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基于定量蛋白質(zhì)組學技術的肥胖多囊卵巢綜合征患者血清差異蛋白生物信息學分析

發(fā)布時間:2020-10-11 01:28
   目的:多囊卵巢綜合征(Polycystic Ovary Syndrome,PCOS)是青春期及育齡期女性中常見的一種內(nèi)分泌異常疾病,其病理生理變化非常復雜,發(fā)病機制至今還未十分明確。肥胖是PCOS的主要臨床體征之一,約30%-75%的PCOS患者存在超重或肥胖,脂肪細胞在內(nèi)分泌系統(tǒng)調(diào)節(jié)功能中扮演著重要角色,推測肥胖PCOS患者與正常體重的PCOS患者的發(fā)病機制可能有差異。同位素相對標記與絕對定量技術(Isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)是一項新興的定量蛋白質(zhì)組學技術,本研究旨在利用iTRAQ技術對肥胖型與非肥胖型PCOS患者進行血清蛋白質(zhì)組學研究,探討PCOS相關差異表達蛋白與發(fā)病機制的關系,為PCOS的病因?qū)W研究和尋找診斷標志物等提供更多的線索。方法:選取來自廣州醫(yī)科大學附屬第三醫(yī)院2017年01月至2017年05月的婦科門診患者和正常體檢的健康女性,共64例,包括肥胖PCOS患者16例,非肥胖PCOS患者16例;正常對照女性16例,肥胖正常對照女性16例。收集各組血清,血清去除高豐度蛋白,對其濾出液進行蛋白還原烷基化及胰蛋白酶酶解,之后進行iTRAQ試劑標記,結合色譜分離技術體系進行蛋白鑒定和定量分析,最后對獲得的差異蛋白進行生物信息學分析。結果:經(jīng)過篩選鑒定發(fā)現(xiàn),非肥胖PCOS組和正常對照組相比有93個差異表達蛋白,差異倍數(shù)排名前兩位分別是人非紅細胞血影蛋白-β4(SPTBN4)、鈣蛋白酶-2(CAPN2);肥胖PCOS組和正常對照組相比有179個差異表達蛋白,差異倍數(shù)排名前兩位分別是驅(qū)動蛋白家族成員-15(KIF15)、鈣蛋白酶-2(CAPN2);與非肥胖PCOS組相比,肥胖PCOS組有67個差異表達蛋白質(zhì),差異倍數(shù)最大的是KIF15;與肥胖正常組相比,肥胖PCOS組共鑒定得到10個差異蛋白,差異倍數(shù)最大的是KIF15。細胞組分分析顯示:肥胖PCOS與非肥胖PCOS的差異蛋白主要存在于細胞外間隙;分子功能分析顯示:肥胖PCOS與非肥胖PCOS的差異蛋白主要參與蛋白結合;生物學過程分析顯示:肥胖PCOS與非肥胖PCOS的差異蛋白主要參與創(chuàng)傷反應、防御反應等應激反應過程。KEGG信號通路分析顯示:非肥胖PCOS組參與的信號通路有70種,肥胖PCOS組參與的信號通路有158種。其中兩組共同參與的顯著性信號通路(P0.05)是補體和凝血級聯(lián)信號通路。肥胖PCOS組分別與非肥胖PCOS組和肥胖正常對照組比較,其差異蛋白參與的信號通路涉及多個糖代謝通路的異常。結論:1.本研究采用iTRAQ定量蛋白質(zhì)組學技術對PCOS患者進行血清蛋白質(zhì)輪廓掃描,成功建立了肥胖PCOS與非肥胖PCOS的血清差異表達蛋白譜。2.PCOS患者的血清差異蛋白主要涉及蛋白水解、防御反應、創(chuàng)傷反應、蛋白激活級聯(lián)、急性炎癥反應、補體和凝血級聯(lián)信號通路途徑,提示慢性低度炎癥參與了PCOS的發(fā)生與發(fā)展。肥胖PCOS組參與的通路途徑有158種,而非肥胖PCOS組參與的通路途徑只有70種,提示肥胖PCOS與非肥胖PCOS具有不同的調(diào)控機制。其中,KIF15是與肥胖型PCOS相關的血清差異蛋白;CAPN2是潛在的PCOS候選標記物。
【學位單位】:廣州醫(yī)科大學
【學位級別】:碩士
【學位年份】:2018
【中圖分類】:R711.75
【部分圖文】:

反相色譜分離,高pH,質(zhì)譜


圖 3. 高 pH 反相色譜分離肽段2.8 質(zhì)譜分析:一維色譜分離的多肽樣品經(jīng)離心干燥后,重新溶解于25 μL的0.1%甲酸/2%乙腈/98%水溶液中,取10 μL樣品在Eksigent nanoLC-Ultra 二維納升液相色譜系統(tǒng)并聯(lián)合TripleTOF 5600 plus質(zhì)譜系統(tǒng)進行分析。首先加樣品至納升流量的捕集柱(3 μm, 120 )上,上樣泵以A液(0.1%甲酸/2%乙腈/98%水溶液)流速為3.0 μL/min進行脫鹽10分鐘,然后以B液(0.1%甲酸/2%水/98%乙腈溶液)溶液進行梯度洗脫,同時進行質(zhì)譜掃描分析。液相洗脫梯度為70分鐘內(nèi)線性梯度B液從5-40%,(分析柱為75 μm×15 cm ,C18-3 μm 120 , ChromXP Eksigent 公司)。質(zhì)譜參數(shù)設置為:納噴電壓為2.5 kV,霧化氣5 psi,氣簾氣35 psi,離子源加熱溫度為150℃,質(zhì)譜掃描方式為IDA掃描模式,掃描范圍為400-1250 m/z,一級掃描累加250毫秒,一次一級質(zhì)譜掃描最多選取30個母離子進行二級質(zhì)譜分析,累計

去除效果,豐度,蛋白


廣州醫(yī)科大學碩士學位論文3.2 四組樣品高豐度蛋白去除效果高豐度蛋白去除效果如圖示(圖 4),與原始血清 A(肥胖 PCOS 組)、B(正常對照組)、C(非肥胖 PCOS 組)、D(肥胖正常對照組)相比,四組樣品 A-de、B-de、C-de、D-de 的高豐度蛋白去除效果顯著,考馬斯亮藍染色可見多條新出現(xiàn)的蛋白條帶。

定性鑒定,蛋白質(zhì)分布,火山,p值


第一部分 多囊卵巢綜合征患者血清的定量蛋白組學檢測結果驗共定性鑒定了 1690 個蛋白質(zhì),其中有定量信息的蛋白質(zhì)為 343 個果 P 值與定性鑒定蛋白質(zhì)分布火山圖(圖 5)可以看出,四組樣品定量結果數(shù)目約占 50%左右,在 P<0.0001 的結果為 30%左右,表明結果良好。1Volcano Plot ‐ All Ratios, All Proteins
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本文編號:2835843

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