目的了解新疆和田地區(qū)甲型肝炎病毒（Hepatitis A virus,HAV）流行株基因特征。方法收集新疆和田地區(qū)2016年甲型肝炎病例急性期血清標(biāo)本,經(jīng)核酸提取、逆轉(zhuǎn)錄、套式PCR、序列測(cè)定,進(jìn)行HAV基因分型、主要中和抗原位點(diǎn)氨基酸序列分析,并與GenBank中HAV基因型和亞型代表株構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),分析核苷酸和氨基酸序列差異或同源性。結(jié)果獲得和田地區(qū)43株2016年IA基因亞型HAV流行株和2株減毒活疫苗株序列。43株流行株在VP1-2A區(qū)的核苷酸、氨基酸序列差異分別為0.0%-2.9%、0.0%-1.9%,在VP3-VP1-2A區(qū)分別為0.0%-2.2%、0.0%-0.7%;與2株減毒活疫苗株的氨基酸序列差異為0.5%-0.9%。HAV流行株的主要中和抗原位點(diǎn)未發(fā)現(xiàn)氨基酸變異,處于負(fù)向選擇壓力;與GenBank中中國(guó)新疆、中國(guó)四川或日本HAV序列的同源性最高。結(jié)論 2016年和田地區(qū)HAV流行株為基因IA亞型且分為不同基因簇;HAV流行株和減毒活疫苗株的主要中和抗原位點(diǎn)氨基酸序列保守。 

【文章來(lái)源】：中國(guó)疫苗和免疫. 2020,26(02)北大核心

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【部分圖文】：

2016年和田地區(qū)HAV流行株VP1-2A區(qū)基因系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)

用分析軟件對(duì)43株HAV流行株序列結(jié)構(gòu)蛋白VP3-VP1編碼區(qū)（核苷酸1488-3107)540個(gè)密碼子進(jìn)行選擇壓力分析，dN/dS值為0.019，表明存在明顯負(fù)向選擇，未發(fā)現(xiàn)正向選擇位點(diǎn)，氨基酸序列保守。2株減毒活疫苗株在VP3-VP1編碼區(qū)的氨基酸序列同樣為負(fù)向選擇，沒(méi)有發(fā)現(xiàn)正向選擇位點(diǎn)。討論

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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