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腎乳頭狀細(xì)胞癌中差異表達(dá)的mRNA可作為腫瘤預(yù)后的潛在標(biāo)志物

發(fā)布時(shí)間:2020-08-17 12:08
【摘要】:背景腎細(xì)胞癌中臨床最常見的病理類型為透明細(xì)胞癌(ccRCC),在過(guò)去的一段時(shí)間中,國(guó)內(nèi)外科研機(jī)構(gòu)及醫(yī)藥公司對(duì)腎癌藥物的研究及開發(fā)就主要集中在透明細(xì)胞癌。而腎乳頭狀細(xì)胞癌(pRCC)是第二大常見病理類型的腎癌,約占腎細(xì)胞癌的10%-15%。臨床常用的各種靶向藥物主要針對(duì)的是腎透明細(xì)胞癌而開發(fā),沒有專門針對(duì)腎乳頭狀細(xì)胞癌的靶向藥物。目前,臨床科研已經(jīng)進(jìn)入高通量測(cè)序時(shí)代,通過(guò)對(duì)癌組織及癌旁組織進(jìn)行基因序列分析,對(duì)比發(fā)現(xiàn)癌組織中較正常組織中高表達(dá)或低表達(dá)的基因,通過(guò)篩選找到其有效的基因通路,尋找有效的藥物通路靶點(diǎn),從而進(jìn)行藥物的研發(fā)應(yīng)用。因此,通過(guò)對(duì)腎乳頭狀細(xì)胞癌中差異表達(dá)mRNA的分析,從而進(jìn)行有效差異基因的篩選,尋找其表達(dá)的有效通路,有利于后續(xù)靶向藥的研究。目的通過(guò)對(duì)腎乳頭狀細(xì)胞癌中mRNA表達(dá)差異的變化,并篩選多種基因及其相關(guān)通路,探討其與預(yù)后的關(guān)系。方法腎乳頭狀細(xì)胞癌的RNA序列及患者的臨床信息從TCGA(The Cancer Genome Atlas)數(shù)據(jù)庫(kù)中下載,從中篩選出在癌組織和癌旁組織中差異表達(dá)的mRNA,并對(duì)其功能和富集的通路進(jìn)行研究。然后根據(jù)篩選出的靶基因構(gòu)建風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分模型,通過(guò)ROC分析確定患者分類風(fēng)險(xiǎn)水平的最優(yōu)值。通過(guò)單因素Cox回歸模型來(lái)評(píng)估腎乳頭狀細(xì)胞癌中mRNA的表達(dá)與患者預(yù)后所存在的關(guān)系。最終,在全部數(shù)據(jù)集和檢驗(yàn)數(shù)據(jù)集中進(jìn)行再次的驗(yàn)證確認(rèn)。結(jié)果1、CCNB2、IGF2BP3、KIF18A、PTTG1 和 BUB1 這五種差異標(biāo)的 mRNA 與患者的生存預(yù)后顯著相關(guān)。2、CCNB2、IGF2BP3、KIF18A、PTTG1 和 BUB1這五種 mRNA 所參與的通路調(diào)節(jié),可為靶向藥的研發(fā)提供新的靶點(diǎn)。3、CCNB2、IGF2BP3、KIF18A、PTTG1等基因高表達(dá)的患者預(yù)后較差。4、BUB1基因高表達(dá)的患者的預(yù)后較好。結(jié)論腎乳頭狀細(xì)胞癌中五種差異標(biāo)的mRNA(CCNB2、IGF2BP3、KIF18A、PTTGl、BUB1)可作為患者預(yù)后判斷的一種潛在標(biāo)志物,并可對(duì)其所在的通路進(jìn)行研究提供新的靶向藥物研究方案。
【學(xué)位授予單位】:山東大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:R737.11
【圖文】:

附圖


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火山


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統(tǒng)計(jì)頻率,表達(dá)譜,熱圖,訓(xùn)練集


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本文編號(hào):2795301

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