目的:基于全外測序(WES)研究DNA損傷修復(DDR)通路相關基因在中國高級別漿液性卵巢癌病人中的突變情況。方法:本研究所需的漿液性卵巢癌組織標本均來自河北醫(yī)科大學第四醫(yī)院。本課題共篩選12例高級別卵巢漿液性癌患者。首先從這12個患者的新鮮手術組織中提取DNA,然后使用安捷倫外顯子雜交捕獲試劑盒Aglient SureSelect Human All Exon V6進行全外捕獲,之后在Illumina-NovaSeq 6000測序平臺上進行全外測序。下機數據質控合格后,同時使用panel of normals(PON)方案,再利用Knijnenburg等人的276基因目錄篩選出每個樣本中發(fā)生突變的DDR相關基因。結果:1.獲得了12個高級別漿液性卵巢癌患者的WES測序數據,平均測序深度200x。2.高級別漿液性卵巢癌突變基因主要的突變形式是錯義突變,其中主要是CT和TC。3.高級別漿液性卵巢癌的突變基因和細胞的各項生理活動均有關,涉及WNT、NOTCH、Hippo等信號通路。分為兩類:一類是原癌基因的激活,如RTK-RAS以及PI3K信號通路;一類是抑癌基因的失活,如TP53、NOTCH、細胞周期等信號通路。4.DDR通路相關基因的突變特征和所有基因的突變特征一樣,突變形式以錯義突變?yōu)橹�。主要的突變基因有TP53、GEN1、HERC2、MSH3、BRCA1等。TP53的突變頻率高達75%,無熱點突變。5.高級別漿液性卵巢癌的突變基因間存在一定的相關性,TP53的突變和POLN、TOP3A是互斥的,而MSH3的突變和POLN和WRN是共突變的。結論:1.DDR通路相關基因的突變和高級別漿液性卵巢癌的發(fā)生關系密切。11例患者的HDR通路相關基因發(fā)生了突變,可能會受益于PRAP抑制劑。2.DDR通路相關基因的突變可能與患者的突變負荷有關。3.高級別漿液性卵巢癌的DDR通路突變頻率較高基因是TP53、GEN1、HERC2、MSH3、BRCA1。4.高級別漿液性卵巢癌的基因突變存在相關性,TP53的突變和POLN、TOP3A是互斥的。而MSH3的突變和POLN和WRN是共突變的。但是本次樣本量較少,有待后期進一步的而研究。
【學位單位】：河北醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2019
【中圖分類】：R737.31
【部分圖文】：

卵巢癌中最常發(fā)生異常的DNA損傷修復通路：同源重組修復通路和錯配修復通路；a.同源重組修復通路；b.錯配修復通路Fig.1ThetwoDDRpathwaysmostfrequentlyalteredinovariancancer:homologousrecombinationrepairandmis-matchrepair；

雜交捕獲流程

文庫構建流程
【參考文獻】

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本文編號：2867809