目的基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)篩選影響前列腺癌(PCa)風(fēng)險(xiǎn)水平的關(guān)鍵基因,并建立PCa患者生存風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型。方法從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載PCa患者基因表達(dá)數(shù)據(jù)及相關(guān)臨床數(shù)據(jù),通過前期研究初步篩選基因,并將患者分為高、低風(fēng)險(xiǎn)兩類;對(duì)基因進(jìn)行差異表達(dá)分析和GO和KEGG通路富集分析,篩選相關(guān)基因和信號(hào)通路;對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析,標(biāo)記出關(guān)鍵基因;將關(guān)鍵基因的表達(dá)數(shù)據(jù)與PCa患者生存時(shí)間納入Cox回歸分析,建立生存風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型。結(jié)果前期研究得到620個(gè)基因,高風(fēng)險(xiǎn)患者234例,低風(fēng)險(xiǎn)患者285例;差異表達(dá)分析獲得30個(gè)基因,主要分子功能(MF)為:受體結(jié)合和生長(zhǎng)因子活動(dòng),生物學(xué)過程(BP)主要為細(xì)胞-細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)、細(xì)胞增殖的積極調(diào)節(jié)、血管生成的調(diào)節(jié)和細(xì)胞表面受體信號(hào)通路,細(xì)胞組分(CC)主要定位于細(xì)胞外區(qū)域,而KEGG信號(hào)通路為細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用;蛋白互作分析中共7個(gè)基因有相互作用,Cytoscape篩選出5個(gè)關(guān)鍵基因:PHYHIPL、CNTFR、GFRA1、EDN3和PROK1。結(jié)論通過本研究識(shí)別的影響PCa預(yù)后的關(guān)鍵基因,發(fā)現(xiàn)潛在的PCa風(fēng)險(xiǎn)靶點(diǎn),可能為PCa的治療和預(yù)后提...

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圖1 1 基因表達(dá)Cox回歸的諾莫圖

圖10關(guān)鍵基因表達(dá)情況3討論

圖5 差異表達(dá)基因火山圖

圖4差異表達(dá)基因離散度估計(jì)圖6差異表達(dá)基因熱圖

圖1 前期研究生存曲線比較

經(jīng)過單變量Cox分析，獲得620個(gè)與前列腺癌患者生存相關(guān)的基因；K均值聚類算法將前列腺癌患者聚為兩類，其中第一類（高風(fēng)險(xiǎn)）PCa患者234例，含7個(gè)死亡病例；第二類（低風(fēng)險(xiǎn)）PCa患者285例，沒有死亡病例。繪制Kaplan-Meier曲線比較高風(fēng)險(xiǎn)（group1）與低風(fēng)險(xiǎn)（gr....

圖3 多維標(biāo)度分析

圖2基因表達(dá)情況基因表達(dá)箱式圖圖4差異表達(dá)基因離散度估計(jì)

本文編號(hào)：4022281