本文關(guān)鍵詞：462例肺結(jié)核患者結(jié)核分枝桿菌MLVA基因分型的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：肺結(jié)核已成為威脅人類健康的全球性疾病，在發(fā)展中國(guó)家仍然是一個(gè)重大的公共衛(wèi)生負(fù)擔(dān)。作為早期基因分型金標(biāo)準(zhǔn)的插入序列6110限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性（IS6110 RFLP）分型，其方法較為繁瑣，結(jié)果不易分析，實(shí)驗(yàn)室間的結(jié)果很難進(jìn)行比對(duì)。多位點(diǎn)數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列基因分型（MLVA）技術(shù)簡(jiǎn)便快速，可操作性強(qiáng)，其速度遠(yuǎn)超其他分型方法，且適用于大規(guī)模菌株基因型鑒定。目的利用MLVA分型技術(shù)，探討吉林省結(jié)核病院結(jié)核分枝桿菌的基因型，流行趨勢(shì)以及分布情況，為吉林省結(jié)核病的防控工作提供理論依據(jù)。方法收集吉林省結(jié)核病院2011年-2012年肺結(jié)核患者痰液標(biāo)本的結(jié)核分枝桿菌分離株，利用MLVA基因分型方法，對(duì)其進(jìn)行基因分型的初步研究。本研究選用12個(gè)數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列（VNTR）位點(diǎn)進(jìn)行分型檢測(cè)，采用Totalab軟件對(duì)檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)化分析，并利用BioNumerics（6.0）軟件得出聚類分析結(jié)果。用SPSS（13.0）統(tǒng)計(jì)軟件對(duì)462株結(jié)核分枝桿菌基因型不同因素的成簇性、186株優(yōu)勢(shì)菌株和與數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)所得北京家族基因型結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。結(jié)果（1）462株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株的12個(gè)VNTR位點(diǎn)檢測(cè)結(jié)果顯示這些菌株均有明顯的多態(tài)性，12個(gè)VNTR位點(diǎn)的Hunter-Gaston指數(shù)從0.296到0.756，其中分辨力較高的位點(diǎn)是MIRU26、MIRU31、MIRU10、MIRU40，中等分辨力的位點(diǎn)是MIRU16、MIRU4、MIRU39、MIRU27、MIRU23、MIRU24、MIRU2，分辨力較低的位點(diǎn)是MIRU20。（2）利用Ward法（樹狀圖法）對(duì)462株臨床分離株和1株標(biāo)準(zhǔn)菌株H37Rv，共463株菌株進(jìn)行基因分型，分為4個(gè)基因群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ），406個(gè)基因型，其中Ⅰ群占45％（210/463），含有210株菌和191個(gè)基因型，標(biāo)準(zhǔn)株也在該群，為主要流行菌型。（3）最近鄰法對(duì)462株臨床分離株和1株標(biāo)準(zhǔn)菌株H37Rv進(jìn)行MLVA分型，結(jié)果分為6個(gè)基因群（a、b、c、d、e、f），460個(gè)基因型，a群占80％（371/463），為主要流行基因型，標(biāo)準(zhǔn)株在b群。（4）將462株臨床分離株及標(biāo)準(zhǔn)株與數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，結(jié)果顯示北京家族基因型占70％（324/463），非北京家族基因型占30％（139/463）。非北京家族基因型主要包括Bov、CAS、H_3、H_4、T_1、T_3、LAM等基因型。（5）462菌株成簇基因型與非成簇基因型在性別（χ~2=0.289，P=0.591）、年齡（χ~2=0.909，P=0.340）、初治復(fù)治（χ~2=3.135，P=0.077）、是否合并疾�。é謣2=0.404，P=0.525）、臨床類型（P0.05）之間差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。（6）462菌株優(yōu)勢(shì)菌株與非優(yōu)勢(shì)菌株在性別（χ~2=2.803，P=0.094）、年齡（χ~2=0.201，P=0.654）、初治復(fù)治（χ~2=0.001，P=1.000）、臨床類型（χ~2=0.228，P=0.633）之間差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，感染優(yōu)勢(shì)菌株基因型的患者中合并疾病的人數(shù)所占比例高于感染非優(yōu)勢(shì)菌株基因型患者中合并疾病人數(shù)所占比例（χ~2=6.292，P=0.012）。（7）462菌株北京家族基因型與非北京家族基因型在年齡（χ~2=0.490，P=0.484）、初治復(fù)治（χ~2=0.304，P=0.582）、是否合并疾�。é謣2=0.41，P=0.522）、臨床類型之間（P0.05）差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，感染北京家族基因型患者中女性所占比例高于感染非北京家族基因型患者中女性所占比例（χ~2=5.909，P=0.015）。結(jié)論研究結(jié)果初步顯示（1）MIRU26、MIRU31、MIRU10、MIRU40位點(diǎn)是分析吉林省462例肺結(jié)核患者結(jié)核分枝桿菌基因分型的首選位點(diǎn)。（2）462株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株存在著明顯的遺傳多態(tài)性。MLVA基因分型至少分為四個(gè)基因群，主要流行菌型為Ⅰ群和a群。（3）吉林省462例肺結(jié)核患者來自不同縣市其主要基因型群存在差異，大部分地區(qū)與總體的流行趨勢(shì)相符。（4）吉林省462例肺結(jié)核患者是否感染成簇基因型與性別、年齡、初診和復(fù)診、是否合并疾病、臨床類型均無關(guān)。（5）吉林省462例肺結(jié)核患者是否感染優(yōu)勢(shì)菌株基因型與性別、年齡、初診和復(fù)診、臨床類型均無關(guān)，僅與是否合并其他疾病有關(guān)，，感染優(yōu)勢(shì)菌株基因型患者合并其他疾病患者的比例高于感染非優(yōu)勢(shì)菌株基因型患者中合并其他疾病患者的比例。（6）吉林省462例肺結(jié)核患者是否感染北京家族基因型與年齡、初診和復(fù)診、是否合并疾病、臨床類型均無關(guān)，與性別有關(guān)，感染北京家族基因型患者中女性所占比例高于感染非北京家族基因型患者中女性所占比例。
【關(guān)鍵詞】：結(jié)核病 結(jié)核分枝桿菌 基因分型 多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析 Hunter-Gaston指數(shù)
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：R521
【目錄】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-11
• 英文縮略詞表11-12
• 第1章 緒論12-21
• 1.1 結(jié)核病流行特征12-15
• 1.1.1 全球結(jié)核病流行現(xiàn)狀12-13
• 1.1.2 我國(guó)結(jié)核病流行現(xiàn)狀13-14
• 1.1.3 吉林省結(jié)核病流行現(xiàn)狀14-15
• 1.2 結(jié)核病流行過程15-16
• 1.2.1 傳染源15
• 1.2.2 傳播途徑15
• 1.2.3 易感人群15-16
• 1.3 結(jié)核病的診斷與治療16
• 1.4 結(jié)核病的分子生物學(xué)研究16-19
• 1.4.1 結(jié)核分枝桿菌的生物學(xué)特征16-17
• 1.4.2 結(jié)核分枝桿菌的基因分型方法17-19
• 1.5 結(jié)核分枝桿菌 MLVA 基因分型研究19-20
• 1.5.1 可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列19
• 1.5.2 多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列基因分型19
• 1.5.3 MLVA 分型法在結(jié)核分枝桿菌基因分型中的應(yīng)用19-20
• 1.6 本課題研究意義20-21
• 第2章 材料與方法21-29
• 2.1 實(shí)驗(yàn)材料21-22
• 2.1.1 實(shí)驗(yàn)對(duì)象21
• 2.1.2 實(shí)驗(yàn)菌株21
• 2.1.3 實(shí)驗(yàn)試劑21
• 2.1.4 實(shí)驗(yàn)耗材21-22
• 2.1.5 實(shí)驗(yàn)儀器22
• 2.1.6 實(shí)驗(yàn)試劑的配制22
• 2.2 研究方法22-27
• 2.2.1 調(diào)查內(nèi)容22
• 2.2.2 結(jié)核菌的培養(yǎng)22-23
• 2.2.3 DNA 的制備23
• 2.2.4 結(jié)核菌的鑒定23-25
• 2.2.5 MLVA 分型檢測(cè)25-27
• 2.3 數(shù)據(jù)整理與分析27-29
• 2.3.1 重復(fù)拷貝數(shù)的計(jì)算27
• 2.3.2 Hunter Gaston 指數(shù)（HGI）的計(jì)算27
• 2.3.3 聚類分析27-28
• 2.3.4 人群分布特征分析28-29
• 第3章 結(jié)果29-52
• 3.1 病例的一般狀況29
• 3.2 分離菌株的鑒定29-31
• 3.3 VNTR 位點(diǎn)檢測(cè)31-38
• 3.3.1 樣本的重復(fù)性檢測(cè)31
• 3.3.2 VNTR 位點(diǎn)檢測(cè)結(jié)果31-37
• 3.3.3 不同位點(diǎn)的分辨力37-38
• 3.4 菌株的 MLVA 基因分型38-46
• 3.4.1 待測(cè)菌株 VNTR 位點(diǎn)的重復(fù)拷貝數(shù)38
• 3.4.2 Ward 法 MLVA 基因分型38-42
• 3.4.3 最近鄰法 MLVA 基因分型42-44
• 3.4.4 MLVA 基因分型與數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)結(jié)果44-46
• 3.5 基因型成簇性的分布特征46-48
• 3.5.1 性別分布46
• 3.5.2 年齡分布46
• 3.5.3 臨床特征分布46-48
• 3.6 優(yōu)勢(shì)菌株基因型的分布特征48-50
• 3.6.1 性別分布48
• 3.6.2 年齡分布48
• 3.6.3 優(yōu)勢(shì)菌株基因型的臨床特征分布48-50
• 3.7 Spoligotyping 基因分型的分布特征50-52
• 3.7.1 性別分布50
• 3.7.2 年齡分布50
• 3.7.3 北京家族基因型的臨床特征分布50-52
• 第4章 討論52-58
• 4.1 12 個(gè) VNTR 位點(diǎn)的多態(tài)性52-53
• 4.2 MLVA 基因分型研究53-55
• 4.2.1 Ward 法（樹狀圖法）MLVA 基因分型研究53-54
• 4.2.2 最近鄰法 MLVA 基因分型研究54-55
• 4.3 基因型成簇性分析55
• 4.4 優(yōu)勢(shì)菌株基因型分析55-56
• 4.5 Spoligotyping 基因分型分析56-58
• 第5章 結(jié)論58-59
• 參考文獻(xiàn)59-66
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文及取得的科研成果66-67
• 課題資助情況67-68
• 致謝68

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 王均;黃延風(fēng);張愛華;許紅梅;;兒童結(jié)核病101例臨床分離結(jié)核分枝桿菌多位點(diǎn)串聯(lián)重復(fù)序列分型[J];第三軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報(bào);2011年13期

2 石蓮;;我國(guó)結(jié)核病現(xiàn)狀及對(duì)策[J];中國(guó)實(shí)用鄉(xiāng)村醫(yī)生雜志;2008年03期

3 芮勇宇;結(jié)核桿菌基因分型方法及其應(yīng)用[J];國(guó)外醫(yī)學(xué)(流行病學(xué)傳染病學(xué)分冊(cè));1999年01期

4 楊海飛,潘勁草,姜彩霞;結(jié)核病的分子流行病學(xué)[J];國(guó)外醫(yī)學(xué).流行病學(xué)傳染病學(xué)分冊(cè);2004年02期

5 萬康林;;中國(guó)結(jié)核病流行新特點(diǎn)及挑戰(zhàn)[J];疾病監(jiān)測(cè);2008年11期

6 A.D.Harries;黃海榮;;羅伯特·科赫與結(jié)核桿菌的發(fā)現(xiàn):125年后面臨來自艾滋病和結(jié)核病的挑戰(zhàn)[J];國(guó)際結(jié)核病與肺部疾病雜志(中文版);2008年03期

7 梅建;結(jié)核病流行現(xiàn)狀與控制策略[J];上海預(yù)防醫(yī)學(xué)雜志;2003年03期

8 全國(guó)結(jié)核病流行病學(xué)抽樣調(diào)查技術(shù)指導(dǎo)組;2000年全國(guó)結(jié)核病流行病學(xué)抽樣調(diào)查報(bào)告[J];中國(guó)防癆雜志;2002年02期

9 王興軍;姜世聞;王黎霞;;全球基金與我國(guó)結(jié)核病控制工作[J];中國(guó)防癆雜志;2008年03期

10 ;一九九一至二○○○年全國(guó)結(jié)核病防治工作規(guī)劃[J];中國(guó)公共衛(wèi)生;1992年04期

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 石荔;西藏自治區(qū)結(jié)核分枝桿菌臨床分離菌株的基因分型初步研究[D];四川大學(xué);2007年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

1 付玲;吉林省2001-2010年肺結(jié)核病流行趨勢(shì)分析[D];吉林大學(xué);2011年

2 文建強(qiáng);甘肅省結(jié)核分枝桿菌臨床分離株基因分型初步研究[D];蘭州大學(xué);2008年

  本文關(guān)鍵詞：462例肺結(jié)核患者結(jié)核分枝桿菌MLVA基因分型的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：330651