目的:基于生物信息學(xué)方法在兩種肺纖維化疾病模型中探尋TGF-β致肺纖維化疾病的分子靶點(diǎn)。方法:運(yùn)用BRB-ArrayTools軟件,從TGF-β作用肺成纖維細(xì)胞基因芯片數(shù)據(jù)集GSE1724和BLM作用C57小鼠肺組織基因芯片數(shù)據(jù)集GSE485中,篩選出差異表達(dá)基因。然后運(yùn)用DAVID生物信息學(xué)在線工具對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能聚類,結(jié)合KEGG代謝通路和BioCarta調(diào)控通路數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行生物學(xué)通路分析,運(yùn)用MSigDB分子特征數(shù)據(jù)庫(kù)搜尋差異表達(dá)基因[-2kb,2kb]區(qū)域富集的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)來分析差異表達(dá)基因的生物學(xué)功能。結(jié)果:①通過分析TGF-β與BSA作用正常組成纖維細(xì)胞后的表達(dá)譜差異,篩選出35個(gè)差異表達(dá)基因;分析TGF-β與BSA作用IPF成纖維細(xì)胞后的表達(dá)譜差異,篩選出27個(gè)差異表達(dá)基因。正常組差異表達(dá)基因大多與轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān),IPF組差異表達(dá)基因多與多糖類信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、生長(zhǎng)因子、微管發(fā)生相關(guān)。正常組中Hedgehog信號(hào)通路受調(diào)控,該通路中GAS1、IHH、BMP4表達(dá)下調(diào)。②分析BLM作用C57小鼠1、3、14天后與對(duì)照組表達(dá)譜差異,分別篩選出190、345和527個(gè)差異表達(dá)基因... 

【文章來源】：蘇州大學(xué)江蘇省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：59 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

TGF-β作用正常組后分層聚類圖

12圖 3 TGF-β作用正常組后基因表達(dá)豐度曲線注：圖 3 中的 cluster 代表聚類分析時(shí)的各類，括號(hào)中數(shù)字表示該類包含的表達(dá)相似數(shù)，橫坐標(biāo)為各組 GSM 的編號(hào)，縱坐標(biāo)代表 mRNA 的表達(dá)豐度。

圖 4 Hedgehog 信號(hào)通路2 TGF-β作用 IPF 肺成纖維細(xì)胞后結(jié)果2.1 分類對(duì)比結(jié)果TGF-β作用 IPF 肺成纖維細(xì)胞后差異表達(dá)基因的篩選。根據(jù)表 1 中的設(shè)計(jì)，將 GSM29938、GSM29944、GSM29950 定為一類，將 GSM29941、GSM29947、GSM29952 組定為第二類，有 12625 條基因參與分析，5626 條基因通過濾過標(biāo)準(zhǔn)分類對(duì)比篩選出 27 條差異表達(dá)基因(見表 4)。


本文編號(hào)：3471483