發(fā)布時(shí)間：2017-04-29 23:04

  本文關(guān)鍵詞：構(gòu)建Alport綜合征患者iPSCs差異性表達(dá)microRNA，proteome，，transcriptome的關(guān)聯(lián)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的:構(gòu)建來(lái)源于Alport綜合征(Alport syndrome,AS)的多能誘導(dǎo)干細(xì)胞(induced pluripotent stem cells,i PSCs)差異性表達(dá)的微小核糖核苷酸(micro RNA),蛋白組(proteome),轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)的關(guān)聯(lián)分析圖。尋找特異性的micro RNA,proteome,transcriptome,并且從關(guān)聯(lián)分析圖中發(fā)現(xiàn)micro RNA,proteme,transcriptome主要的關(guān)聯(lián)位點(diǎn)。方法:我們首先發(fā)現(xiàn)了一個(gè)呈X連鎖遺傳的AS的家系,從這個(gè)家系中選取3名AS患者與3名健康者(Normal control,NC)作為實(shí)驗(yàn)參與者。在前期工作中,我們成功的從實(shí)驗(yàn)參與者的尿液中的尿腎狀桿細(xì)胞誘導(dǎo)成i PSCs。提取i PSCs的總RNA,transcriptome,proteome。然后運(yùn)用高通量測(cè)序方法(high through-put sequence)獲得micro NRA,通過(guò)對(duì)micro RNA進(jìn)行純化,分類(lèi),長(zhǎng)度計(jì)算,堿基突變等分析后,進(jìn)一步對(duì)micro RNA進(jìn)行差異性表達(dá)的分析,找出具有意義的差異性表達(dá)micro NRA。同理,運(yùn)用同樣的方法獲得transcriptome,并對(duì)transcriptome進(jìn)行差異性表達(dá)的分析,找出具有意義的差異性表達(dá)transcriptome。運(yùn)用同位素標(biāo)記相對(duì)和絕對(duì)定量技術(shù)(Isobaric Tags For Relative And Absolute Quantitation,ITRAQ)獲得proteome,并對(duì)proteome進(jìn)行差異性表達(dá)分析,找出具有差異性表達(dá)proteome。接著運(yùn)用KEGGSOAP(http://www.bioconductor.org/packages/2.4/bioc/html/KEGGSOAP.html)對(duì)差異性表達(dá)的micro RNA與transcriptome進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,運(yùn)用軟件Pic Tar2005(http://pictar.mdc-berlin.de/cgi-bin/Pic Tar_vertebrate.cgi),mi Randa(http://www.ebi.ac.uk/enrightsrv/microcosm/htdocs/targets/v5/),與Target Scan5.1(http://www.targetscan.org/)構(gòu)建關(guān)聯(lián)分析圖。同理用同樣分方法進(jìn)行micro RNA與proteome關(guān)聯(lián)分析,構(gòu)建關(guān)聯(lián)分析圖譜。最后把差異性表達(dá)的micro RNA,transcriptome與proteome三者綜合起來(lái),全面進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,構(gòu)建三者之間的關(guān)聯(lián)分析圖。結(jié)果:在蛋白水平上,我們發(fā)現(xiàn)899個(gè)差異性表達(dá)proteomes;在RNA水平上,我們發(fā)現(xiàn)830個(gè)差異性表達(dá)的micro RNAs;在轉(zhuǎn)錄組水平,我們發(fā)現(xiàn)1168個(gè)差異性表達(dá)的transcriptomes。關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)156個(gè)差異性表達(dá)的micro NRAs與382個(gè)差異性表達(dá)的transcriptomes有密切關(guān)聯(lián);26個(gè)差異性表達(dá)的micro RNAs與25個(gè)proteomes密切相關(guān);189個(gè)差異性表達(dá)的proteomes與237個(gè)差異性表達(dá)transcriptomes密切相關(guān)。在micro RNA與transcriptome關(guān)聯(lián)分析中,最具有特異性的micro RNA是hsa-mir-4775,與27個(gè)transcriptomes相連,最具有特異性的transcriptome是RNF128與RGPD8,與10個(gè)micro RNAs相連;在micro RNAs與proteomes關(guān)聯(lián)分析中,最具有特異性的micro RNA是hsa-mi R-6760-5p與hsa-mi R-4775,與3個(gè)proteomes相連;在proteome與transcriptome關(guān)聯(lián)分析中,最具有特異性的proteome是ELAVL1,與41 transcriptomes和67 proteomes相連,最具有特異性的transcriptome是EGFR,與19個(gè)proteomes和15個(gè)transcriptomes相連;在micro RNA,transcriptome與proteome關(guān)聯(lián)分析中,最具有特異性的micro RNA是hsa-mir-4775,與30個(gè)transcriptomes與proteomes相連。結(jié)論:AS與NC的micro RNA,transcriptome與proteome存在差異性表達(dá),對(duì)差異性表達(dá)的micro RNA,transcriptome與proteome進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖發(fā)現(xiàn)AS在micro RNA,transcriptome與proteome之間存在潛在的變異性靶點(diǎn),這些靶點(diǎn)可能與AS致病有密切相關(guān),值得進(jìn)一步深入探討。
【關(guān)鍵詞】：Alport綜合征 微小核糖核苷酸 轉(zhuǎn)錄組 蛋白組 誘導(dǎo)多能干細(xì)胞
【學(xué)位授予單位】：暨南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類(lèi)號(hào)】：R692.6
【目錄】：

• 摘要3-4
• Abstract4-7
• 1.前言7-9
• 2.實(shí)驗(yàn)材料及方法9-20
• 2.1 臨床質(zhì)料9-12
• 2.2 iPSCs的誘導(dǎo)建系12-13
• 2.3 microRNA的分析13-14
• 2.4 transcriptome的分析14-16
• 2.5 proteome的分析16-17
• 2.6 差異性表達(dá)microRNA與差異性表達(dá)transcriptome的關(guān)聯(lián)分析17-18
• 2.7 差異性表達(dá)microRNA與差異性表達(dá)proteome的關(guān)聯(lián)分析18-19
• 2.8 差異性表達(dá)transcriptome與差異性表達(dá)proteome的關(guān)聯(lián)分析19-20
• 2.9 差異性表達(dá)microRNA、transcriptome與proteome的關(guān)聯(lián)分析20
• 3.結(jié)果20-39
• 3.1 microRNA的差異性表達(dá)20-21
• 3.2 transcriptome的差異性表達(dá)21-23
• 3.3 proteome的差異性表達(dá)23-24
• 3.4 差異性表達(dá)microRNA與差異性表達(dá)transcriptome的關(guān)聯(lián)分析24-30
• 3.5 差異性表達(dá)microRNA與差異性表達(dá)proteome的關(guān)聯(lián)分析30-33
• 3.6 差異性表達(dá)transcriptome與差異性表達(dá)proteome的關(guān)聯(lián)分析33-37
• 3.7 差異性表達(dá)microRNA、transcriptome與proteome的關(guān)聯(lián)分析37-39
• 4.討論39-43
• 5.結(jié)論43-44
• 參考文獻(xiàn)44-47
• 附錄47-70
• 在碩士研究生期間的科研業(yè)績(jī)70-72
• 致謝72

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前3條

1 彭靜;黃聰;蔣思文;;誘導(dǎo)多潛能干細(xì)胞(iPSCs)的臨床應(yīng)用進(jìn)展[J];科學(xué)通報(bào);2014年09期

2 景花;宋沁馨;周?chē)?guó)華;;MicroRNA定量檢測(cè)方法的研究進(jìn)展[J];遺傳;2010年01期

3 龐曉麗;李海波;;Alport綜合征的研究現(xiàn)狀[J];中國(guó)婦幼保健;2011年33期

  本文關(guān)鍵詞：構(gòu)建Alport綜合征患者iPSCs差異性表達(dá)microRNA，proteome，transcriptome的關(guān)聯(lián)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：335755