基于生物信息學分析哮喘患者鼻黏膜上皮細胞DNA及α肌動蛋白2甲基化差異性表達
發(fā)布時間:2021-04-11 22:10
目的:研究哮喘患者鼻黏膜上皮細胞中全基因組甲基化水平及α肌動蛋白2(actin alpha 2,ACTA2)基因啟動子區(qū)域甲基化水平改變。方法:利用甲基化850K芯片法檢測6例哮喘患者與5例健康者鼻黏膜上皮細胞中全基因組甲基化水平,進行生物功能分析后選擇ACTA2為目的基因,以重亞硫酸鹽測序法檢測12例哮喘患者及12例健康者ACTA2啟動子區(qū)域甲基化水平。結(jié)果:850K芯片測序結(jié)果顯示,哮喘患者所有常染色體均存在不同程度的甲基化修飾,大部分發(fā)生在基因體及基因間區(qū),10%~20%發(fā)生在啟動子區(qū),且高甲基化和低甲基化改變可存在于同一染色體上;重亞硫酸鹽法測序示與健康對照組相比,哮喘組ACTA2基因啟動子區(qū)出現(xiàn)明顯高甲基化改變(P=0.001)。結(jié)論:哮喘患者鼻黏膜上皮細胞各染色體均出現(xiàn)廣泛甲基化修飾,ACTA2基因啟動子區(qū)域出現(xiàn)高甲基化改變。
【文章來源】:江蘇大學學報(醫(yī)學版). 2020,30(04)
【文章頁數(shù)】:5 頁
【部分圖文】:
差異性甲基化位點總體比例
本研究中檢測所得的差異性甲基化區(qū)域絕大多數(shù)集中在基因體及基因間區(qū),位于啟動子區(qū)域的差異性甲基化位點占10%~20%,分布比例如圖2所示。2.1.4 GO分析
本研究中所涉及的GO功能分析包括三個方面:生物學過程、細胞組分、分子功能。哮喘患者鼻黏膜上皮細胞中相關(guān)的甲基化差異顯著區(qū)域的GO富集結(jié)果分析如圖3所示,其中包括了平滑肌細胞增殖及上皮管腔形成等各個方面。AC-TA2基因與其中的血管平滑肌收縮、蛋白質(zhì)磷酸化的正向調(diào)控、信號傳感器的活動及線粒體功能等方面相關(guān)。2.2 ACTA2啟動子檢測分析
【參考文獻】:
期刊論文
[1]利用補丁甲基化技術(shù)構(gòu)建特殊報告載體檢測DNA甲基化對FCER1G基因啟動子的調(diào)控活性[J]. 梁云生,趙明,梁功平,尹恒,陸前進. 中南大學學報(醫(yī)學版). 2013(02)
本文編號:3132047
【文章來源】:江蘇大學學報(醫(yī)學版). 2020,30(04)
【文章頁數(shù)】:5 頁
【部分圖文】:
差異性甲基化位點總體比例
本研究中檢測所得的差異性甲基化區(qū)域絕大多數(shù)集中在基因體及基因間區(qū),位于啟動子區(qū)域的差異性甲基化位點占10%~20%,分布比例如圖2所示。2.1.4 GO分析
本研究中所涉及的GO功能分析包括三個方面:生物學過程、細胞組分、分子功能。哮喘患者鼻黏膜上皮細胞中相關(guān)的甲基化差異顯著區(qū)域的GO富集結(jié)果分析如圖3所示,其中包括了平滑肌細胞增殖及上皮管腔形成等各個方面。AC-TA2基因與其中的血管平滑肌收縮、蛋白質(zhì)磷酸化的正向調(diào)控、信號傳感器的活動及線粒體功能等方面相關(guān)。2.2 ACTA2啟動子檢測分析
【參考文獻】:
期刊論文
[1]利用補丁甲基化技術(shù)構(gòu)建特殊報告載體檢測DNA甲基化對FCER1G基因啟動子的調(diào)控活性[J]. 梁云生,趙明,梁功平,尹恒,陸前進. 中南大學學報(醫(yī)學版). 2013(02)
本文編號:3132047
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