驗證結(jié)果(1)甲基化位點測序?qū)嶒灲Y(jié)果VWA1基因長度為503bp,包含82個CG位點。我們總共對12個樣本進行了分析,前列腺癌血液樣本中VWAl基因甲基化所占比例較高(均超過50%),良性前列腺增生血液樣本中VWAl基因均較低(最高為40.4%)；經(jīng)t檢驗分析前列腺癌組與良性前列腺增生組的甲基化比例有統(tǒng)計學差異(P=0.002)。(2)基因表達熒光實時定量PCR實驗結(jié)果良性前列腺增生組織樣本中基因VWAl的表達量均較高,而前列腺癌組織樣本中的表達量相對較低；經(jīng)t檢驗分析前列腺癌組與良性前列腺增生組基因VWA1的表達有統(tǒng)計學差異(P=0.014)。綜合上述兩實驗結(jié)果可知,基因VWAl甲基化所占比例高的樣本中該基因表達量相對較低,而VWA1甲基化所占比例低的樣本中該基因表達量相對較高；經(jīng)SPSS軟件線性相關(guān)分析,VWA1的甲基化狀態(tài)與該基因的表達量呈負相關(guān),相關(guān)系數(shù)(Pearson Correlation)為：-0.684(P值為0.014)。因此,從統(tǒng)計學上說VWA1基因的甲基化狀態(tài)與前列腺癌相關(guān)。結(jié)論：PPT1與轉(zhuǎn)移性前列腺癌有關(guān),CELSR2, IL12RB2和VWA1與原位前列腺癌有關(guān)。VWA1的甲基化狀態(tài)可能與前列腺癌密切相關(guān)。
【關(guān)鍵詞】：前列腺癌 甲基化 全基因組 VMA1
【學位授予單位】：廣西醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：R737.25
【目錄】：

• 個人簡歷3-6
• 中文摘要6-9
• 英文摘要9-12
• 前言12-18
• 第一部分 前列腺癌甲基化相關(guān)基因生物信息篩選18-26
• 1 研究對象和研究方法18-20
• 1.1 數(shù)據(jù)集獲取18-19
• 1.2 數(shù)據(jù)分析19
• 1.3 數(shù)據(jù)校正19-20
• 2 結(jié)果20-23
• 2.1 納入數(shù)據(jù)集結(jié)果20-21
• 2.2 芯片數(shù)據(jù)分析及數(shù)據(jù)庫篩選21-22
• 2.3 候選基因與癌癥關(guān)系研究結(jié)果22-23
• 2.4 候選基因啟動子甲基化位點預測23
• 3 討論23-25
• 4 結(jié)論25-26
• 第二部分 候選基因VWA1甲基化與前列腺癌關(guān)系驗證26-28
• 1 研究對象和研究方法26-27
• 1.1 研究對象26
• 1.2 研究方法26-27
• 2 結(jié)果27
• 3 結(jié)論27-28
• 第三部分 候選基因VWA1甲基化與前列腺癌關(guān)系的研究28-52
• 1 研究對象和研究方法28-44
• 1.1 研究對象28-29
• 1.2 樣本DNA提取29-33
• 1.3 RNA提取及逆轉(zhuǎn)錄33-36
• 1.4 樣本收集、DNA/RNA提取質(zhì)量控制36
• 1.5 甲基化位點測序?qū)嶒?/span>36-43
• 1.6 熒光實時定量PCR實驗43-44
• 2 結(jié)果44-47
• 2.1 甲基化位點測序?qū)嶒灲Y(jié)果44-45
• 2.2 熒光實時定量PCR實驗結(jié)果45-46
• 2.3 基因甲基化狀態(tài)與表達量關(guān)系結(jié)果46-47
• 3 討論47-49
• 4 小結(jié)49-52
• 4.1 本研究的結(jié)論49
• 4.2 本研究的創(chuàng)新性49-50
• 4.3 本研究的局限與展望50-52
• 參考文獻52-60
• 綜述60-72
• 參考文獻66-72
• 致謝72-73
• 攻讀碩士學位期間發(fā)表學術(shù)論文情況73-74
• 資金資助情況74

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前5條

1 林昀;黃健;韓澤廣;;表遺傳學與腫瘤[J];國際遺傳學雜志;2006年03期

2 徐培杰;;生物信息學研究現(xiàn)狀[J];科技信息;2013年10期

3 宋亞軍;DNA芯片技術(shù)在微生物學研究中的應用[J];生物技術(shù)通訊;2003年01期

4 姚青,張建民;前列腺癌與相關(guān)基因DNA甲基化[J];實用癌癥雜志;2004年05期

5 Juliana FELGUEIRAS;Joana Vieira SILVA;Margarida FARDILHA;;前列腺癌:亟待腫瘤標志物和治療新靶點(英文)[J];Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology);2014年01期

  本文關(guān)鍵詞：前列腺癌甲基化相關(guān)基因生物信息篩選和候選基因VWA1甲基化與前列腺癌關(guān)系研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

，

本文編號：403177