地中海貧血伴精神發(fā)育遲滯綜合征基因（α-thalassemia mental retardation X-linked,ATRX）是染色質(zhì)重塑蛋白SWI/SNF2家族的成員,其在癌癥中的重要作用日益凸顯。大量研究發(fā)現(xiàn),ATRX在胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤、成人低級(jí)別膠質(zhì)瘤、兒童多形膠質(zhì)母細(xì)胞瘤、兒童腎上腺皮質(zhì)癌、骨肉瘤、神經(jīng)母細(xì)胞瘤和肝癌等多種腫瘤中發(fā)生突變。并且ATRX突變與非端粒酶依賴的端粒替代延長(zhǎng)機(jī)制（alternative lengthening of telomere,ALT）之間存在密切的相關(guān)性。盡管ATRX的染色質(zhì)重塑作用和DNA結(jié)合序列特征已被廣泛研究,但是在腫瘤細(xì)胞中,ATRX介導(dǎo)的表觀修飾改變,特別是針對(duì)異染色質(zhì)區(qū)域的調(diào)控效應(yīng)還未見(jiàn)報(bào)導(dǎo)。本研究利用CRISPR/Cas9技術(shù)構(gòu)建了ATR 基因敲除的人肝癌細(xì)胞PLC/PRF/5;利用轉(zhuǎn)座酶可及性核染色質(zhì)區(qū)域測(cè)序技術(shù)（assay for transposase-accessible chromatin by sequencing,ATAC-seq）,分別對(duì)高度重復(fù)的異染色質(zhì)區(qū)域和常染色質(zhì)區(qū)域的開(kāi)放性在ATRX敲除前后的變化進(jìn)行了... 

【文章來(lái)源】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院北京市 211工程院校 985工程院校

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１?Ｗｅｓｔｅｒｎ?Ｂｌｏｔ驗(yàn)證的敲除效果??

使用Ｓｋｅｗｅｒ去除接頭前后，分別利用ＦａｓｔＱＣ進(jìn)行質(zhì)量控制。ＦａｓｔＱＣ分??析結(jié)果顯示，接頭去除較為徹底，而且由于切除了?ｒｅａｄｓ前后的低質(zhì)量堿基，??整體的測(cè)序質(zhì)量有所提高。圖２所示為ＡＴＡＣ＿Ｋｌ＿Ｒｌ．ｆｑ的質(zhì)控結(jié)果，包括其??在內(nèi)，６組ＡＴＡＣ－ｓｅｑ在去除接頭后全部通過(guò)質(zhì)控。??Ａ?Ｂ??Ｈｉｌｌｌｌｌｆ?—??ＣＤ?藍(lán)??圖２?ＡＴＡＣ＿Ｋ１＿Ｒ１．?ｆｑ質(zhì)控結(jié)果（Ａ）去接頭前堿基質(zhì)量（Ｂ）去接頭前接頭含??量?（Ｃ）去接頭后堿基質(zhì)量（Ｄ）去接頭后接頭含量??接下來(lái)，我們使用ＰＥＰＡＴＡＣ流程，對(duì)６組ＡＴＡＣ－ｓｅｑ數(shù)據(jù)的比對(duì)情況進(jìn)行??評(píng)估（表２，圖３）。如圖所示，６組樣本中大部分ｒｅａｄｓ都比對(duì)到了線粒體，??這可能是由肝細(xì)胞中線粒體數(shù)量較多和細(xì)胞核提取不徹底共同造成的。除此??之外，我們發(fā)現(xiàn)每組技術(shù)重復(fù)之間比對(duì)到每種序列的比例較為穩(wěn)定，說(shuō)明這??兩組技術(shù)重復(fù)比較可靠，有利于接下來(lái)的數(shù)據(jù)分析。??表２?ＡＴＡＣ－ｓｅｑ樣本數(shù)據(jù)量及比對(duì)率??２４??

量?（Ｃ）去接頭后堿基質(zhì)量（Ｄ）去接頭后接頭含量??接下來(lái)，我們使用ＰＥＰＡＴＡＣ流程，對(duì)６組ＡＴＡＣ－ｓｅｑ數(shù)據(jù)的比對(duì)情況進(jìn)行??評(píng)估（表２，圖３）。如圖所示，６組樣本中大部分ｒｅａｄｓ都比對(duì)到了線粒體，??這可能是由肝細(xì)胞中線粒體數(shù)量較多和細(xì)胞核提取不徹底共同造成的。除此??之外，我們發(fā)現(xiàn)每組技術(shù)重復(fù)之間比對(duì)到每種序列的比例較為穩(wěn)定，說(shuō)明這??兩組技術(shù)重復(fù)比較可靠，有利于接下來(lái)的數(shù)據(jù)分析。??表２?ＡＴＡＣ－ｓｅｑ樣本數(shù)據(jù)量及比對(duì)率??２４??


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